| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,710,986 | T→G | 6.8% | intergenic (+289/+25) | PP_2373 → / ← PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,710,986 | 0 | T | G | 6.8% | 229.8 / 6.8 | 73 | intergenic (+289/+25) | PP_2373/PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/36); new base G (3/2); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
CCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGC > NC_002947/2710840‑2711126 | ccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCa > 4:27893/1‑149 (MQ=255)ccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCa > 2:246553/1‑149 (MQ=255) cgcgAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCAc < 1:52697/149‑1 (MQ=255) aaGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCcgcg < 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4:42154/146‑1 (MQ=255) ccTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAg < 6:123228/149‑1 (MQ=255) cGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTg > 1:224828/1‑147 (MQ=255) ttCACCGTTGCCTCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg < 3:311131/149‑1 (MQ=255) aCCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGcc < 1:232775/149‑1 (MQ=255) ttGCCGCCGCTACCGTATTAGCGGGT‑AAACCCGCTACGACGCCTGAACGAGGGTGGGAACAGGTCGGGGGTTTGACACAGGCCGCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCCGGTGCACGGCCAAca > 8:314611/1‑148 (MQ=21) 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cTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAggg < 4:215931/149‑1 (MQ=255) cGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGt < 2:112778/147‑1 (MQ=255) cGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGt < 1:246553/147‑1 (MQ=255) cGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTg < 5:122674/148‑1 (MQ=255) cTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCCCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGCTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCACGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGaa > 7:352793/1‑147 (MQ=255) 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tAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCa > 1:215235/1‑113 (MQ=255) cttcgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTc > 6:106314/4‑149 (MQ=255) ttcgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCGACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTgg > 1:27866/3‑141 (MQ=255) ttcgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTgg < 2:27866/138‑1 (MQ=255) gcgcGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgc > 2:269274/1‑149 (MQ=255) gcgcGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgc < 8:6164/149‑1 (MQ=255) | CCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGC > NC_002947/2710840‑2711126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |