Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,710,987 | C→A | 8.7% | intergenic (+290/+24) | PP_2373 → / ← PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,710,987 | 0 | C | A | 8.7% | 209.1 / 6.5 | 73 | intergenic (+290/+24) | PP_2373/PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/36); new base A (5/2); total (35/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGC > NC_002947/2710840‑2711126 | ccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCa > 4:27893/1‑149 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCa > 2:246553/1‑149 (MQ=255) cgcgAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCAc < 1:52697/149‑1 (MQ=255) aaGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCcgcg < 5:231560/149‑1 (MQ=255) gggccgggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGaa < 3:27893/149‑1 (MQ=255) gccgggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTGAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCcgcg > 1:112778/1‑146 (MQ=255) gccgggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGaa > 3:351611/1‑147 (MQ=255) gggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCTGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 4:139821/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCgg > 8:192092/1‑149 (MQ=255) 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4:42154/146‑1 (MQ=255) ccTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAg < 6:123228/149‑1 (MQ=255) cGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTg > 1:224828/1‑147 (MQ=255) ttCACCGTTGCCTCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg < 3:311131/149‑1 (MQ=255) aCCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGcc < 1:232775/149‑1 (MQ=255) ttGCCGCCGCTACCGTATTAGCGGGT‑AAACCCGCTACGACGCCTGAACGAGGGTGGGAACAGGTCGGGGGTTTGACACAGGCCGCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCCGGTGCACGGCCAAca > 8:314611/1‑148 (MQ=21) ccgccgCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGc < 2:224828/148‑1 (MQ=255) cgccgcTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACCGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACt < 5:336348/145‑1 (MQ=255) cgccgcTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCAc > 1:142462/1‑149 (MQ=255) cgccgcTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCAc > 3:107059/1‑149 (MQ=255) cgccgcTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCAGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACCGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACt > 6:336348/1‑145 (MQ=255) cgcTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAg < 8:193563/149‑1 (MQ=255) cTAGCGGATTCTCGTGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGcc < 1:324808/149‑1 (MQ=255) cTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACACGTTAGCGGGTCAGGTGCACGGCCAACAGCACCAccc > 2:232951/1‑149 (MQ=25) aCCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCa > 4:270813/1‑144 (MQ=255) aCCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCa < 3:270813/144‑1 (MQ=255) ccGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGa < 7:192092/149‑1 (MQ=255) tATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATc > 6:122674/1‑148 (MQ=255) gcgGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCa > 2:37672/1‑132 (MQ=255) gcgGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCa < 1:37672/132‑1 (MQ=255) gT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCaa > 3:276075/1‑149 (MQ=255) 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cTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAggg < 4:215931/149‑1 (MQ=255) cGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGt < 2:112778/147‑1 (MQ=255) cGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGt < 1:246553/147‑1 (MQ=255) cGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTg < 5:122674/148‑1 (MQ=255) cTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCCCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGCTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCACGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGaa > 7:352793/1‑147 (MQ=255) 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5:307397/1‑149 (MQ=255) cGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGt < 5:78790/149‑1 (MQ=255) cGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGt > 7:249618/1‑149 (MQ=255) gCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCa < 4:212361/72‑1 (MQ=255) gCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCa > 3:212361/1‑72 (MQ=255) tAGGCGCGGGTTCAGCCGCGATGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGCGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACTCCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGaa < 2:123970/147‑1 (MQ=255) tAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCa < 2:215235/113‑1 (MQ=255) tAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCa > 1:215235/1‑113 (MQ=255) cttcgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTc > 6:106314/4‑149 (MQ=255) ttcgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCGACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTgg > 1:27866/3‑141 (MQ=255) ttcgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTgg < 2:27866/138‑1 (MQ=255) gcgcGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgc > 2:269274/1‑149 (MQ=255) gcgcGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgc < 8:6164/149‑1 (MQ=255) | CCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGC‑ACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGC > NC_002947/2710840‑2711126 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |