Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 804,480 | A→G | 7.1% | intergenic (+76/+18) | PP_0692 → / ← PP_0693 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 804,480 | 0 | A | G | 7.1% | 161.9 / 2.6 | 56 | intergenic (+76/+18) | PP_0692/PP_0693 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/26); new base G (2/2); total (28/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
AGCGACCGCATGATCGAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGCCACCTTCCAGGTCGATCG > NC_002947/804333‑804625 | aGCGACCGCATGATCGAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCaa > 7:268735/1‑149 (MQ=255) aCCGCATGATCGAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTACTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAAcgcg < 7:87181/149‑1 (MQ=255) ccGCATGATCGAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCgg > 5:74446/1‑149 (MQ=255) cGCATGATCGAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGc > 5:277345/1‑149 (MQ=255) tCGAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCt < 7:295414/149‑1 (MQ=255) gAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCGTTGCGGccctttcgc > 6:68553/1‑142 (MQ=38) gAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCGTTGCGGccctttcgc < 5:68553/148‑7 (MQ=38) gAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTAt < 8:268735/149‑1 (MQ=255) aaGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCGTTGCGGccctt > 2:346224/1‑141 (MQ=255) aaGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCGTTGCGGccctt < 1:346224/143‑3 (MQ=255) gCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCa < 7:324490/149‑1 (MQ=255) cAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAg < 5:247874/149‑1 (MQ=255) aGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAgg > 1:330495/1‑149 (MQ=255) aGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAgg < 6:74446/149‑1 (MQ=255) cAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGtt < 7:23487/149‑1 (MQ=255) ggTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGcc < 4:360362/149‑1 (MQ=255) tGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCt > 6:190972/1‑148 (MQ=255) aCTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGAt > 1:356109/1‑149 (MQ=255) tGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAg < 5:76315/128‑1 (MQ=255) tGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAg > 6:76315/1‑128 (MQ=255) tGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATcc > 6:142180/1‑149 (MQ=255) ccATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATcc < 7:161239/147‑1 (MQ=255) ccATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATcc < 2:254539/147‑1 (MQ=255) cTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCttt < 2:356109/149‑1 (MQ=255) gggCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCa < 2:330495/148‑1 (MQ=255) ggCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACt < 6:315854/149‑1 (MQ=255) tAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGc < 5:383341/148‑1 (MQ=255) aGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCg > 3:277000/1‑149 (MQ=255) aTCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCATTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACCACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTcc > 3:226459/1‑149 (MQ=255) ggtggtTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGc < 6:277345/148‑1 (MQ=255) gtggtTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCttt > 5:235197/1‑111 (MQ=255) gtggtTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCttt < 6:235197/111‑1 (MQ=255) gtTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCtcgt > 1:157656/1‑149 (MQ=255) gtTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCtcgt < 5:190972/149‑1 (MQ=255) tGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTcc < 3:356423/140‑1 (MQ=255) tGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTcc > 4:356423/1‑140 (MQ=255) ggACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGa > 4:319358/1‑149 (MQ=255) gACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGAt > 8:170300/1‑149 (MQ=255) acacAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATg > 5:87361/1‑149 (MQ=255) cgtcgtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTACCAGTCAGCCTCGTCGATGAAGATTcc > 6:92083/1‑149 (MQ=255) gtcgtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCg > 5:124808/1‑149 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCg < 6:87361/149‑1 (MQ=255) aGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCgg < 5:99113/102‑1 (MQ=255) aGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCgg > 6:99113/1‑102 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCg > 6:343006/1‑149 (MQ=255) ggTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTg > 7:100721/1‑149 (MQ=255) gTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGc < 5:142180/149‑1 (MQ=255) tCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGCCa > 6:192236/1‑149 (MQ=255) gCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGGCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGCCACCTTCCAGGTCGAt > 1:225700/1‑149 (MQ=255) ccGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCt > 2:111128/1‑130 (MQ=255) ccGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCt < 1:111128/130‑1 (MQ=255) ccGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGCCACCTTCCAGGTCGATc < 5:92083/149‑1 (MQ=255) cGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCt < 7:318120/129‑1 (MQ=255) cGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCt > 8:318120/1‑129 (MQ=255) cGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGCCACCTTCCAGGTCGATCg > 7:6700/1‑149 (MQ=255) gCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGCCACCTTCCAGGTCGa > 3:36477/1‑145 (MQ=255) gCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGCCACCTTCCAGGTCGa < 4:36477/145‑1 (MQ=255) | AGCGACCGCATGATCGAAGGCAGCCCGCAGAATGCGGTGACTGCCATTCCGATCCTGCCTTGGGCTCATTGATAGCCCGCTCCTGCATACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGCAACGCGGCCCCGGCTATCTCAGGCCAGTTCCTCGGCCTGATCCTCACGCACAACCGCTTTCACTTCATCCAGCCGGCTGATGAACTTCCAGTCCGCCTCGTCGATGTAGATGCCGTTCGGCCCGCTGCCACCTTCCAGGTCGATCG > NC_002947/804333‑804625 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |