Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,387,191 | C→G | 13.7% | intergenic (‑88/‑50) | PP_2094 ← / → pyrD | nitrate‑binding protein NasS/dihydroorotate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,387,191 | 0 | C | G | 13.7% | 110.3 / 10.3 | 44 | intergenic (‑88/‑50) | PP_2094/pyrD | nitrate‑binding protein NasS/dihydroorotate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/17); new base G (3/3); total (24/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 |
CCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTC > NC_002947/2387060‑2387339 | ccGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcaggacag < 5:11489/149‑8 (MQ=255) aCCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGcccc < 4:369731/148‑1 (MQ=255) cccAGGCCAGGGTCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGACTCCTCTCACATACAGATAACGCTGTAGG‑CTGAACGGGTCCACCCGATGTGCAAAGAGCTCCCCGATTTGCTGTCATGCCAGCCCCGAGCAGCCTAAAATCGccccc > 4:249338/1‑148 (MQ=255) cccAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcag < 8:91872/137‑3 (MQ=255) cccAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcag > 7:91872/1‑135 (MQ=255) ccaggccaggGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCct > 4:78351/1‑148 (MQ=255) aggccaggGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCctcac < 2:37015/149‑1 (MQ=255) aggccaggGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCctcac > 3:96794/1‑149 (MQ=255) gTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGTCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAg > 1:103614/1‑149 (MQ=255) 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tCGCCCTTACTGAAAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTgcccgccc < 7:68265/129‑1 (MQ=255) tCGCCCTTACTGAAAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTgcccgccc > 8:68265/1‑129 (MQ=255) tACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGcc > 6:286568/1‑112 (MQ=255) tACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGcc < 5:286568/112‑1 (MQ=255) tAAGGCTGTGGG‑CTGAACGCGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAg < 6:390884/149‑1 (MQ=255) gCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCttt < 4:96794/149‑1 (MQ=255) tgtgGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTcc > 6:57913/1‑149 (MQ=255) gtgGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTccc > 7:184529/1‑149 (MQ=255) aaCGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGaaa < 3:78351/147‑1 (MQ=255) cAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTTGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCAGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACg < 3:249338/148‑1 (MQ=255) aaCCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCaa > 1:325481/1‑124 (MQ=255) aaCCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCaa < 2:325481/124‑1 (MQ=255) ccGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCt > 6:243966/1‑149 (MQ=255) gcTCCACGATTTGCTGTCCTGCCTGCCCCGCGCTTTCTATAATCGCCCCCTCACTCTCCCTTAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCaa < 3:1642/108‑1 (MQ=255) ccACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTc < 1:140155/123‑1 (MQ=255) ccACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTc > 2:140155/1‑123 (MQ=255) cACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCgg > 3:202639/1‑149 (MQ=255) cACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATAGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCACTGGACCTGATCgg > 2:58414/1‑149 (MQ=255) tttGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCg > 5:77521/1‑149 (MQ=255) gCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTcc < 4:197769/115‑1 (MQ=255) gCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTcc > 3:197769/1‑115 (MQ=255) gCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGt < 4:202639/148‑1 (MQ=255) gCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGAACTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTg > 6:388898/1‑149 (MQ=255) cTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTgcccgccc < 3:163403/63‑1 (MQ=255) cTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTgcccgccc > 4:163403/1‑63 (MQ=255) attatagCCAGCGCGGGGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGc > 8:277187/7‑149 (MQ=255) ttatagCCAGCGCGGGGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGcc > 7:304193/6‑149 (MQ=255) gCCAGCGCGGGGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTg < 8:304193/149‑1 (MQ=255) ccAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTgg > 7:234729/1‑149 (MQ=255) gCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGcc < 8:184529/149‑1 (MQ=255) cccGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTc < 8:234729/149‑1 (MQ=255) | CCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGG‑CTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGGGCCTC > NC_002947/2387060‑2387339 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |