| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,175,611 | A→C | 6.8% | I329S (ATC→AGC) ‡ | atpD ← | ATP synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,175,611 | 0 | A | C | 6.8% | 174.9 / 2.6 | 57 | I329S (ATC→AGC) ‡ | atpD | ATP synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/27); new base C (2/2); total (28/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
ATACCCAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCG > NC_002947/6175464‑6175759 | aTACCCAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGa > 6:135948/1‑148 (MQ=255) tACCCAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATa < 3:283662/149‑1 (MQ=255) ccAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATAcc > 1:222237/1‑148 (MQ=255) 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aaTGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGa > 7:41478/1‑149 (MQ=255) atgatgTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGAt < 6:330976/149‑1 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAgg < 1:297092/133‑1 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAgg > 2:297092/1‑133 (MQ=255) cTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACgg < 8:41478/148‑1 (MQ=255) cAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGa < 6:274968/147‑1 (MQ=255) gCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGa < 7:277721/149‑1 (MQ=255) ctTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAac > 8:327168/1‑148 (MQ=255) ctTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAac > 5:219032/1‑148 (MQ=255) tttATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAacga > 3:373578/1‑149 (MQ=255) aGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg < 5:320212/149‑1 (MQ=255) 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aCTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg > 2:206038/1‑134 (MQ=255) aCTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg < 1:206038/134‑1 (MQ=255) tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg < 4:313181/132‑1 (MQ=255) tGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTg > 3:313181/1‑132 (MQ=255) aaCGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAgg > 1:179483/1‑149 (MQ=255) cGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAggtg < 6:219032/149‑1 (MQ=255) 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6:277606/1‑148 (MQ=255) tCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggtc < 6:121452/147‑1 (MQ=255) tCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGggtcggtc > 5:121452/1‑147 (MQ=255) gTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCaa < 5:277606/147‑1 (MQ=255) ccGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAgtcgtc > 7:229492/1‑149 (MQ=255) aGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGc < 7:298543/149‑1 (MQ=255) gcgcGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTgg > 4:299552/1‑88 (MQ=255) gcgcGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTgg < 3:299552/88‑1 (MQ=255) cgcgAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTAc < 4:230612/149‑1 (MQ=255) aGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGTCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAgg < 8:212314/149‑1 (MQ=255) gTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATc > 8:160078/1‑148 (MQ=255) gTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAcct < 4:373578/149‑1 (MQ=255) gTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAAccttcct > 1:3989/1‑149 (MQ=255) aCCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggt > 8:14376/1‑149 (MQ=255) tcccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtgctg > 6:337441/4‑149 (MQ=255) cccTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggtg > 3:205948/3‑148 (MQ=255) cGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAgtcgtc > 6:390871/1‑99 (MQ=255) cGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAgtcgtc < 5:390871/99‑1 (MQ=255) cGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTtggtgg < 7:14376/149‑1 (MQ=255) cTGGGTATCTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAg < 5:337441/149‑1 (MQ=255) cTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAg > 6:257630/1‑149 (MQ=255) tAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTAc < 2:177341/101‑1 (MQ=255) tAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTAc > 1:177341/1‑101 (MQ=255) aTACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATgcg > 2:180242/1‑149 (MQ=255) | ATACCCAGGATCGCAATGATGTCCTTCAGCTCTTTATAGCGCTGCAGAACATACTGAACGCCACGAGCGGTCTCGTAGTGCTCGTTGCCGATCACGTTCGGGTCCAGCTGGCGCGAAGTCGAGTCCAGTGGGTCGACCGCTGGGTAGATACCCAGGGAGGCGATGTCACGGGA‑CAGAACGACGGTGGCGTCCAAGTGGGCGAAGGTGGTCGCTGGCGACGGGTCGGTCAAGTCGTCCGCAGGTACGTATACGGCCTGTACGGAGGTGATCGAACCTTCCTTGGTGGAGGTGATGCG > NC_002947/6175464‑6175759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |