| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,774,628 | C→G | 6.9% | S604C (TCC→TGC) ‡ | PP_1581 → | BNR domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,774,628 | 0 | C | G | 6.9% | 296.7 / 9.6 | 101 | S604C (TCC→TGC) ‡ | PP_1581 | BNR domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/43); new base G (5/2); total (56/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTC > NC_002947/1774482‑1774772 | gTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGTGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTcc < 5:142702/148‑1 (MQ=255) cTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGtt < 6:33929/148‑1 (MQ=255) cgcgGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCAAACTCCGTTgg > 1:47803/1‑148 (MQ=255) gcgGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTgg < 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ttGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGGCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTGGGGCAAGTCACGtcc > 5:183322/1‑147 (MQ=255) ggCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTTTTGATCTGCGTGAACAAAGATATCTAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCCCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTAcc < 8:333931/148‑1 (MQ=255) tctcCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGAtt > 2:171120/1‑147 (MQ=255) tctcCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGAtt < 1:171120/147‑1 (MQ=255) tctcCGAGCGGTAGACTGTTGATCTGCGTGAACAACGATATCTCGAGGAAAACCCGCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGGCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATtgt < 6:183322/149‑1 (MQ=255) 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4:29238/1‑125 (MQ=255) tGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCAc > 6:181781/1‑148 (MQ=255) aGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgt < 6:88382/149‑1 (MQ=255) aGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgt < 4:285968/149‑1 (MQ=255) gCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtg > 2:163989/1‑149 (MQ=255) gCCCAACGGAGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtg > 8:217619/1‑149 (MQ=255) gCCCAACGGAGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtg > 6:391613/1‑149 (MQ=255) cccAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgt < 8:121442/149‑1 (MQ=255) cccAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgt < 5:390669/149‑1 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTc < 1:162579/149‑1 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCCTATTACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTc > 5:363424/1‑149 (MQ=255) | GTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTC > NC_002947/1774482‑1774772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |