Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,583,319 | T→G | 8.2% | Y170D (TAT→GAT) | ttgR → | HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,583,319 | 0 | T | G | 8.2% | 164.3 / 3.2 | 57 | Y170D (TAT→GAT) | ttgR | HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/22); new base G (3/2); total (33/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGACATGTGTGAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGG > NC_002947/1583174‑1583466 | tGACATGTGTGAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATg > 6:315545/1‑149 (MQ=255) gtgAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATGACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGGGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCGATGTCGATGGc > 3:289599/1‑149 (MQ=255) gtgAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGc > 5:249303/1‑149 (MQ=255) gtgAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCGATGTCGATGGc > 3:294629/1‑149 (MQ=255) gtgAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTCCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATTGc > 2:320122/1‑149 (MQ=255) tgAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGACCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGc < 2:219075/148‑1 (MQ=255) tgAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGATGGATTGCGACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCAGTAGGCCGTGGGCAGTTGGCAGGCGAGCGGCATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTAGCGTATGTCGATGGcc > 6:99697/1‑149 (MQ=255) gCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCgg < 8:288604/148‑1 (MQ=255) agcGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTgg < 7:197827/149‑1 (MQ=255) gcCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTa > 8:149940/1‑149 (MQ=255) tGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATtgctgc < 4:111223/149‑1 (MQ=255) tGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGAc < 5:315545/149‑1 (MQ=255) gctgcccACACGGGCAGCACCCTGCCGCTGGCCCATGCCGCCCGCCGGGGCCCGTTGCCTGGCGAGCCGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATCTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAgtgt < 4:305509/144‑1 (MQ=255) ttGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTc > 4:99805/1‑148 (MQ=255) ccACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGACTGACAGTGTCGATc < 2:378134/149‑1 (MQ=255) ccACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGACTGACAGTGTCGATc > 1:378134/1‑149 (MQ=255) ccACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGACTGATCGGGCGCTTGCTATTGCTGCCTCACAGTGTCGATc > 3:43196/1‑149 (MQ=255) cacaAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCt > 5:329147/1‑149 (MQ=255) cacaAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGGCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGCCAGTGTCGATCt > 8:327767/1‑149 (MQ=255) acaAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTGGCCGATGTCGATGGCGTGATCGGGCGGTGGCTATTGATGCCTGACTGTGTCGATCTg > 5:116366/1‑149 (MQ=255) aaGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTgg > 8:308642/1‑120 (MQ=255) aaGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGtt < 1:48067/149‑1 (MQ=255) aaGGGAATGACACTGGCGCTTGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTTCCTGGCGAGCTTGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTGTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGtt < 5:99697/149‑1 (MQ=255) gggCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTgg < 6:249303/149‑1 (MQ=255) ggCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGCTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTggg > 4:56938/1‑149 (MQ=255) cttCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGGACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGGCGATCTGTTGGGTg < 3:5691/147‑1 (MQ=255) cgcTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGaaaaa < 1:55240/149‑1 (MQ=255) cAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTc > 3:321398/1‑148 (MQ=255) aaTGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGGGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGa < 3:56938/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCg > 1:120103/1‑118 (MQ=255) aaTGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCg < 2:120103/118‑1 (MQ=255) gCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTg > 6:271691/1‑149 (MQ=255) cAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATAtgct > 5:198799/1‑149 (MQ=255) gTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATAtgctgc > 3:303482/1‑149 (MQ=255) gTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATAtgctgc < 1:204163/149‑1 (MQ=255) cTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGa > 1:345650/1‑124 (MQ=255) cTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGa < 2:345650/124‑1 (MQ=255) tGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACa < 5:112681/86‑1 (MQ=255) tGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACa > 6:112681/1‑86 (MQ=255) tGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCtt > 1:43172/1‑147 (MQ=255) gCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGc > 1:339225/1‑149 (MQ=255) gCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCgg < 4:321398/149‑1 (MQ=255) cTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCGATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGc < 4:294629/149‑1 (MQ=255) gATGTCTAGCGCGAGTCGGTGGCCATGTTTGCCGATGGCTATGTCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGc < 4:289599/146‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGAGCTTGAGCCCGGCTCTgcg > 2:201160/1‑148 (MQ=255) gcgcgcGGGGGTTGGCATGATTTCCTATGTCGATGGCCTGATCTGTCGCGGGGTATTGCTGGTTGTCTTTGTCTATCTGTTGGGTTATGTATAATAATGGGTCTACAGCGGTCTGGATATGCTGTGCTTGAGCCGGTCTCTGCGAAAAt < 4:43196/149‑1 (MQ=255) gcgcgGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGa > 3:98026/1‑149 (MQ=255) gcgcgGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGa > 6:85073/1‑149 (MQ=255) tGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACAGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGt > 7:260567/1‑148 (MQ=255) ggCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGtt > 7:165320/1‑148 (MQ=255) gCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTaa < 1:119315/149‑1 (MQ=255) cATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAgg > 6:42369/1‑149 (MQ=255) gTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGAtt > 2:124219/1‑149 (MQ=255) tttGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGAtt < 1:180148/148‑1 (MQ=255) ttGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGAGCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATtgt > 6:261031/1‑149 (MQ=255) tGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATtgt < 2:339225/148‑1 (MQ=255) cTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAgg > 5:237996/1‑149 (MQ=255) | TGACATGTGTGAAATTCGCCAGCAGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGG > NC_002947/1583174‑1583466 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |