Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,406,964 | A→T | 10.3% | intergenic (+219/+35) | PP_2110 → / ← PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,406,964 | 0 | A | T | 10.3% | 154.3 / 7.6 | 58 | intergenic (+219/+35) | PP_2110/PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/27); new base T (3/3); total (28/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
CCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTC > NC_002947/2406824‑2407109 | ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGCTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGGGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGt < 1:251441/149‑1 (MQ=255) ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCGGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGCCGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCg < 5:269019/147‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCCCAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAt > 5:126250/1‑149 (MQ=255) gagcgGGTTTACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCTAAACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGGGCCATc > 8:218752/3‑149 (MQ=38) cgcgGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATc < 7:27185/148‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGGGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGGGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCTCTGCCGGTgttcgcg < 7:230319/148‑7 (MQ=38) tAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCg < 6:280659/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCACTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCgg > 2:186141/1‑148 (MQ=255) cccGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGCCACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAg > 7:163540/1‑149 (MQ=255) cTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCg < 6:302278/147‑1 (MQ=255) cTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGa < 2:114725/148‑1 (MQ=255) aCATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCt > 3:35530/1‑149 (MQ=255) aTGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTc < 1:144134/149‑1 (MQ=255) aCCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGaa < 8:88845/133‑1 (MQ=255) aCCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGaa > 7:88845/1‑133 (MQ=255) ccGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCgg < 1:186141/149‑1 (MQ=255) cGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGa < 3:99058/138‑1 (MQ=255) cGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGa > 4:99058/1‑138 (MQ=255) cTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGaa < 8:163540/149‑1 (MQ=255) cgcATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTcc < 6:227430/149‑1 (MQ=255) gcATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTcca > 2:347594/1‑149 (MQ=255) gcATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTcca > 4:57533/1‑149 (MQ=255) gcATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTcca < 6:171745/149‑1 (MQ=255) gcATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTAGGGACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCCCGAACACCCGCAGAGCCGGTGCCATACCCAGCGGAACTCTCGAACTTCAGCCTTTGCATCCCTcca > 8:179418/1‑149 (MQ=37) aGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGc < 4:129859/149‑1 (MQ=255) tGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCGACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGc > 1:28200/1‑148 (MQ=255) cGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATAc < 3:57533/148‑1 (MQ=255) gACCCAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGGGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACt < 6:126250/148‑1 (MQ=255) acacAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTgg > 2:241415/1‑149 (MQ=255) aacaGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTgg < 7:179418/147‑1 (MQ=255) acaGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCt < 5:86310/149‑1 (MQ=255) aTCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGtt > 6:127831/1‑116 (MQ=255) aTCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGtt < 5:127831/116‑1 (MQ=255) aCGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTg > 2:172043/1‑149 (MQ=255) gCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTg < 1:241415/149‑1 (MQ=255) ccGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTg > 5:199741/1‑147 (MQ=255) ccGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTg < 6:199741/147‑1 (MQ=255) gC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAg < 7:218752/149‑1 (MQ=255) acaGCATCGCTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTAACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGt > 8:199838/1‑148 (MQ=255) cATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGttcttc > 8:285748/1‑149 (MQ=255) ggtTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTcag > 5:344655/1‑148 (MQ=255) gCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGcc > 8:243657/1‑149 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTgcgc < 4:35530/148‑1 (MQ=255) aGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGACGGTGCCATCCCCTGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCTCCAGCGATTACTGGCTTCCCGCGGTGGTGGTCAGTTCTTCGCTCAGGAGTGCCGAGTGCTGCGCCt > 5:314727/1‑149 (MQ=38) ggAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTg < 2:28200/149‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGt < 1:172043/149‑1 (MQ=255) gTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTcggcg > 2:154693/1‑149 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTg > 8:62489/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 7:194548/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg < 7:84705/149‑1 (MQ=255) gcgAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTc > 2:128599/1‑149 (MQ=255) gatggcacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGc < 6:353784/114‑1 (MQ=255) gatggcacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGc > 5:353784/6‑119 (MQ=255) atggcacCGGCTCTGCCGGTGTCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTcggcg < 4:256722/136‑1 (MQ=255) atggcacCGGCTCTGCCGGTGTCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTcggcg > 3:256722/5‑140 (MQ=255) tggcacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCgg > 6:122058/4‑149 (MQ=255) cacCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGc > 4:361145/1‑147 (MQ=255) ggCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTc < 1:347594/149‑1 (MQ=255) | CCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGC‑ACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTC > NC_002947/2406824‑2407109 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |