| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,057,570 | C→A | 6.2% | V168L (GTG→TTG) | PP_0914 ← | GGDEF domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,057,570 | 0 | C | A | 6.2% | 206.9 / 3.7 | 65 | V168L (GTG→TTG) | PP_0914 | GGDEF domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/31); new base A (2/2); total (32/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
TCTGGTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGTGCGCTCCTGGCCGAGGATGAGGTCGGTGAGCCAGCGCATG > NC_002947/1057423‑1057718 | tCTGGTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCAcc > 2:175530/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGt < 6:153267/149‑1 (MQ=255) ctggctggGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTg < 6:313296/148‑1 (MQ=255) tggctggGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGa > 5:185029/1‑148 (MQ=255) ggggCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCAACGCGGTGATCatct < 6:385998/149‑4 (MQ=255) gggCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAgg < 1:175530/147‑1 (MQ=255) gggCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGa > 1:74859/1‑148 (MQ=255) gTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCtt < 1:32084/149‑1 (MQ=255) 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3:5377/149‑1 (MQ=255) atCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGAATCGAgcg > 2:88696/2‑147 (MQ=255) gatgatCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTg > 8:208949/1‑109 (MQ=255) gatgatCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTg < 7:208949/109‑1 (MQ=255) gatgatCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTaggaggag < 5:364188/136‑1 (MQ=255) gatgatCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTaggaggag > 6:364188/1‑136 (MQ=255) atCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGc < 5:141054/148‑1 (MQ=255) 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3:365307/1‑149 (MQ=255) aGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGcc < 8:28199/149‑1 (MQ=255) cGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCg > 5:214945/1‑148 (MQ=255) ggTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCgta < 4:365307/149‑1 (MQ=255) tttGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCgtag > 2:335794/1‑148 (MQ=255) gTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGa > 6:51505/1‑121 (MQ=255) gTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGa < 5:51505/121‑1 (MQ=255) agcagcCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCt < 2:123772/149‑1 (MQ=255) cagcCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAATTCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTTAGGTCGCCGTAGTATTCGgtgt < 6:185029/149‑1 (MQ=255) gcCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTaggagg > 1:191274/1‑105 (MQ=255) gcCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTaggagg < 2:191274/105‑1 (MQ=255) cAGTTGTAGAGCAGGTAAAGCACCATGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCTCGCCGGATATGAAGATGATGACCGCGGTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGATGTATCGAGGGTAATGCTGAGGGCGCCGTAGTATTCGCTGTaatg < 4:94517/149‑3 (MQ=255) cAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAgg > 3:300811/1‑149 (MQ=255) gTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTc > 1:207078/1‑149 (MQ=255) aGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCAc < 3:172711/147‑1 (MQ=255) aGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCAc > 4:172711/1‑147 (MQ=255) gACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGc > 7:6390/1‑149 (MQ=255) ccAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGcc > 4:111803/1‑148 (MQ=255) ccAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGcc < 6:214945/148‑1 (MQ=255) ggTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGAc > 6:44541/1‑148 (MQ=255) gCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGc < 5:44541/149‑1 (MQ=255) cACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCg > 4:69469/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCgt > 6:158086/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCTGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTcc > 5:187641/1‑130 (MQ=255) ccAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCTGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTcc < 6:187641/130‑1 (MQ=255) aGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCgtggt < 8:143927/149‑1 (MQ=255) atggccatggccCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGt < 1:335794/149‑1 (MQ=255) atggccCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGTGCGCTc > 2:120486/1‑149 (MQ=255) ccGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGTGCGCTCCTGGCCGAGGATGAg < 4:300811/149‑1 (MQ=255) gAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGa < 4:133247/53‑1 (MQ=255) gAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGa > 3:133247/1‑53 (MQ=255) gAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATAGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGAACAGTTGCGTTGTGTAGGTGCGATCCTGGCCGAGGATGAGTTCGGt > 3:218781/1‑147 (MQ=255) aGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGTGCGCTCCTGGCCGAGGATGAGGTCGGTGAGc < 3:111803/149‑1 (MQ=255) gatgatCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAg > 4:78668/1‑115 (MQ=255) gatgatCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAg < 3:78668/115‑1 (MQ=255) cctgatCAACGCGGTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGTGCGCTCCTGGCCGAGGATGAGGTCGGTGAGc > 5:140502/3‑148 (MQ=255) 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TCTGGTGCTGGCTGGGGCGGTCAGGGTTGATCTGGGTGAGGTGCTCGATGATCTTCGACAGCGGTTTGGTCAGCAGCCAGTGGTAGACCAGGTAAAGCACCAGGCCCATGGCCATGGCCCGCAGCACGCCGGATATGAAGATGATCACCGCGTTGATCAGGAAATCTTTGCCGTAGGAGGAGGTATCGAGGGTAATGCTGAGGTCGCCGTAGTATTCGCTGTAAGGTCCACGGCCGACCAGTTGCGTGGTGTAGGTGCGCTCCTGGCCGAGGATGAGGTCGGTGAGCCAGCGCATG > NC_002947/1057423‑1057718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |