| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 838,215 | C→G | 6.4% | E161D (GAG→GAC) | rplY ← | 50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 838,215 | 0 | C | G | 6.4% | 201.0 / 2.9 | 62 | E161D (GAG→GAC) | rplY | 50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/31); new base G (2/2); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
GAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGCCAGCAACGACGCGAACGAAGT > NC_002947/838070‑838363 | gAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCATCAGCTTTCTCATCAGCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCATGGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAAc < 2:216681/146‑1 (MQ=255)gAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAAc < 2:268126/146‑1 (MQ=255) gCAAGGCGTGTAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACTTACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGTCTTCGATGAACTcagg < 4:52091/149‑1 (MQ=255) aCGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTcaggcag > 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gCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTc < 7:71468/140‑1 (MQ=255) cAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTgg < 4:101080/135‑1 (MQ=255) cAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTgg > 3:101080/1‑135 (MQ=255) aaCAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACtt > 5:391279/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACtt < 7:128193/149‑1 (MQ=255) tttGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGAtct > 7:102707/1‑149 (MQ=255) gTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCg > 6:385027/1‑148 (MQ=255) tcaCCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACt > 5:227172/1‑148 (MQ=255) caCCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTc > 2:374959/1‑148 (MQ=255) ggCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTgg < 6:391279/148‑1 (MQ=255) ggCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTgg < 7:61793/148‑1 (MQ=255) gCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGGCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGga < 4:241762/149‑1 (MQ=255) gCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGga < 5:385027/149‑1 (MQ=255) gCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGga < 7:210932/149‑1 (MQ=255) cgacgaACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAg > 5:365813/1‑113 (MQ=255) cgacgaACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAg < 6:365813/113‑1 (MQ=255) gacgaACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGACATCTcgc > 2:247638/1‑149 (MQ=255) acgaACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCa > 5:69290/1‑110 (MQ=255) acgaACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCa < 6:69290/110‑1 (MQ=255) cgaACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTcgccg > 5:383266/1‑149 (MQ=255) gaACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTcgccgc < 3:298938/149‑1 (MQ=255) tACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTcg < 7:315182/139‑1 (MQ=255) tACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTcg > 8:315182/1‑139 (MQ=255) 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cGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCggg < 8:102707/148‑1 (MQ=255) gAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGct > 8:3004/1‑149 (MQ=255) gCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGcttc > 4:72205/1‑149 (MQ=255) tCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGAtctc < 6:285379/100‑1 (MQ=255) tCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTtgat > 4:245510/1‑149 (MQ=255) tGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTGGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGGCCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAAc < 8:68560/149‑1 (MQ=255) ccGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTgg < 2:241693/148‑1 (MQ=255) aTTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATATCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCgg > 8:136481/1‑148 (MQ=255) ttCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAg < 1:127169/55‑1 (MQ=255) ttCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAg > 2:127169/1‑55 (MQ=255) ttGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTg > 7:184822/1‑149 (MQ=255) ttGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTg < 8:184822/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCg < 1:110428/44‑1 (MQ=255) tGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCg > 2:110428/1‑44 (MQ=255) gCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGc < 6:383266/148‑1 (MQ=255) ccAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGc > 5:373896/1‑147 (MQ=255) aGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCTATCTCGTACTCAACGGGGGAGAGCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAATTGAACCGGAACCTTGGCGGTCATCTTCTGGCCAGc < 6:227172/149‑1 (MQ=255) gATGACCTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGAGGCAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGCCAGCAACGACGcgaa > 4:148906/1‑149 (MQ=255) gATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGCCa < 2:287758/136‑1 (MQ=255) gATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGCCa > 1:287758/1‑136 (MQ=255) tcgAAGTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGtt < 2:335278/93‑1 (MQ=255) tcgAAGTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGtt < 2:197828/93‑1 (MQ=255) tcgAAGTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGtt > 1:335278/3‑95 (MQ=255) tcgAAGTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGtt > 1:197828/3‑95 (MQ=255) aTGAACTCAGGCAGGTCATTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGCCAGCAACGACGcgaac > 5:377420/1‑149 (MQ=255) aaCTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCTGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGTGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGCCAGCAACGACGcgaacgaa < 1:247638/149‑1 (MQ=255) cTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGCCAGCAAAGCCGCGAACGAAGt > 4:320037/1‑149 (MQ=255) | GAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCTTTCAGGTCCGACAGGTGGATGATGGTGCCGATTTCAGCGTTGGCCAGGTCGACTTCGATGAACTCAGGCAGGTCCTTGGCTTCGCAGGAAACTTCGATCTCGGACTCAACGTGGGAGATCTCGCCGCCTTTCTTGACCGGGGCTTCTTCGTTGATGAAGTGAACCGGAACCTTGGCGGTCAGCTTCTGGCCAGCAACGACGCGAACGAAGT > NC_002947/838070‑838363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |