Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,579,758 | T→C | 7.8% | L25P (CTG→CCG) | PP_2261 → | sugar ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,579,758 | 0 | T | C | 7.8% | 146.1 / 2.4 | 51 | L25P (CTG→CCG) | PP_2261 | sugar ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/24); new base C (2/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 |
CAAGCTGTTCGTTTTCGACAGCGCCGGGCTGTTGGTGCAGGCCCCGGGGCTGCGCCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACGGCAAGCCGGTC > NC_002947/2579613‑2579903 | caAGCTGTTCGTTTTCGACAGCGCCGGGCTGTTGGTGCAGGCCCCGGGGCTGCGCCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTgca > 5:202544/1‑149 (MQ=255) aaGCTGTTCGTTTTCGACAGCGCCGGGCTGTTGGTGCAGGCCCCGGGGCTGCGCCAGGCAGAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCACCGAGGCAGACAATGCCCTgca > 1:108834/1‑149 (MQ=255) ttttCGACAGCGCCGGGCTGTTGGTGCAGGCCCCGGGGCTGCGCCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGaa > 6:36691/1‑148 (MQ=255) 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tGCAGGCCCCGGGGCTGCGCCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCt < 2:183511/149‑1 (MQ=255) gCAGCCCCGGGGCCTGCACCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTa > 7:174843/1‑149 (MQ=255) cAGGCCCCGGGGCTGCGCCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTa < 6:296794/148‑1 (MQ=255) cAGGCCCCGGGGCTGCGCCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTa < 6:95060/148‑1 (MQ=255) gCCCCGGGGCTGCGCCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCg < 1:372602/149‑1 (MQ=255) 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agGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCaa < 6:202544/149‑1 (MQ=255) tGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGAcc < 2:379580/149‑1 (MQ=255) ggCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCCGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCt > 8:155170/1‑149 (MQ=255) gcCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTcc > 4:204832/1‑149 (MQ=255) aGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCggg > 2:89013/1‑149 (MQ=255) 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3:204832/149‑1 (MQ=255) cccgccagcGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGt > 6:258587/1‑149 (MQ=255) cagcGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGt > 1:339732/1‑149 (MQ=255) aGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGAc < 8:145360/149‑1 (MQ=255) gCAGACTATGCCCCGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACgg < 7:155170/149‑1 (MQ=255) aGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACGGc > 5:270913/1‑148 (MQ=255) aCTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGGGGGAACAGGTCGGTGCCTATGCGGTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATTTCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACGGCAAg < 1:266392/149‑1 (MQ=255) cTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACGGCAAGc > 1:22343/1‑149 (MQ=255) cccTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACGGCAAGCCGGt > 5:13315/1‑148 (MQ=255) cccTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACGGCAAGCCGGTc < 6:270913/149‑1 (MQ=255) ccTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACGGCAAGCCGGTc > 3:53622/1‑148 (MQ=255) cTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTAGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACATTGCTAAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCAtt > 4:219477/1‑117 (MQ=255) | CAAGCTGTTCGTTTTCGACAGCGCCGGGCTGTTGGTGCAGGCCCCGGGGCTGCGCCAGGC‑GAGGAGAGGGTGATGGCCGAAATCCGCCTGCGCCAGCTGGCGCACAGTTACAGCCGCCAGCCCGCCAGCGAGGCAGACTATGCCCTGCACGCACTCGAACATGTGTGGGAACAGGGCGGTGCCTATGCGTTGCTCGGGCCGTCGGGCTGCGGCAAGTCGACCTTGCTCAATATCATTTCCGGGCTGCTGACGCCGTCTCATGGCGAGGTGCTGTTCGACGGCAAGCCGGTC > NC_002947/2579613‑2579903 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |