Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,281,030 | T→A | 7.7% | intergenic (+88/‑149) | fadH → / → PP_2009 | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase/1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,281,030 | 0 | T | A | 7.7% | 156.5 / 2.8 | 52 | intergenic (+88/‑149) | fadH/PP_2009 | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase/1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/22); new base A (2/2); total (28/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
CGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGAT > NC_002947/2280885‑2281176 | cGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGc < 8:102289/149‑1 (MQ=255) ggATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGgtgt > 7:177326/1‑149 (MQ=255) tGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACAGGCAT‑TGCCGGTGTTcg > 8:337949/1‑149 (MQ=255) aaGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCg > 4:66106/1‑138 (MQ=255) aaGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCg < 3:66106/138‑1 (MQ=255) aaGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAA‑TGCCGgtgc < 3:155459/142‑2 (MQ=255) aaGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAA‑TGCCGgtgc > 4:155459/1‑141 (MQ=255) gCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAAcc > 5:230269/1‑149 (MQ=255) gCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAAcc > 7:8310/1‑149 (MQ=255) gATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCg > 5:194730/1‑149 (MQ=255) tCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGgt > 3:36761/1‑130 (MQ=255) tCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGgt < 4:36761/130‑1 (MQ=255) aaCCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTc < 6:196292/148‑1 (MQ=255) ggCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTacgac < 7:337949/149‑1 (MQ=255) tCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAA‑TGCCGgtgcca > 7:159808/1‑120 (MQ=255) tCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAA‑TGCCGgtgcca < 8:159808/123‑4 (MQ=255) aGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCAt < 6:230269/147‑1 (MQ=255) tGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGcc > 8:250982/1‑149 (MQ=255) aGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCt < 6:194730/148‑1 (MQ=255) ggTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCtgt < 7:278380/149‑1 (MQ=255) tCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTc > 5:230026/1‑147 (MQ=255) tCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGa < 8:8310/149‑1 (MQ=255) cGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAg < 8:177326/149‑1 (MQ=255) gTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTgg > 3:265545/1‑149 (MQ=255) tGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGc < 6:230026/149‑1 (MQ=255) ccGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACtgt > 6:224083/1‑149 (MQ=255) ccGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACtgt > 5:329259/1‑149 (MQ=255) cGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACtgt > 4:24321/1‑148 (MQ=255) gACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGa < 1:333210/149‑1 (MQ=255) cTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCAccc > 5:126622/1‑133 (MQ=255) cTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCAccc < 6:126622/133‑1 (MQ=255) cTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑t > 2:68043/1‑149 (MQ=255) gggCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCa > 3:329610/1‑149 (MQ=255) tGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGAt < 4:265545/149‑1 (MQ=255) ccGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGAGGCCTGTGTCGAGCCAccc < 7:4496/109‑1 (MQ=255) ccGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGAAGCCTGTGTCGAGCCAccc > 8:4496/1‑109 (MQ=255) cgcgAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATATGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑Tcggcg > 1:248982/1‑130 (MQ=255) cgcgAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑Tcggcg < 2:248982/129‑1 (MQ=255) aaCAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAgcgc < 5:312246/149‑1 (MQ=255) aaCAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAgcgc < 3:24321/149‑1 (MQ=255) ggTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGc > 6:163130/1‑149 (MQ=255) ggTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGc > 8:155648/1‑149 (MQ=255) tGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCgg > 3:50822/1‑149 (MQ=255) aCGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCgg < 1:68043/148‑1 (MQ=255) aCGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGa < 4:50822/149‑1 (MQ=255) ggTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTAc > 7:357761/1‑149 (MQ=255) gTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTAcc < 8:450/149‑1 (MQ=255) cACCGGCAT‑TGCTGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACaa > 4:50025/1‑124 (MQ=255) cACCGGCAT‑TGCTGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACaa < 3:50025/124‑1 (MQ=255) aCCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACt > 6:311005/1‑149 (MQ=255) aCCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACt > 1:205239/1‑149 (MQ=255) cAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGAt > 4:57593/1‑149 (MQ=255) | CGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCAT‑TGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCC‑TCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGAT > NC_002947/2280885‑2281176 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |