Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,291,992 | G→A | 7.0% | V129V (GTG→GTA) ‡ | PP_2019 → | RND family multidrug transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,291,992 | 0 | G | A | 7.0% | 166.1 / 2.4 | 57 | V129V (GTG→GTA) ‡ | PP_2019 | RND family multidrug transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/28); new base A (2/2); total (27/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 |
GCAACACCGTGCGCATCTCGGTGGAGGCGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTGGTAGGCAACAACTTCAA > NC_002947/2291844‑2292138 | gCAACACCGTGCGCATCTCGGTGGAGGCGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTg > 1:12916/1‑149 (MQ=255) cGTGCGCATCTCGGTGGAGGCGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGa < 2:65964/149‑1 (MQ=255) gTGCGCATCTCGGTGGAGGCGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCACGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAg > 2:368646/1‑149 (MQ=255) cgcATCTCGGTGGAGGCGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCTCTGTGGAGCTCCAGCGCACGCTGGGGctc < 8:156143/149‑3 (MQ=255) aGGCGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGTCTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAagag < 6:18773/149‑1 (MQ=255) ggCGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAgg < 5:376831/149‑1 (MQ=255) cGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGt < 7:290515/149‑1 (MQ=255) gTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGttt > 3:248979/1‑149 (MQ=255) gTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAAACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGttt > 1:247400/1‑149 (MQ=255) gTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGt > 7:256103/1‑149 (MQ=255) gTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGt < 1:368646/149‑1 (MQ=255) cATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCg < 8:256103/149‑1 (MQ=255) tCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGt > 6:182792/1‑148 (MQ=255) gACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCAt > 7:79089/1‑149 (MQ=255) aCAAGGACTACATGGATACCCTGCGTCATATCCATGACGATGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCgg < 4:242087/136‑1 (MQ=255) aCAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCgg > 3:242087/1‑136 (MQ=255) aCAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATc > 1:374035/1‑149 (MQ=255) gACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGa > 6:342042/1‑137 (MQ=255) gACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGa < 5:342042/137‑1 (MQ=255) cATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACAcc > 2:357102/1‑148 (MQ=255) cATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACAcc < 4:248979/148‑1 (MQ=255) gagaCCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAgg > 3:188411/1‑130 (MQ=255) gagaCCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAgg < 4:188411/130‑1 (MQ=255) cTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTc < 4:345535/149‑1 (MQ=255) tCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAgg < 7:251397/119‑1 (MQ=255) tCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAgg > 8:251397/1‑119 (MQ=255) acaTCCATGACGAGTTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTTGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACAACTACAACGGGTCGCAGGAc < 5:334258/147‑1 (MQ=255) gATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGa > 7:24658/1‑147 (MQ=255) gAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGt < 4:175285/99‑1 (MQ=255) gAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGt > 3:175285/1‑99 (MQ=255) gAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTaa < 1:251723/116‑1 (MQ=255) gAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTaa > 2:251723/1‑116 (MQ=255) aGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATAcc > 6:262873/1‑149 (MQ=255) ggTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATAccc < 2:12916/149‑1 (MQ=255) ttCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATcc < 8:158702/106‑1 (MQ=255) ttCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCACCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATcc > 7:158702/1‑106 (MQ=255) cTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGAGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTACCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTgcgc > 2:26432/1‑148 (MQ=255) cATCCCCGGTGGCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGcgcg < 7:264324/146‑1 (MQ=255) ccccGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACg > 4:74652/1‑149 (MQ=255) ccGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTg > 1:16293/1‑149 (MQ=255) gtgtCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTc < 8:79089/149‑1 (MQ=255) gACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGt > 2:269245/1‑148 (MQ=255) gACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGt > 8:276427/1‑148 (MQ=255) aCCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCa < 3:21702/149‑1 (MQ=255) gggccgggcTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGc < 1:357102/149‑1 (MQ=255) ggccgggcTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGATGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGc > 3:70323/1‑148 (MQ=255) ccgggcTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAg < 8:24658/149‑1 (MQ=255) tCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCt < 7:276427/149‑1 (MQ=255) cACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTg > 7:278162/1‑149 (MQ=255) tgtgGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTgg > 6:16731/1‑147 (MQ=255) tgGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTGGTa < 2:16293/147‑1 (MQ=255) tgGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTGGTa < 3:74652/147‑1 (MQ=255) tgGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTGGTAgg < 1:26432/149‑1 (MQ=255) tgGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTGGTAg < 8:278162/148‑1 (MQ=255) ctcgctccAGCGCACGCTGGGGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCAACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTg < 7:298417/137‑1 (MQ=255) ctcgctccAGCGCACGCTGGGGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCAACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTg > 8:298417/7‑143 (MQ=255) tcgctccAGCGCACGCTGGGGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTGGTAGGc > 8:108358/6‑148 (MQ=255) gTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGTTGTGGCGCCTGGTAGGCAACAACTTCaa < 4:70323/149‑1 (MQ=255) | GCAACACCGTGCGCATCTCGGTGGAGGCGGTGAACGGTGACATCTTCGACAAGGACTACATGGAGACCCTGCGTCAGATCCATGACGAGGTGTTCTACATCCCCGGTGTCGACCGGGCCGGGCTGAAGTCACTGTGGAGCCCCAGCGTGCGCTGGAGCGAGGTCACCGAAGAGGGTTTTTCCGGTGGCGAGGTCATCCCTAACACCTACAACGGGTCGCAGGACAGCCTCGATACCCTGCGCGACAACGTGCTCAAGTCAGGCCAGGTGGGGCGCCTGGTAGGCAACAACTTCAA > NC_002947/2291844‑2292138 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |