Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 932,846 | A→G | 8.6% | V4259A (GTG→GCG) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 932,846 | 0 | A | G | 8.6% | 159.4 / 5.0 | 58 | V4259A (GTG→GCG) | PP_0806 | surface adhesion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/28); new base G (3/2); total (28/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 |
CCAGCACGTTGCCGCTGGCATCGCGCACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATGGTCCCGTCCGGGCCGTGAACG > NC_002947/932709‑932992 | ccAGCACGTTGCCGCTGGCATCGCGCACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAg > 5:2959/1‑149 (MQ=255) cAGCACGTTGCCGCTGGCATCGCGCACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAgg > 4:202324/1‑149 (MQ=255) cAGCACGTTGCCGCTGACATCGCGCACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAgg > 2:264727/1‑149 (MQ=255) gCACGTTGCCGCTGGCATCGCGCACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGgtg < 5:390207/149‑1 (MQ=255) gCTGGCATCGCGCACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCcg > 4:374780/1‑149 (MQ=255) cgcACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTg > 4:56356/1‑149 (MQ=255) gcACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTACTCGGTCAGTTGCAGCCCGTTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCCCCACGGCGGTGGAGGTGTTTTTGCCCGCGTCGGTATg > 1:50413/1‑149 (MQ=255) gcACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAg > 8:173985/1‑125 (MQ=255) gcACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAg < 7:173985/125‑1 (MQ=255) acggtGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCt < 3:374780/149‑1 (MQ=255) ggtGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCt > 2:92696/1‑147 (MQ=255) ccGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTg < 3:202324/149‑1 (MQ=255) ttCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGt > 4:273799/1‑119 (MQ=255) ttCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGt < 3:273799/119‑1 (MQ=255) cGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGtt < 2:50413/148‑1 (MQ=255) cGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGtt < 4:149249/148‑1 (MQ=255) gCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAg < 4:1825/149‑1 (MQ=255) gCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCCCAGCTCCTGAGCGttacg < 2:93440/149‑4 (MQ=255) ttAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTg > 3:221814/1‑149 (MQ=255) tAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTgg > 6:125184/1‑149 (MQ=255) aC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTggg > 4:170350/1‑149 (MQ=255) gTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCt > 5:251721/1‑149 (MQ=255) cAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAggg < 1:264727/149‑1 (MQ=255) cccGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGa < 6:251721/149‑1 (MQ=255) cGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAgg < 6:2959/149‑1 (MQ=255) cGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAgg < 6:8309/149‑1 (MQ=255) aGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGgcg > 7:296530/1‑123 (MQ=255) aGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGgcg < 8:296530/123‑1 (MQ=255) cgAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTg < 1:188007/149‑1 (MQ=255) tGCGGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCt < 2:77744/148‑1 (MQ=255) tGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGcca < 5:125184/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAg < 6:154359/149‑1 (MQ=255) tGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGc < 5:31384/149‑1 (MQ=255) ccGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCg < 4:221814/149‑1 (MQ=255) gTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGt > 6:279525/1‑149 (MQ=255) ggCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGc < 3:56356/148‑1 (MQ=255) ggCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGc < 5:15682/148‑1 (MQ=255) gCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGcc > 1:233124/1‑148 (MQ=255) gggtTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCgat < 3:170350/149‑1 (MQ=255) ggTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTa > 6:325320/1‑112 (MQ=255) ggTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTa < 5:325320/112‑1 (MQ=255) cgGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATGGTCCCGTCCggg > 7:353349/1‑149 (MQ=255) ctccaCCGCCGTGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTg > 3:128701/5‑109 (MQ=255) ctccaCCGCCGTGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTg > 3:123327/5‑109 (MQ=255) ctccaCCGCCGTGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTg < 4:128701/105‑1 (MQ=255) ctccaCCGCCGGGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGGCTGCGGAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTg < 4:123327/105‑1 (MQ=255) tccaCCGCCGTGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATGGTCCCGTCCGGGcc > 4:167056/4‑149 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTg > 1:168708/1‑64 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTg < 2:168708/64‑1 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTg > 2:343776/1‑76 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTg < 1:343776/76‑1 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGa < 3:15398/86‑1 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGa > 4:15398/1‑86 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATGGTCCCGTCCGGGCCGTGaa < 8:353349/149‑1 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATGGTCCCGTCCGGGCCGTGaa > 5:51410/1‑149 (MQ=255) cGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATGGTCCCGTCCGGGCCGTGaa > 4:106748/1‑149 (MQ=255) ccACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATGGTCCCGTCCGGGCCGTGAACg > 3:31751/1‑149 (MQ=255) ccACGGCGGTGGACGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACCCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATCGTCCCGTCCGCGCCGTGAACg > 6:158889/1‑149 (MQ=255) | CCAGCACGTTGCCGCTGGCATCGCGCACGGTCACGGTGCTGCCGGCTTCGGCGTTAC‑CGGTCAGTTGCAGCCCGGTACCGGACAGCGCGAGTGCTGTCGGTGCCGTAGGCGGGGTGAAGTCCGGCGCGGTGACCGCCACGGCGGTGGAGGTGTTGTTGCCCGCGTCGGTCTGCGTAACGCTCAGGAGCTGGGCGTTGAGCTGGGCGCTGTTCAGGGTGAGGGTAAAGCTGCCATTGGCTGCCACCAGGCCGGTGCCGATGATGGTCCCGTCCGGGCCGTGAACG > NC_002947/932709‑932992 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |