Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,774,629 | C→A | 6.9% | S604S (TCC→TCA) ‡ | PP_1581 → | BNR domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,774,629 | 0 | C | A | 6.9% | 304.0 / 10.8 | 101 | S604S (TCC→TCA) ‡ | PP_1581 | BNR domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/42); new base A (5/2); total (56/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-02 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCGGTGA > NC_002947/1774482‑1774777 | gTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGTGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTcc < 5:142702/148‑1 (MQ=255) cTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGtt < 6:33929/148‑1 (MQ=255) cgcgGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCAAACTCCGTTgg > 1:47803/1‑148 (MQ=255) gcgGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTgg < 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ttGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGGCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTGGGGCAAGTCACGtcc > 5:183322/1‑147 (MQ=255) ggCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTTTTGATCTGCGTGAACAAAGATATCTAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCCCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTAcc < 8:333931/148‑1 (MQ=255) tctcCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGAtt < 1:171120/147‑1 (MQ=255) tctcCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGAtt > 2:171120/1‑147 (MQ=255) tctcCGAGCGGTAGACTGTTGATCTGCGTGAACAACGATATCTCGAGGAAAACCCGCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGGCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATtgt < 6:183322/149‑1 (MQ=255) 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gagaGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCtt > 3:60364/1‑113 (MQ=255) gagaGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACaa > 8:271225/1‑149 (MQ=255) agGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACaacg > 1:101430/1‑148 (MQ=255) aaaaCCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACaacgaacg < 2:47803/149‑1 (MQ=255) cTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACcgc > 7:147824/1‑149 (MQ=255) cTCACGCTTGCTCTATCAGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAACCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACcgc < 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3:60102/1‑119 (MQ=255) tggtgCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACt < 4:60102/119‑1 (MQ=255) gtgCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCgg > 6:390669/1‑149 (MQ=255) gtgCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCgg < 4:313725/149‑1 (MQ=255) gtgCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCg < 5:44189/148‑1 (MQ=255) gacttgCCCAACGGAGTTTGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCagga > 2:334052/6‑134 (MQ=255) gacttgCCCAACGGAGTTTGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCagga < 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4:29238/1‑125 (MQ=255) tGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCAc > 6:181781/1‑148 (MQ=255) aGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgt < 6:88382/149‑1 (MQ=255) aGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgt < 4:285968/149‑1 (MQ=255) gCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtg > 2:163989/1‑149 (MQ=255) gCCCAACGGAGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtg > 8:217619/1‑149 (MQ=255) gCCCAACGGAGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtg > 6:391613/1‑149 (MQ=255) cccAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgt < 8:121442/149‑1 (MQ=255) cccAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAgtgt < 5:390669/149‑1 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTc < 1:162579/149‑1 (MQ=255) aaCTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCCTATTACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTc > 5:363424/1‑149 (MQ=255) cGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCGGTGa < 5:181781/149‑1 (MQ=255) | GTCCTCGCGGATCTGGCTTGGCCGTTCTCCGAGCGGTCGACTGTTGATCTGCTGGAACAACGATATCGAGAGGAAAACCCTCACGCTTGCTCTATCGGATGATGAGGGGGTCACCTGGCCTCACAAAGTGGTGCTGGAGCCCAACTCCGTTGGGCAAGTCACGTACCCGATTGTGACCTTCGGGGACGATGGGTTGATCCTCATCGCGTATGACAACGAACGGACCGCGAAGCGGCAGATTCGCACTGCCAGGGTCATTGAGCAGGAGGTCGTGGCCGGCACCAGTGTGTCGGTGA > NC_002947/1774482‑1774777 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |