| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,034,011 | T→C | 7.8% | F498L (TTC→CTC) | pgi‑I → | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,034,011 | 0 | T | C | 7.8% | 172.9 / 4.7 | 64 | F498L (TTC→CTC) | pgi‑I | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/30); new base C (3/2); total (32/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
AAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAATTA > NC_002947/2033870‑2034159 | aaaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTa > 1:204834/1‑147 (MQ=32) aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACa < 7:331014/148‑1 (MQ=32) aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTAc < 5:129246/147‑1 (MQ=11) cTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGt > 4:44442/1‑149 (MQ=32) tCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGc > 4:344312/1‑146 (MQ=32) tCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGc < 3:344312/146‑1 (MQ=32) tCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGt > 2:316248/1‑148 (MQ=32) aaGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTgg > 3:136198/1‑149 (MQ=32) gCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTgggg < 7:341959/149‑1 (MQ=32) aCATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATc < 5:87745/149‑1 (MQ=32) aCATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTACatg < 1:70801/132‑3 (MQ=11) aCATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTACatg > 2:70801/1‑130 (MQ=11) tCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAAc < 2:204834/149‑1 (MQ=32) tCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACAGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAAc > 4:234725/1‑149 (MQ=17) gCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCa < 3:44442/149‑1 (MQ=32) acaAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGc > 2:46492/1‑149 (MQ=32) aGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTc < 7:296280/149‑1 (MQ=32) aTCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGc > 8:115633/1‑148 (MQ=32) aTCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGc < 7:115633/148‑1 (MQ=32) tCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTg > 3:317579/1‑149 (MQ=32) 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tAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAgg < 7:184582/149‑1 (MQ=32) aaCCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAgg < 6:213824/148‑1 (MQ=32) ccGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTTCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGTTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTggg < 3:216347/149‑1 (MQ=21) cacaTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTggg < 7:265774/92‑1 (MQ=33) cacaTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTggg > 8:265774/1‑92 (MQ=33) acaTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGTGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTgg < 2:162659/139‑1 (MQ=21) acaTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTgg > 1:162659/1‑139 (MQ=34) caTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGc < 8:97971/123‑1 (MQ=31) caTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGc > 7:97971/1‑123 (MQ=31) caTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGtt > 6:119182/1‑149 (MQ=35) aTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGttt < 4:237683/149‑1 (MQ=35) aTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGtt > 3:237683/1‑148 (MQ=35) 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aTCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCgg > 2:304581/1‑149 (MQ=34) aTCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCgg > 6:193388/1‑149 (MQ=34) gcgcCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTgg < 4:162428/149‑1 (MQ=34) gcgcCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTg > 3:162428/1‑148 (MQ=34) gcCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGTTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGaa < 3:234725/149‑1 (MQ=21) ccGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAg < 2:6365/149‑1 (MQ=34) ccGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGATATCAGGGGTATCAACGCCTACGATCAGTTGGGCGTCGAGCTGACCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTgg > 2:352321/1‑146 (MQ=11) cGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGa < 1:46492/149‑1 (MQ=34) tggtggCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGAc > 3:260371/1‑149 (MQ=34) gctctGTACGAACACCTTGTGCTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTc > 1:81475/5‑149 (MQ=11) tctGTACGAACACCTTGTGCTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCa > 6:3172/3‑149 (MQ=11) cATGTACGATCAGATGGTGTTCGTACAGAGCTTTATCTGGTGTATCAACGCCTTCGATGAGTGGGTCGTCGAGCTGGGCAAGTAACTGTGCAAGAGCGTTTACCTGCGCTTGGTCGGTGGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCa < 1:352321/149‑1 (MQ=11) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAgcg < 5:76043/127‑1 (MQ=35) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAgcg > 6:76043/1‑127 (MQ=35) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCAc < 6:342037/143‑1 (MQ=34) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCAc > 5:342037/1‑143 (MQ=34) gCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGcc > 1:381115/1‑149 (MQ=34) cacaAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGt > 3:184273/1‑104 (MQ=35) cacaAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGt < 4:184273/104‑1 (MQ=35) aaGGTGTTCGTACAGAGCTTTATCTGGTGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGTGCTTCGAGATTGGCAAGGAACTGGGCTAGAGCTTTTACCTGCGCTTGGTCGGTAGCGTGTAAGACTGCGCCTAATACGGTTCCACCCAATTCCTGAt < 6:341580/149‑1 (MQ=11) aaGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGAt > 5:37249/1‑149 (MQ=34) ggTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATc > 1:328560/1‑148 (MQ=34) ttCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAATTa < 5:119182/149‑1 (MQ=37) ttCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAATTa > 8:327459/1‑149 (MQ=37) | AAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAATTA > NC_002947/2033870‑2034159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |