Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,238,145 | T→G | 9.9% | L195R (CTG→CGG) | PP_2836 → | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,238,145 | 0 | T | G | 9.9% | 132.0 / 4.4 | 49 | L195R (CTG→CGG) | PP_2836 | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/21); new base G (3/2); total (26/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTC > NC_002947/3237998‑3238290 | gCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTg > 3:217074/1‑149 (MQ=255) cATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGt < 4:126271/149‑1 (MQ=255) gcgcCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCcgc > 1:84075/1‑149 (MQ=255) cccGGCTCGGCTCAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCg < 3:246501/148‑1 (MQ=255) ccGGCTCGGCTCAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCgg > 5:122343/1‑148 (MQ=255) tcggctcAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGAAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCa > 4:49030/1‑149 (MQ=255) tcAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAcccc > 7:283431/1‑148 (MQ=255) tcAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGG‑CCAACCGCGGACAGCGGTTgggc > 1:379288/1‑119 (MQ=255) tcAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGG‑CCAACCGCGGACAGCGGTTgggc < 2:379288/121‑3 (MQ=255) aGGCCGAAGC‑GCTGCGCCAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGGGTCCACCAAGGCCCAACCGCGGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAg < 2:84075/149‑1 (MQ=255) gTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCgg > 5:50846/1‑148 (MQ=255) gTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCgg > 4:147032/1‑148 (MQ=255) gTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCg < 8:283431/147‑1 (MQ=255) gTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCCGCATCCACCCCAAGTC‑CACATGGAACAACCCAGAGcccg > 8:143399/1‑146 (MQ=255) tAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCgg > 3:24760/1‑147 (MQ=255) gagCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAcccc < 1:179834/117‑1 (MQ=255) gagCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAcccc > 2:179834/1‑117 (MQ=255) cAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAgtgg < 4:24760/148‑1 (MQ=255) gggCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGc > 2:196185/1‑149 (MQ=255) gggcTGTGGTCGCAGTTCCTTGCGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTGCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCt < 8:146022/146‑1 (MQ=255) ggCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTT‑‑CCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTgg > 7:83483/1‑149 (MQ=255) gCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTg < 6:165676/149‑1 (MQ=255) cTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGc > 5:159161/1‑149 (MQ=255) tCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCGGAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCgtgt > 1:315886/1‑149 (MQ=255) gCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCg < 6:159161/148‑1 (MQ=255) aGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCgg > 2:333905/1‑126 (MQ=255) aGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCgg < 1:333905/126‑1 (MQ=255) gTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACAGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCa < 7:143399/149‑1 (MQ=255) gTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTT‑‑CCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGGGCTGGCCGTGTCGAGCAAt < 8:83483/149‑1 (MQ=255) gAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgcag > 5:158861/1‑149 (MQ=255) aGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgcagc < 3:147032/149‑1 (MQ=255) gggTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCgt < 6:90935/129‑1 (MQ=255) gggTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCgt > 5:90935/1‑129 (MQ=255) gggTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCAGAAgtg < 4:256349/118‑1 (MQ=255) gggTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCAGAAgtg > 3:256349/1‑118 (MQ=255) aTGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGTCAGCATCAAGGGCGCCATGCTc < 8:32145/149‑1 (MQ=255) tGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCg < 1:241758/149‑1 (MQ=255) ccAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAAc > 5:97097/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgcagc < 7:235319/115‑1 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgcagc > 8:235319/1‑115 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGc > 4:266642/1‑136 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGc < 3:266642/136‑1 (MQ=255) gtggccAACCGCGGACAGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTg > 7:266670/5‑149 (MQ=255) ggccAACCGCGGACAGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTgcg > 6:156335/3‑149 (MQ=255) gCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTgcg < 6:122343/149‑1 (MQ=255) ccGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAacg < 6:304190/130‑1 (MQ=255) ccGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAacg > 5:304190/1‑130 (MQ=255) cGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTc > 8:97917/1‑149 (MQ=255) cTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCgt < 2:251623/86‑1 (MQ=255) | GCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGC‑GCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTC‑CAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTC > NC_002947/3237998‑3238290 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |