| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 699,722 | A→G | 51.8% | intergenic (+115/‑129) | PP_t06 → / → PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 699,722 | 0 | A | G | 51.8% | ‑6.5 / 69.8 | 54 | intergenic (+115/‑129) | PP_t06/PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/14); new base G (15/13); total (27/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
CGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTT > NC_002947/699582‑699803 | cGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac < 1:18350/149‑1 (MQ=37) ggTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACAcc > 4:86037/1‑149 (MQ=37) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAg > 8:96913/1‑149 (MQ=37) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAg > 1:106193/1‑149 (MQ=37) ccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCAct > 4:337158/1‑149 (MQ=37) ccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCAc < 3:306060/148‑1 (MQ=37) cGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCActg < 6:348878/149‑1 (MQ=37) gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAac > 4:294088/1‑135 (MQ=37) gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAac < 3:294088/135‑1 (MQ=37) cTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCtggtgg < 4:77162/149‑1 (MQ=37) tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAg < 6:195876/133‑1 (MQ=37) tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAg > 5:195876/1‑133 (MQ=37) tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGa > 4:233290/1‑149 (MQ=37) tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGa > 5:159697/1‑149 (MQ=37) caccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGAt > 6:375926/1‑148 (MQ=37) acTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGc > 1:205546/1‑149 (MQ=37) cTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTg < 2:368544/118‑1 (MQ=39) cTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTg > 1:368544/1‑118 (MQ=39) cTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGc > 1:58810/1‑148 (MQ=37) tCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTaa < 7:110308/148‑1 (MQ=37) ccGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGt > 8:58467/1‑148 (MQ=37) tACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCtggt > 6:240593/1‑130 (MQ=38) tACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCtggt < 5:240593/130‑1 (MQ=38) cAGTTACTTTTCATAAATTATAAATTAAAATTC‑ATCTCTAATTTTTATTTTTGGCTTTTTTCATATCGTTCTTTAATATATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAAttt < 1:117146/149‑1 (MQ=11) aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 5:345017/149‑1 (MQ=37) aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGAATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 7:58467/149‑1 (MQ=255) aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAAttttt > 3:313823/1‑147 (MQ=37) aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 1:148087/149‑1 (MQ=37) aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 3:57299/149‑1 (MQ=37) aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 8:264864/149‑1 (MQ=37) ttACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgtg > 3:341610/1‑148 (MQ=25) tACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGa < 4:341610/148‑1 (MQ=25) aCTTGTCAGACCTTATAAAATAACATTC‑AGCTCGACTGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAg < 8:306475/148‑1 (MQ=11) aCTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAg < 4:350726/148‑1 (MQ=21) aCTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAg > 3:350726/1‑148 (MQ=21) ttGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAgg < 5:88400/127‑1 (MQ=35) ttGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAgg > 6:88400/1‑127 (MQ=35) gTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCt < 2:205546/148‑1 (MQ=21) tCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTg < 2:316570/148‑1 (MQ=21) cAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGc < 2:58810/148‑1 (MQ=34) aGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTAAGGAAATGATGGTGGAAAAGGGTAAGGTAAAATTTTTTAGTTATga > 1:126690/1‑148 (MQ=11) aaCTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCg > 8:47913/1‑148 (MQ=21) aaCTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGa < 5:375926/149‑1 (MQ=34) cTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGaaa < 3:210972/149‑1 (MQ=21) aGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAaga < 7:96913/148‑1 (MQ=34) aaaTGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTaaaa > 7:214490/1‑124 (MQ=25) aaaTGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTaaaa < 8:214490/124‑1 (MQ=25) tcaaCATTCGAGCT‑GAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACg > 6:316329/3‑149 (MQ=2) tcaaCATTCGAGCT‑GAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACg > 1:160404/3‑149 (MQ=2) tGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAAc < 7:20398/148‑1 (MQ=21) tGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAAc > 8:20398/1‑148 (MQ=21) tC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAAt > 5:352964/1‑149 (MQ=18) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAAtttt > 8:36640/1‑149 (MQ=14) gCTCGAATGTTGATTTCTGGATTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAAtttt > 4:349997/1‑149 (MQ=14) | CGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAA‑AAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGT‑‑TTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTT > NC_002947/699582‑699803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |