| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 555,765 | T→G | 5.8% | S28A (TCG→GCG) | rplN → | 50S ribosomal protein L14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 555,765 | 0 | T | G | 5.8% | 264.8 / 4.7 | 82 | S28A (TCG→GCG) | rplN | 50S ribosomal protein L14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/40); new base G (2/3); total (39/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCCATCA > NC_002947/555628‑555912 | gTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGt > 1:53900/1‑149 (MQ=255)gTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTGCGAAccgccg < 2:177535/148‑1 (MQ=255) gAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTAc > 7:86778/1‑149 (MQ=255) aGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAA‑TTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGcc > 4:310625/1‑149 (MQ=255) cTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCgg < 3:13060/148‑1 (MQ=255) tCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGGTGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGACGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTa > 2:98428/1‑149 (MQ=255) aCGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAA‑TTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGt < 3:310625/149‑1 (MQ=255) gcTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGa > 7:69407/1‑148 (MQ=255) tGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTGCGAAccgccgag > 2:204611/1‑128 (MQ=255) tGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTGCGAAccgccgag < 1:204611/130‑3 (MQ=255) tGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGAcatcat > 6:132149/1‑149 (MQ=255) tGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGAcatca > 3:73682/1‑148 (MQ=255) gAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGAcatcat < 6:91914/148‑1 (MQ=255) gAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTAGGTGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGAcatcat > 7:282603/1‑148 (MQ=255) aaGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACatcatc > 4:302481/1‑148 (MQ=255) aaGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACAtcatca < 6:9980/149‑1 (MQ=255) gTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa > 4:196001/1‑149 (MQ=255) gTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 3:16856/149‑1 (MQ=255) gTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 8:69407/149‑1 (MQ=255) ctaagggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATCTGCATCAACCTACTCGGCGGATCGCACCGCCGTTGCGCCCGTATCGGTGAGATCATCAAAg > 6:110148/1‑148 (MQ=255) taagggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTc > 5:197632/1‑109 (MQ=255) taagggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTc < 6:197632/109‑1 (MQ=255) agggct‑agggtCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATGCAGGTACTCGGCGGTTCGCACAGCGGTTACGCCGGTATCGGTGAGATCAGCAAAGTAAcc > 6:158916/1‑149 (MQ=255) gggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAAcc < 3:151404/149‑1 (MQ=255) ctaagggTCGGATAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACTGCGGCGCTCGTCTCGTCATGTGCATCAAGTTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGGCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTc < 5:110148/149‑1 (MQ=255) ctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGt > 1:375064/1‑148 (MQ=255) agggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAg < 2:53900/149‑1 (MQ=255) gggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAgg < 4:270676/149‑1 (MQ=255) ggAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCa < 4:116173/149‑1 (MQ=255) ttATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑cgcg < 4:73682/148‑1 (MQ=255) ttATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑cgcg < 5:132149/148‑1 (MQ=255) ttATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑cgcg < 1:151645/148‑1 (MQ=255) ttATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGGACTCGGCGGTGCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAACTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑cgcg < 2:297235/148‑1 (MQ=255) tATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑cgcgc < 2:375064/148‑1 (MQ=255) aTTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGAAATTC‑CGCGCGGt > 4:22158/1‑147 (MQ=255) ttCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAg > 8:185120/1‑149 (MQ=255) aTCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAg < 3:196001/149‑1 (MQ=255) aTCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAg < 7:340750/149‑1 (MQ=255) aTCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCCCCGTTACGCCGGAATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGCTAAGGTCaaaaaac > 1:165222/1‑148 (MQ=255) tCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTTACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAgg > 5:327437/1‑149 (MQ=255) tCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑AGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGACAAGt > 8:246222/1‑148 (MQ=255) gATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGtgat < 2:364267/149‑1 (MQ=255) gATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGtg < 6:327437/147‑1 (MQ=255) gATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGACGTTACGCCGGTATCGTTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCaatt < 7:246222/146‑3 (MQ=255) gCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCaa > 4:268020/1‑101 (MQ=255) gCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCaa < 3:268020/101‑1 (MQ=255) gCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCg < 6:241608/148‑1 (MQ=255) gCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGc > 5:330067/1‑149 (MQ=255) ccGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCt > 1:110998/1‑149 (MQ=255) cGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTg < 6:330067/149‑1 (MQ=255) cGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTg > 2:292391/1‑149 (MQ=255) 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8:10852/1‑92 (MQ=255) tCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTtcgtc < 1:260353/138‑1 (MQ=255) tCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTtcgtc > 2:260353/1‑138 (MQ=255) tCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGt > 2:257539/1‑149 (MQ=255) tCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCCTCGTACGTACCCGTCACGGTGGTCGTCGCGCTGACGGt > 2:297097/1‑149 (MQ=255) tCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCCCGGTAACGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCATCGTACGTACCCGTAACGGTGTTCGTAGCGATGACCGt > 5:217636/1‑149 (MQ=255) ggcggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTc < 7:81408/149‑1 (MQ=255) cggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCca < 6:378192/149‑1 (MQ=255) ggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCcat > 2:55488/1‑149 (MQ=255) ttCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCcatca > 6:15156/1‑149 (MQ=255) | GTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTC‑CGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCCATCA > NC_002947/555628‑555912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |