Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,175,610 | G→T | 6.9% | I329I (ATC→ATA) ‡ | atpD ← | ATP synthase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,175,610 | 0 | G | T | 6.9% | 187.4 / 3.5 | 58 | I329I (ATC→ATA) ‡ | atpD | ATP synthase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/27); new base T (2/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
ATACCCAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAG > NC_002947/6175464‑6175751 | aTACCCAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGa > 6:135948/1‑148 (MQ=255) tACCCAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATa < 3:283662/149‑1 (MQ=255) ccAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATAcc > 5:274968/1‑148 (MQ=255) ccAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATAcc > 1:222237/1‑148 (MQ=255) ccAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATAcc > 2:196296/1‑148 (MQ=255) gATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTATCTACCCAgcg < 5:195716/149‑3 (MQ=255) tCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAg > 6:320212/1‑149 (MQ=255) ccAATGATGTCCTACAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGc < 8:141289/148‑1 (MQ=255) aaTGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGa > 7:41478/1‑149 (MQ=255) atgatgTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGAt < 6:330976/149‑1 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAgg < 1:297092/133‑1 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAgg > 2:297092/1‑133 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACgg < 8:41478/148‑1 (MQ=255) cAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGa < 6:274968/147‑1 (MQ=255) gCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGa < 7:277721/149‑1 (MQ=255) ctTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAac > 8:327168/1‑148 (MQ=255) ctTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAac > 5:219032/1‑148 (MQ=255) tttATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAacga > 3:373578/1‑149 (MQ=255) aGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg < 5:320212/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg < 5:135948/148‑1 (MQ=255) tGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTc > 7:212314/1‑149 (MQ=255) gAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAg > 2:80812/1‑149 (MQ=255) aTACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTggg < 7:327168/149‑1 (MQ=255) tACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGACCAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTggg < 1:196296/149‑1 (MQ=255) aCTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg > 2:206038/1‑134 (MQ=255) aCTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg < 1:206038/134‑1 (MQ=255) tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg > 3:313181/1‑132 (MQ=255) tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg < 4:313181/132‑1 (MQ=255) aaCGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAgg > 1:179483/1‑149 (MQ=255) cGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAggtg < 6:219032/149‑1 (MQ=255) gCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg > 5:339174/1‑127 (MQ=255) gCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg < 6:339174/127‑1 (MQ=255) cACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTc < 1:80812/149‑1 (MQ=255) tctcGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGAc > 3:230612/1‑149 (MQ=255) tGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggt < 2:222237/149‑1 (MQ=255) cTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggtc > 6:277606/1‑148 (MQ=255) tCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggtc > 5:121452/1‑147 (MQ=255) tCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggtc < 6:121452/147‑1 (MQ=255) gTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCaa < 5:277606/147‑1 (MQ=255) ccGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAgtcgtc > 7:229492/1‑149 (MQ=255) aGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGc < 7:298543/149‑1 (MQ=255) gcgcGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTgg > 4:299552/1‑88 (MQ=255) gcgcGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTgg < 3:299552/88‑1 (MQ=255) cgcgAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTAc < 4:230612/149‑1 (MQ=255) aGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGTCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAgg < 8:212314/149‑1 (MQ=255) gTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATc > 8:160078/1‑148 (MQ=255) gTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAcct < 4:373578/149‑1 (MQ=255) gTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAccttcct > 1:3989/1‑149 (MQ=255) aCCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggt > 8:14376/1‑149 (MQ=255) tcccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtgctg > 6:337441/4‑149 (MQ=255) cccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggtg > 3:205948/3‑148 (MQ=255) cGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAgtcgtc > 6:390871/1‑99 (MQ=255) cGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAgtcgtc < 5:390871/99‑1 (MQ=255) cGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggtgg < 7:14376/149‑1 (MQ=255) cTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAg < 5:337441/149‑1 (MQ=255) cTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAg > 6:257630/1‑149 (MQ=255) tAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTAc < 2:177341/101‑1 (MQ=255) tAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTAc > 1:177341/1‑101 (MQ=255) | ATACCCAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAG > NC_002947/6175464‑6175751 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |