| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 87.0% | 65.8 / 4.0 | 23 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base C (8/12); total (11/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126501‑1126784 | aGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAA‑ccc < 5:79525/148‑2 (MQ=255) aaCAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCCCGAATGCGGAGGTATAGCCCCCAACCCATTCGC‑C‑GGTAAACCCCCTCCGACACAGAGCCCGcc > 3:41642/1‑148 (MQ=255) aaCAGGTCGAAGACGCTCACTGACATGTGGACCACCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGAGGGTTTTACCGCGAAATCGGACGTTTAGCAACCAGCGCAATAGC‑GCGGAAAA‑CCGCACCTACACACAGcccccc > 6:37370/1‑148 (MQ=255) tCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCGCCTGCCAGGTTGTGGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTGTACCCGCGAATGCGGAGGTATCGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCaa < 7:39868/148‑1 (MQ=38) aaGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCGCATGCGGGGGGTTAGCCCCCCTAGCCTTAGCGG‑GGTAAA‑CCCCGCCGACACCGAGCCCGcccccccaccc > 3:111192/1‑143 (MQ=255) aGTCACATGTGCACCGCCTGCCAGGTTGGTGGGCGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgg < 3:51875/148‑1 (MQ=37) gTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTCCCGCGCATGCGGGGGGTTAGCCCCCCTCGCCTTGGCGG‑GGTAAC‑CCGGTGCGACCCCGCGCCCCCCACCCCAGCCCGGTgggggg > 3:34490/1‑148 (MQ=255) aCATGGGGACCTCCTGCCAGGGTGGTGGGTGGACATGCAGCCCTGTAGGCGCGGGTTAACCCGCGAATGCGGCGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAg < 5:23370/148‑1 (MQ=37) gtgGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCCCGAAAGCGGAGGTATAGCCACCATAGCATTAGC‑C‑GGTAAACCCCCGCCGACACACAGCCCCCCCCcccacccacg > 8:96062/1‑132 (MQ=255) tgGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGt < 7:96062/134‑1 (MQ=255) aGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GTTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGa < 2:109437/148‑1 (MQ=255) ggggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTCCCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGG‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGctct < 3:78659/147‑1 (MQ=255) gggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCCCGAAAGCGGAGGTATAGCCACCAAAGCATTAGC‑G‑GGTAAACCCCCTCCTACACAGAGCCCCCCACCCCAGCCac > 4:105948/1‑110 (MQ=255) ggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAgg < 3:105948/111‑1 (MQ=255) aGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGc < 6:47389/147‑1 (MQ=255) gCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAg < 6:144238/148‑1 (MQ=255) ccTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgc < 4:111192/148‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg > 4:31175/1‑148 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg > 1:60881/1‑148 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCg > 3:128330/1‑148 (MQ=255) caTCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCg > 1:53972/1‑148 (MQ=255) aTCGCATTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCACGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGa > 8:131794/1‑148 (MQ=255) aTTCGC‑G‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggc < 5:143657/148‑1 (MQ=255) c‑g‑GGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa < 4:41642/148‑1 (MQ=255) | AGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑G‑GGTAAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126501‑1126784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |