Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,048,020 | G→A | 6.6% | M165I (ATG→ATA) | PP_5300 → | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,048,020 | 0 | G | A | 6.6% | 179.2 / 2.0 | 60 | M165I (ATG→ATA) | PP_5300 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/28); new base A (2/2); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.44e-01 |
GCCGACTGACACCGCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCTGACCAACACACCTCCG > NC_002947/6047882‑6048161 | gCCGACTGACACCGCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGt > 1:272015/1‑149 (MQ=255) cGACTGACACCGCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTtg < 2:322589/149‑1 (MQ=255) aCTGACACCGCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTtgct < 2:254337/149‑1 (MQ=255) acacCGCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTtgctgc < 8:254709/147‑1 (MQ=255) ccGCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCa < 1:277865/149‑1 (MQ=255) ccGCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCa > 8:237286/1‑149 (MQ=255) gCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTtg > 1:254758/1‑138 (MQ=255) gCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTtg < 2:254758/138‑1 (MQ=255) cccAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTg > 8:125347/1‑149 (MQ=255) cAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGc > 6:128355/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCCTGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTGGCTGCCGGCACTGGCCGAGt < 4:96054/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGt > 3:79096/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGt < 3:137370/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGt < 7:341177/149‑1 (MQ=255) ggCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTc < 8:213484/148‑1 (MQ=255) cGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGt < 5:128355/149‑1 (MQ=255) aGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGcc < 8:357156/124‑1 (MQ=255) aGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTGCAAc < 6:293196/149‑1 (MQ=255) gCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGtt > 2:276380/1‑137 (MQ=255) gCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGtt < 1:276380/137‑1 (MQ=255) gCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTa > 8:358487/1‑149 (MQ=255) cGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGc < 7:125347/149‑1 (MQ=255) gTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGcc > 7:236454/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATACACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTAcc < 1:109044/134‑1 (MQ=255) ggCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATACACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTAcc > 2:109044/1‑134 (MQ=255) gAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATggg > 4:161663/1‑149 (MQ=255) gcagcGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCAc < 7:50842/149‑1 (MQ=255) cagcGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGAt < 4:102457/142‑1 (MQ=255) cagcGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGAt > 3:102457/1‑142 (MQ=255) cgcgcATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTc > 7:237271/1‑148 (MQ=255) aTTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCAc < 6:64115/140‑1 (MQ=255) aTTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCAc > 5:64115/1‑140 (MQ=255) aTTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAacac > 3:142907/1‑149 (MQ=255) ttGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACAcc > 3:8810/1‑149 (MQ=255) ccATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTc > 6:117371/1‑149 (MQ=255) ccATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATACACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCt < 8:222813/124‑1 (MQ=255) ccATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATACACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCt > 7:222813/1‑124 (MQ=255) aTGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGc > 4:314066/1‑149 (MQ=255) ccAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAac > 6:106896/1‑137 (MQ=255) ccAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAac < 5:106896/137‑1 (MQ=255) cAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAAcc > 1:313550/1‑149 (MQ=255) tGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCt > 2:97100/1‑147 (MQ=255) tGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCa < 7:358487/149‑1 (MQ=255) ggCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAg > 7:222165/1‑149 (MQ=255) gCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGc > 2:22751/1‑149 (MQ=255) gCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGc < 4:79096/149‑1 (MQ=255) gCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGc < 3:161663/149‑1 (MQ=255) tCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGcc < 4:142907/149‑1 (MQ=255) cACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCg > 5:165104/1‑149 (MQ=255) ggTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCGTGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGccc < 5:237850/149‑1 (MQ=255) gTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCt > 6:385040/1‑149 (MQ=255) gcgcCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTgc < 2:272015/149‑1 (MQ=255) cgcCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTgc < 3:314066/148‑1 (MQ=255) cTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCt < 5:385040/149‑1 (MQ=255) cgagCACGGAGGCGTGGATGCACAGCCTGTTGCTTCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCTGCCTTTTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCTGAcc < 8:237271/146‑1 (MQ=255) ccTGCAAGGAGGCGGTGATGCACATCCTGTTGCTGCCGGCACAGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCCGGCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCCCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCTGAc < 8:236454/148‑1 (MQ=255) tGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCGACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCTGACCaa > 6:149521/1‑149 (MQ=255) tGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCTGACCaa > 8:33605/1‑149 (MQ=255) ggTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCTGACGAACACACCTCCg > 7:332701/1‑148 (MQ=255) ggTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCTGACCAACACACCTCCg > 2:302966/1‑148 (MQ=255) | GCCGACTGACACCGCCCAGGCCTTGGCCGAGCAGGCCGAACGTGCCGAGCAGGCGCTGGAAGCAGCGCGCATTGCCATGACCAGTGGCGAGCAGGTGGTCAGCGGCACGGTGCGCCTTACCTGCACGGAGGCGGTGATGCACAGCCTGTTGCTGCCGGCACTGGCCGAGTTCATGTCCAACTACCCGGCCTTGTCGCTGGAGATGGGCACCTCCAACACCTTCGCCAACCTCAGCCGGCGCGACGCCGACATCGCCCTGCGCCTGACCAACACACCTCCG > NC_002947/6047882‑6048161 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |