Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 117,274 | G→A | 8.2% | intergenic (+54/+40) | PP_0111 → / ← metQ | electron transport protein SCO1/SenC/methionine ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 117,274 | 0 | G | A | 8.2% | 179.1 / 4.5 | 61 | intergenic (+54/+40) | PP_0111/metQ | electron transport protein SCO1/SenC/methionine ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/32); new base A (3/2); total (27/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.65e-01 |
ATGGGAGACAGCGTGGGTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGTTTCTTCATGTCGTCCGAGTCCTTGT > NC_002947/117135‑117420 | aTGGGCGACAGCGTGGGTTCATTCGGCCGCCGTTCAACCACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTa < 5:43831/149‑1 (MQ=255) gagaCAGCGTGGGTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCcg > 4:185434/1‑149 (MQ=255) gaCAGCGTGGGTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTGACCcgc > 4:25400/1‑148 (MQ=255) cagggggggTGCATTCGGGCGCCGTACAAAAACCACACGGTGGGGGCGCCGTGCCCGGGGCTGGTCACGGGGGATTGAGTCAGCCCAAAAAGCTACGCGGTTAAACCCGCTCCTACAACTATGGGTGTTGGGGCGGGTTTACCCGCgaa < 4:214407/143‑1 (MQ=255) cAGCGTGGGTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCgaa < 2:96108/149‑1 (MQ=255) aGCGTGGGTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTATAGGGGCGGGTTTACCcgcg > 5:375955/1‑146 (MQ=255) tGGGTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATa < 3:64477/149‑1 (MQ=255) ggTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATaga < 4:351446/149‑1 (MQ=255) ggTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATaga < 4:223180/149‑1 (MQ=255) gTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATagag > 5:22536/1‑149 (MQ=255) aTTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCtt > 8:186259/1‑148 (MQ=255) ttCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGa > 2:53506/1‑149 (MQ=255) cGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGAt < 1:306855/148‑1 (MQ=255) gggCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAATCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAg > 7:89642/1‑149 (MQ=255) ccGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCgg < 8:51784/149‑1 (MQ=255) aacaacCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAg > 3:323306/1‑148 (MQ=255) aaGCGGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCGGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGAGCAGAACGCCGGaa < 8:182354/149‑1 (MQ=255) ttggtggCTCAGTTGCGGGGGCTTGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCTCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCTAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAAcc < 3:69323/147‑1 (MQ=255) gggggCGCAGTTCCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCCAAGAATAAACCTTGATAGGTAGGATCAGAACGCCCGAAcc > 4:69323/1‑146 (MQ=38) 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accGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTAc > 2:207189/2‑149 (MQ=255) cGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACt > 2:272134/1‑148 (MQ=255) gggCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTtct < 1:272134/149‑1 (MQ=255) cTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCga < 1:53506/149‑1 (MQ=255) tGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCgat > 3:197122/1‑149 (MQ=255) 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cAAAAGCTACGCGGGTAAAACCGCTCCTACAACGAAGTGTGTAGGGGCGGGTTTAACCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATAAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTAGATGATGAAATg > 8:79404/1‑133 (MQ=255) aaaaGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGagt < 4:323306/149‑1 (MQ=255) aaaaGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGagt < 4:197122/149‑1 (MQ=255) aaaGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGagtg < 1:207189/149‑1 (MQ=255) aGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGagtgca < 8:86354/149‑1 (MQ=255) cTACGCGGGTAAACCCGCTACTACAACGATGTGGGTAGGGGCGGTTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGagtgcagt < 6:227072/149‑1 (MQ=255) ttcgcgGGTAAACCCCCCCCTACACACATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGagtgcagtg > 6:113141/3‑149 (MQ=37) cgGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAgc < 2:288550/149‑1 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTtctc < 7:235676/106‑1 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTtctc > 8:235676/1‑106 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGtt > 2:145322/1‑149 (MQ=255) 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acatcgttgtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGTTTCTTCa < 8:170630/135‑1 (MQ=255) acatcgttgtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGTTTCTTCa > 7:170630/8‑142 (MQ=255) gtgtAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGTTTCTTCATGTCGTCCGAGTc > 5:116296/1‑149 (MQ=255) tgtAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGAGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGTTTCTTCATGTCGTCCGAGTcc > 3:250162/1‑149 (MQ=255) ggggCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGTTTCTTCATGTCGTCCGAGTCCttgt > 6:51533/1‑149 (MQ=255) ggggCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGTTTCTTCATGTCGTCCGAGTCCttg < 4:250162/148‑1 (MQ=255) | ATGGGAGACAGCGTGGGTTCATTCGGGCGCCGTTCAACAACCAGAAGCTGGGGGCGCAGTTGCCGGGGCTGGTCAAGCGGGATTGAGTCAGCCCCAAAAGCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATGTGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAATAGAGCTTGATAGGTCGGATCAGAACGCCGGAACCACAGCGCCTTTGTACTTCTCGATGATGAACTGCTTCACCTCAGGCGAGTGCAGTGCAGCCGCCAGTTTCTTCATGTCGTCCGAGTCCTTGT > NC_002947/117135‑117420 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |