Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,199,063 | A→T | 7.1% | I275F (ATT→TTT) | purU‑III → | formyltetrahydrofolate deformylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,199,063 | 0 | A | T | 7.1% | 164.0 / 3.1 | 56 | I275F (ATT→TTT) | purU‑III | formyltetrahydrofolate deformylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/30); new base T (2/2); total (24/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 |
CGCTGATCTCGATGAAGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTGGGGTCAGCCAGAGTATACCGATT > NC_002947/2198915‑2199210 | cGCTGATCTCGATGAAGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGa > 8:9956/1‑149 (MQ=255) cGCTGATCTCGATGAAGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGa > 8:61392/1‑149 (MQ=255) gCTGATCTCGATGAAGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGAt < 7:61392/149‑1 (MQ=255) aTCTCGATGAAGGCCCATTTTTTGCGCAATACGTCGAAAACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATtgt < 7:87693/148‑1 (MQ=255) cGATGAAGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGa < 8:101235/146‑1 (MQ=255) cGATGAAGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGa > 7:101235/1‑146 (MQ=255) gATGAAGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTACTAGAGGAACGCTTGATTGTGAAttg > 4:265362/1‑147 (MQ=255) aGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACCTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTgaa < 6:210902/148‑1 (MQ=255) ggCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTgaac > 8:19414/1‑148 (MQ=255) cccAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTgaacgaa < 7:9956/149‑1 (MQ=255) attGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGt > 5:367675/1‑149 (MQ=255) cgcAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGttttt < 6:84283/149‑1 (MQ=255) cAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGc < 5:68787/149‑1 (MQ=255) tCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGctgactga < 8:38621/149‑1 (MQ=255) cGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGAt > 6:294173/1‑149 (MQ=255) gAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTAGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCCTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTTTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATc > 1:248769/1‑149 (MQ=255) aaCACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCt < 6:343302/149‑1 (MQ=255) acGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGc < 6:367675/149‑1 (MQ=255) tAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCtaa > 4:186422/1‑149 (MQ=255) cATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATaaaa < 6:256049/149‑1 (MQ=255) cTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTa < 3:265362/149‑1 (MQ=255) tCAGCAGAGGATCTGGATCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTACTGACGAGGGCCGTCCACTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGAATGTGAATGGATAACGAACAGTAGTATTTGGTGACTGAACTTGCTAATAAAAATaacatag > 2:83498/1‑144 (MQ=255) agcagAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTTCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAg < 5:30060/147‑1 (MQ=255) ggATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGTGGGTGGTGTGGTGTCGATGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTTCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTAc < 3:319314/148‑1 (MQ=255) tatatGGTTCGTAAAGGACGCGACATTGAGCTTAGTGTGCTTTAGATGGCCGTGCTATTGTTCCTAGATCTACGCTAGAATGTGAATTTTGAACGAACCTTAGTTTTTGTTGACTGATATTGCTAATAAAAATAAGCTATAATTTACCt > 6:214002/5‑149 (MQ=255) gTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTTATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAAt < 1:290461/146‑1 (MQ=255) gTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAAt < 5:294173/146‑1 (MQ=255) tAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGGGGACGGATCTTGCTAATAAAAATAAGCGAGGAGTTACCTAATGAACACg > 5:367751/1‑148 (MQ=255) tAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACg > 5:69187/1‑148 (MQ=255) aCATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGTGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATgcg > 1:268425/1‑148 (MQ=255) aCATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATgcgc < 7:19414/149‑1 (MQ=255) aTTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATgcgc > 5:138597/1‑147 (MQ=255) tgCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAgg < 5:143458/148‑1 (MQ=255) tGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTAt > 4:173330/1‑149 (MQ=255) tCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTa < 6:138597/146‑1 (MQ=255) tCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTAt < 3:173330/147‑1 (MQ=255) tCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTAt < 3:186422/147‑1 (MQ=255) gAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCa > 5:180365/1‑149 (MQ=255) ccGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACAGATCTAGCTAATAAAAATAAGCTAGGACTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAATACGCCAGAAGGCTATTTCACCacc > 5:264995/1‑147 (MQ=255) cGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGcc > 5:263172/1‑149 (MQ=255) tGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGc > 1:357639/1‑134 (MQ=255) tGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGc < 2:357639/134‑1 (MQ=255) ctctTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATTAACACGAATTACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTg < 2:248769/149‑1 (MQ=255) ttGTTCCTAGAGGAACGATTTATTGTGAATGTTGAACGAACAGTAGTTTTTGTTGAATGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGTAGTTAACTAATGAAAACTAATGACATGATCAATACTCCATAAGTATATTTAACAAGAAGCTgt < 5:214002/147‑2 (MQ=255) gTTCCTAGCGGACCGCTTCATTGTTAATGGTCAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTTCTAAAAAAAATAACCTAGGAGTTACCTAATCAACACCAATCACATGCGCAACACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTgggg < 6:180365/147‑1 (MQ=255) gTTCCTAGAGGACCGCTTGTTTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACg > 4:17179/1‑118 (MQ=255) gTTCCTAGAGGACCGCTTGTTTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACg < 3:17179/118‑1 (MQ=255) gTTCCTAGAGGACCGCTTGTTTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACg < 3:22307/118‑1 (MQ=255) gTTCCTAGAGGACCGCTTGTTTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACg > 4:22307/1‑118 (MQ=255) gTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTggg < 2:268425/146‑1 (MQ=255) ttCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTGGGGt > 6:168639/1‑147 (MQ=255) tAGAGGACGGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAg > 4:166427/1‑117 (MQ=255) tAGAGGACGGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAg < 3:166427/117‑1 (MQ=255) tAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGAGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTGGGGTCAGc > 4:229415/1‑147 (MQ=255) gagGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGa > 3:16895/1‑109 (MQ=255) gagGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGa < 4:16895/109‑1 (MQ=255) gagGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTGGGGTCAGCCaga < 6:69187/149‑1 (MQ=255) cGCTTGATTGTTAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTGGGGTCAGCCAGAGTATAc < 4:86753/149‑1 (MQ=255) aTTGTGAATGGTGAACGTACCGTAGTTTTTGGTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGGTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTGGGGTCAGCCAGAGTATACCGAtt < 1:83498/148‑1 (MQ=255) | CGCTGATCTCGATGAAGGCCCAATTATTGCGCAAGACGTCGAACACGTAAGTCATCGTGACTCAGCAGAGGATCTGGTTCGTAAAGGCCGCGACATTGAGCGTCGTGTGCTGTCGAGGGCCGTGCTCTTGTTCCTAGAGGACCGCTTGATTGTGAATGGTGAACGAACCGTAGTTTTTGCTGACTGATCTTGCTAATAAAAATAAGCTAGGAGTTACCTAATGAACACGAATGACATGCGCAAGACGCCAGAAGGCTATTTCACCAGCCGCTGGGGTCAGCCAGAGTATACCGATT > NC_002947/2198915‑2199210 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |