Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,103,877 | G→T | 9.9% | L135F (TTG→TTT) | PP_2714 → | sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,103,877 | 0 | G | T | 9.9% | 113.9 / 2.3 | 38 | L135F (TTG→TTT) | PP_2714 | sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/17); new base T (2/2); total (19/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGAAAGCAAGCTGGCATTCCAGGTCTGGGGTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGGTGTGGGCTGCGATCGG > NC_002947/3103730‑3104023 | cGAAAGCAAGCTGGCATTCCAGGTCTGGGGTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTtgc < 3:294170/149‑1 (MQ=255) aagcTGGCATTCCAGGTCTGGGGTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTtgccggtgcc > 2:289422/1‑149 (MQ=255) tGGCATTCCAGGTCTGGGGTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑a > 7:21563/1‑148 (MQ=255) cATTCCAGGTCTGGGGTGAAGGAATGGCGTTGCTGGTGCATACAACCAGTGCGACACCCATCGACCAACAAACAACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCTGTTAACAATTG‑CTCGGTTTCGTTTTGACTGTGCCTG‑aaaa > 4:115312/1‑148 (MQ=255) gTCTGGGGTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCCCTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAATAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCt > 3:310105/1‑149 (MQ=255) tCTGGGGTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTgg < 8:95172/146‑1 (MQ=255) tCTGGGGTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTgg > 7:95172/1‑146 (MQ=255) gggTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATc < 1:2734/148‑1 (MQ=255) gTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTTCCGGCACCGG‑CAAAac < 3:314012/135‑1 (MQ=255) gTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTTCCGGCACCGG‑CAAAac > 4:314012/1‑135 (MQ=255) gTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCtgg < 3:144396/149‑1 (MQ=255) tGAAGGCATTGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGc < 7:334044/140‑1 (MQ=255) gCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTgggg < 8:21563/149‑1 (MQ=255) gCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGGCCGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGc < 1:289422/149‑1 (MQ=255) gTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGtg < 3:237157/149‑1 (MQ=255) tGGTGCATACACCCATTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTTGCGGTGAACAATTT‑AGCGTTTTATTTTTTACGTTTCCGT‑AAAAAAACTTGCTTATCTGGGTGGGGGATCGTgatgat < 3:115312/149‑1 (MQ=255) gTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCAGCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGAtgt < 4:93115/149‑1 (MQ=255) gTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCAACACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGAtgt < 4:93113/149‑1 (MQ=255) acacCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTa > 5:49266/1‑149 (MQ=255) acacCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTa > 7:63528/1‑149 (MQ=255) acCCAGTGCGCTACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTtgccggtgccg > 8:181524/1‑100 (MQ=255) acCCAGTGCGCCAACCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑GGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACg > 7:73234/1‑149 (MQ=255) caaccATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑GGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGAc < 8:73234/146‑1 (MQ=255) accaccCCCTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGAACCTAAATCATTTGCGATACGCCGGGAACGACCCCAACGTACGc > 1:306629/1‑148 (MQ=255) accaccCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTtgc < 1:325717/68‑1 (MQ=255) accaccCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTtgc > 2:325717/1‑68 (MQ=255) accaccCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGcc < 8:63528/149‑1 (MQ=255) cacccacTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGt < 1:128230/142‑1 (MQ=255) cacccacTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGAGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGt > 2:128230/1‑142 (MQ=255) cTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTg < 6:49266/149‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTcc > 1:90706/1‑149 (MQ=255) gTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGAc < 5:289647/118‑1 (MQ=255) gTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGAc > 6:289647/1‑118 (MQ=255) gACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTgg > 8:65444/1‑149 (MQ=255) cTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTgg > 6:135537/1‑147 (MQ=255) tGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGgt > 5:250296/1‑149 (MQ=255) gcgGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGGTGTgg < 6:250296/149‑1 (MQ=255) cgGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGGTGTggg > 7:143792/1‑149 (MQ=255) cagtgTTTTTCCGGCACCGGCAAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGGTGTGGGCt > 2:50554/5‑149 (MQ=255) tCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCAGCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGGTGTGGGCTGc < 4:310105/148‑1 (MQ=255) tCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACAGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCATGGCGTTGGCACTGCTGGTGTGGGCTGc > 5:282482/1‑148 (MQ=255) gTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGgt > 4:129614/1‑137 (MQ=255) gTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGgt < 3:129614/137‑1 (MQ=255) tgccggtgccgg‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGGTGTGGGCTGCGATCgg < 5:135537/148‑1 (MQ=255) | CGAAAGCAAGCTGGCATTCCAGGTCTGGGGTGAAGGCATGGCGTTGCTGGTGCATACACCCAGTGCGCCACCCATCGACCCACCACCCACTGCTCCAGGGTTCTACGACTTTTCCAGTGGCGGTGAACAATGG‑CGCGGTTTCGTTTTGCCGGTGCCGG‑AAAAACACTGGCTTATCTGGGTGGGGGAGCGTGATGATGTGCGCTACGACCTGATCGACCGCATCGTTCGCCACACGCTGTTCCCGTTCCTGCTTGGCAGCCTGGCGTTGGCACTGCTGGTGTGGGCTGCGATCGG > NC_002947/3103730‑3104023 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |