| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,034,001 | G→A | 8.6% | E494E (GAG→GAA) | pgi‑I → | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,034,001 | 0 | G | A | 8.6% | 162.0 / 3.9 | 61 | E494E (GAG→GAA) | pgi‑I | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/28); new base A (3/2); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
GCCGAATTGCGCGCTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCC > NC_002947/2033855‑2034149 | gCCGAATTGCGCGCTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGca > 5:213824/1‑149 (MQ=32) aaaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTa > 1:204834/1‑147 (MQ=32) aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACa < 7:331014/148‑1 (MQ=32) aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTAc < 5:129246/147‑1 (MQ=11) cTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGt > 4:44442/1‑149 (MQ=32) tCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGc > 4:344312/1‑146 (MQ=32) tCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGc < 3:344312/146‑1 (MQ=32) tCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGt > 2:316248/1‑148 (MQ=32) aaGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTgg > 3:136198/1‑149 (MQ=32) gCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTgggg < 7:341959/149‑1 (MQ=32) aCATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATc < 5:87745/149‑1 (MQ=32) aCATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTACatg > 2:70801/1‑130 (MQ=11) aCATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTACatg < 1:70801/132‑3 (MQ=11) aTCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACaa < 1:139883/116‑1 (MQ=32) aTCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCAAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACaa > 2:139883/1‑116 (MQ=17) 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ccGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTgg < 8:270203/148‑1 (MQ=32) ccGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTgg < 5:116380/148‑1 (MQ=32) ggTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCaa < 5:339482/149‑1 (MQ=32) tAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAgg < 7:184582/149‑1 (MQ=32) aaCCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAgg < 6:213824/148‑1 (MQ=32) ccGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTTCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGTTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTggg < 3:216347/149‑1 (MQ=21) cacaTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTggg < 7:265774/92‑1 (MQ=33) cacaTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTggg > 8:265774/1‑92 (MQ=33) acaTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGTGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTgg < 2:162659/139‑1 (MQ=21) acaTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTgg > 1:162659/1‑139 (MQ=34) caTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGc < 8:97971/123‑1 (MQ=31) caTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGc > 7:97971/1‑123 (MQ=31) caTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGtt > 6:119182/1‑149 (MQ=35) aTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGttt < 4:237683/149‑1 (MQ=35) aTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGtt > 3:237683/1‑148 (MQ=35) gtCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAgc < 4:136198/148‑1 (MQ=34) gAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCtt > 7:175578/1‑149 (MQ=34) gcgcATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTgg > 1:6365/1‑149 (MQ=34) gagcATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGAACTAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGAGATATCTCGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGACGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGAGCTTgg > 5:341580/3‑149 (MQ=11) cgcATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGGGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGt < 7:65434/149‑1 (MQ=21) aTCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCgg > 6:193388/1‑149 (MQ=34) aTCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCgg > 2:304581/1‑149 (MQ=34) gcgcCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTgg < 4:162428/149‑1 (MQ=34) gcgcCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTg > 3:162428/1‑148 (MQ=34) gcCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGTTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGaa < 3:234725/149‑1 (MQ=21) ccGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAg < 2:6365/149‑1 (MQ=34) ccGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGATATCAGGGGTATCAACGCCTACGATCAGTTGGGCGTCGAGCTGACCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTgg > 2:352321/1‑146 (MQ=11) cGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGa < 1:46492/149‑1 (MQ=34) tggtggCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGAc > 3:260371/1‑149 (MQ=34) gctctGTACGAACACCTTGTGCTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTc > 1:81475/5‑149 (MQ=11) tctGTACGAACACCTTGTGCTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCa > 6:3172/3‑149 (MQ=11) cATGTACGATCAGATGGTGTTCGTACAGAGCTTTATCTGGTGTATCAACGCCTTCGATGAGTGGGTCGTCGAGCTGGGCAAGTAACTGTGCAAGAGCGTTTACCTGCGCTTGGTCGGTGGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCa < 1:352321/149‑1 (MQ=11) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAgcg < 5:76043/127‑1 (MQ=35) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAgcg > 6:76043/1‑127 (MQ=35) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCAc < 6:342037/143‑1 (MQ=34) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCAc > 5:342037/1‑143 (MQ=34) gCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGcc > 1:381115/1‑149 (MQ=34) | GCCGAATTGCGCGCTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCC > NC_002947/2033855‑2034149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |