| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,987,443 | G→A | 8.2% | S233N (AGT→AAT) | PP_1778 → | lipopolysaccharide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,987,443 | 0 | G | A | 8.2% | 212.0 / 6.2 | 74 | S233N (AGT→AAT) | PP_1778 | lipopolysaccharide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/32); new base A (4/2); total (39/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTACCGTTC > NC_002947/1987296‑1987589 | tgcAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGt > 4:298920/1‑149 (MQ=255) cAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTc < 3:372713/148‑1 (MQ=255) aGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAg < 3:298920/149‑1 (MQ=255) aGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAg > 2:300880/1‑149 (MQ=255) aGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAg > 1:184994/1‑149 (MQ=255) tCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGt > 4:95644/1‑148 (MQ=255) tttACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGAc < 3:192926/149‑1 (MQ=255) cccAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGa > 3:188288/1‑149 (MQ=255) cccAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGACACCCTTAGGTTTAACCCCATGTAGCACATTGTTACTGCCTATCACGACGTCCTCCTGTACGCTAAAGCGCCGGATTTGAGTCAGGCGGTTGGCAGGACCGGGa > 5:72266/1‑149 (MQ=255) cAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTCCTCCTGTACGCTAAAGCGCATGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGTGAtt > 5:294487/1‑149 (MQ=255) aaTCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGAttt > 5:63906/1‑149 (MQ=255) aaTCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGAttt > 3:200846/1‑149 (MQ=255) tCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTcc < 4:188288/149‑1 (MQ=255) gTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑tt < 1:190420/149‑1 (MQ=255) aCATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTgg > 1:326335/1‑148 (MQ=255) aCATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGt > 2:376314/1‑149 (MQ=255) aTGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCt > 6:323540/1‑149 (MQ=255) tCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCtgttg < 4:200846/149‑1 (MQ=255) aTGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGGTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCgg > 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cTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCGCttta < 4:19515/109‑3 (MQ=255) cacCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcct < 1:376314/149‑1 (MQ=255) ccTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcctgt < 3:140995/149‑1 (MQ=255) cTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcctgtt > 6:109004/1‑149 (MQ=255) ggCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑ttt > 7:269428/1‑115 (MQ=255) ggCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑ttt < 8:269428/115‑1 (MQ=255) ccACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑tt < 3:244100/112‑1 (MQ=255) ccACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑tt > 4:244100/1‑112 (MQ=255) ccACCCTTAGTTTTAACCCCATGAATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGACTGTTCCTGTTTCGTCgg > 1:85632/1‑149 (MQ=255) ccTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCtg > 1:70172/1‑149 (MQ=255) ccTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCtg < 5:109004/149‑1 (MQ=255) ttAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTGTCGTCGGTCtgtg > 8:130713/1‑149 (MQ=255) aGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGc < 4:361599/148‑1 (MQ=255) ccccATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtgg > 7:27069/1‑149 (MQ=255) cATGTAGCCCATTGTTACTGACTATCCCGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTTAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggtgg < 6:72266/149‑1 (MQ=255) tgaaTCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGAt < 2:85632/146‑1 (MQ=255) aTCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTa > 5:125739/1‑149 (MQ=255) cgaTTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtgg < 1:241385/136‑1 (MQ=255) ccATTGTTACTGCCAATCACGACGTACTCCAGTACGCTAAAGCGCCAGATTTTAATAACGCGGTTGTCATGACCCGGATTTGC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCAGGTTAGTAGGTCAGTGCCTGAAATGGTAGAtcggga > 2:241385/1‑143 (MQ=255) cATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGCTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTAt < 1:21969/149‑1 (MQ=255) aTTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTAt > 5:341208/1‑148 (MQ=255) ttACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGc < 2:70172/148‑1 (MQ=255) cTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAg < 6:125739/149‑1 (MQ=255) ataacgactTACTACTTTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTAATGCGGTTGTCATGACCTGGATTTCC‑TTTGTTCTGTTGTTTCTTGGc > 8:16472/4‑89 (MQ=255) aTCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCCGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGc < 7:16472/89‑1 (MQ=255) tCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAgt < 2:184994/147‑1 (MQ=255) cACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAgtgt > 6:158800/1‑148 (MQ=255) acgacgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCa < 2:81127/149‑1 (MQ=255) gacgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGt < 5:323540/149‑1 (MQ=255) tCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGAtgtgt > 6:313251/1‑148 (MQ=255) tCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTgg > 3:98117/1‑149 (MQ=255) tGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTAc > 6:103361/1‑117 (MQ=255) tGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTAc < 5:103361/117‑1 (MQ=255) tGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGc > 3:357107/1‑148 (MQ=255) 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cgcCTGACTCAACTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTAAGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCt < 2:268757/143‑1 (MQ=255) cgcCTGACTCAAATCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGTTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTAAGAGCCTTTTTAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTaaga > 1:268757/1‑144 (MQ=255) cgcCTGACTCAAATCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCt < 7:327845/143‑1 (MQ=255) cgcCTGACTCAAATCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCt > 8:327845/1‑143 (MQ=255) ccTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGc > 1:320824/1‑55 (MQ=255) ccTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGc < 2:320824/55‑1 (MQ=255) cTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCGTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggtgg < 1:31087/96‑1 (MQ=255) cTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggtgg > 2:31087/1‑96 (MQ=255) cTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACg > 3:370186/1‑148 (MQ=255) aGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTACCGTTc < 1:300880/148‑1 (MQ=255) | TGCAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCC‑TTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTACCGTTC > NC_002947/1987296‑1987589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |