| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,795,651 | Δ1 bp | coding (464/504 nt) | PP_1600 → | Skp‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,795,651 | 0 | T | . | 95.0% | 76.8 / ‑2.2 | 20 | coding (464/504 nt) | PP_1600 | Skp‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (10/9); minor base C (1/0); total (11/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGCCGTTGCTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACATCACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGGGTTGGCCACCTTGCAGGA > NC_002947/1795513‑1795793 | aGGCCGTTGCTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCaa < 1:137045/148‑1 (MQ=255) ttGCTGATCGCGAGATGCTCATGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATc < 3:59803/148‑1 (MQ=255) cgcgACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCa < 2:33894/147‑1 (MQ=255) cgCAAGTGAAGCCGATGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGACGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑AACCCGCCAAGTCTTCGAGCGCATTAACCAAGCCCg < 7:116932/146‑1 (MQ=255) gCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGtt < 4:132697/148‑1 (MQ=255) aaCTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGCCA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTg > 8:105734/1‑147 (MQ=255) aaCTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGGGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGa < 5:104759/148‑1 (MQ=255) tGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGat > 3:91649/1‑146 (MQ=255) gAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGata < 4:91649/146‑1 (MQ=255) ggTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGc < 3:24759/148‑1 (MQ=255) tGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGAC‑CCACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCACGCCCGGTGATATGAGTGTGCCCATGACGCTAGGc > 1:141656/1‑148 (MQ=255) aTCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACCACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAg > 1:91499/1‑147 (MQ=255) gcTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTAc > 5:120907/1‑148 (MQ=255) gcTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTAc > 5:121317/1‑148 (MQ=255) cTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGcc > 6:104886/1‑146 (MQ=255) tCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGa > 8:66609/1‑148 (MQ=255) tCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGa > 1:138054/1‑148 (MQ=255) tCAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGGGTTGGCCACCtt > 8:53280/1‑147 (MQ=255) cAGTACGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGGGTTGGCCACCtt > 6:38781/1‑146 (MQ=255) aCGACA‑CACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGGGTTGGCCACCTTGCagga < 7:105734/148‑1 (MQ=255) | AGGCCGTTGCTGATCGCGACATGCTCAAGCAACTGAAGCCGAAGCTGGATGGTGCTGTCGAGGAAGTGATCAAGAAGGGCGGCTACGACCTGGTCCTCGAGCGTGGTGCGGTCATCGATGTCAAACCTCAGTACGACATCACCCGCCAAGTCATCGAGCGCATGAACCAAGCCCGTTGATATGAGTGTGACCATGACGCTAGGCCAGCTGGCCGAGGTACTCGGAGCTACCCTCAAGGGGCCCGAGGCGCTGCAGATTACCGGGTTGGCCACCTTGCAGGA > NC_002947/1795513‑1795793 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |