Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,099,155 | G→C | 8.1% | S245R (AGC→AGG) | PP_1875 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,099,155 | 0 | G | C | 8.1% | 181.4 / 3.5 | 59 | S245R (AGC→AGG) | PP_1875 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/28); new base C (3/2); total (29/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCCAGCTCCTGGTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGCCGCTGAGTGCGCCGATCACCGTCACCAGCGGTTTGGTCAGCA > NC_002947/2099011‑2099303 | ttCCAGCTCCTGGTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGa > 4:125155/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCCTGGTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACGGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGAc > 5:376271/1‑148 (MQ=255) cTGGTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAActgc < 6:41225/148‑1 (MQ=255) tGGTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAActgctg > 8:20400/1‑149 (MQ=255) ggTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTgg > 8:269974/1‑149 (MQ=255) ggTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTgg > 8:225237/1‑149 (MQ=255) gTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGt > 2:73016/1‑149 (MQ=255) tgACAGGCTCAGGGTGCTGTTGCTGGCCTTTAGCGCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTg < 6:376271/147‑1 (MQ=255) gACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGc > 2:323760/1‑149 (MQ=255) gACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGc < 1:73016/149‑1 (MQ=255) caggctcaggctGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGa > 4:32224/1‑149 (MQ=255) gctcaggctGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCt > 8:273653/1‑149 (MQ=255) ctcaggctGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCt > 7:139772/1‑148 (MQ=255) aggctGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTTTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTAGCGACCTTCa < 1:280136/148‑1 (MQ=255) aggctGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCAc < 7:273653/149‑1 (MQ=255) aggctGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGGCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCAc < 4:59793/149‑1 (MQ=255) gctgctGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCAc > 6:55616/1‑147 (MQ=255) ctgctgTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGTGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAg > 4:280867/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGc < 3:125155/148‑1 (MQ=255) gCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGTGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCg < 3:280867/148‑1 (MQ=255) gCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGAttt < 7:225237/148‑1 (MQ=255) cTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGt < 1:232664/149‑1 (MQ=255) cTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCt > 7:190905/1‑149 (MQ=255) cGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCg < 1:323760/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCgtgt < 5:55616/148‑1 (MQ=255) gTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTcc < 3:49782/149‑1 (MQ=255) tGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCa < 7:269974/149‑1 (MQ=255) gcCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCCGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTgg < 1:200571/149‑1 (MQ=255) gcCGACACGATGTCTTCCAGCGCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTgg < 5:4890/149‑1 (MQ=255) gACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTc < 6:266923/128‑1 (MQ=255) gACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTc > 5:266923/1‑128 (MQ=255) acacGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTc < 1:210216/107‑1 (MQ=255) acacGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTc > 2:210216/1‑107 (MQ=255) acGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTc > 7:11992/1‑149 (MQ=255) acGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTc > 4:130029/1‑149 (MQ=255) gATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCa < 3:4154/107‑1 (MQ=255) gATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCa > 4:4154/1‑107 (MQ=255) aTGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAg < 7:20400/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCAtgt < 4:347768/132‑1 (MQ=255) tCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCAtgt > 3:347768/1‑132 (MQ=255) ccAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGtt > 5:260018/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATCCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCAtgt > 2:22364/1‑131 (MQ=255) ccAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATCCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCAtgt < 1:28245/131‑1 (MQ=255) ccAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATCCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCAtgt > 2:28245/1‑131 (MQ=255) ccAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATCCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCAtgt < 1:22364/131‑1 (MQ=255) cAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGttt < 6:260018/149‑1 (MQ=255) gCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGc < 2:17934/149‑1 (MQ=255) gTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCggg > 3:155425/1‑149 (MQ=255) ggTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCgg < 4:155425/147‑1 (MQ=255) gCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGc < 8:139772/149‑1 (MQ=255) gCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGc > 2:112834/1‑149 (MQ=255) ccgcTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGCCGCTGAGTGCGCCGATCa > 3:146805/1‑149 (MQ=255) cgcTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGgcg > 3:220193/1‑101 (MQ=255) cgcTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGgcg < 4:220193/101‑1 (MQ=255) ttCGATCTCGGTGGCCAACCTCACGAACTGCTCGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTTGGCATTCCAGGCGCGTTTGACGGGGTTTGCGAGGGTCGCTGCCGATGAGTGCGCCGATCACCGTCa > 6:184960/1‑149 (MQ=255) cgttctcGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGGGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGCCGCTGAGTGCGCCGATCACCGTCAc < 8:190905/145‑1 (MQ=255) cGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGCCGCt < 2:21351/127‑1 (MQ=255) cGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGCCGCt > 1:21351/1‑127 (MQ=255) cGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGCCGCTGAGTGCGCCGATCACCGTCAc > 5:45813/1‑148 (MQ=255) gCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGCCGCTGAGTGCGCCGATCACCGTCACCAGCGGTTTGGTCAGca > 2:93156/1‑149 (MQ=255) | TTCCAGCTCCTGGTTGGACAGGCTCAGGCTGCTGTTGCTGGCCTTGAGCTCGTTGGTGCGCGCCGACACGATGTCTTCCAGCTCGTTCAGGTACTGGGTCAGGCGGTTTTCCGCGGTGCGCCGCTGTTCGATCTCGGTGGCCATGCTGACGAACTGCTGGTTGGCGACCTTCACCAGCACGCCGATTTCGTCATGCTCGTGTCCATGTGGGCATTCCAGGCGCGTTTGCCGGGGTTTGCGCGGGTCGCTGCCGCTGAGTGCGCCGATCACCGTCACCAGCGGTTTGGTCAGCA > NC_002947/2099011‑2099303 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |