| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 92.3% | 120.5 / 4.6 | 39 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base C (17/19); total (19/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
AAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑A‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCT > NC_002947/4585909‑4586196 | aaGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑a > 8:131072/1‑149 (MQ=255) aGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑A‑c < 8:29720/149‑1 (MQ=255) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGcc > 4:222199/1‑149 (MQ=39) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑A‑ccgtgc < 7:18422/148‑6 (MQ=39) aGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCg < 2:59961/149‑1 (MQ=39) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACAGGGTAGTAGATTGGAAAGGTGAAGAAATT‑GCATTGATCGGGCCGGCATCTTCGCGGGTAAACCCGCACCAACCA‑GGG‑A‑ccgtgc > 1:137834/1‑144 (MQ=255) gTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACCA‑GGGCC‑C‑Gggccggcc > 2:304874/1‑149 (MQ=38) cGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCGTGAATG‑CGGCGCt > 7:199822/1‑149 (MQ=38) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGccc < 6:395492/149‑1 (MQ=39) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGcccc < 8:132109/149‑1 (MQ=39) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTgg < 3:5202/149‑1 (MQ=39) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGt < 8:123925/149‑1 (MQ=39) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACACGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGTCCTTGAATG‑AGGCGCTGCCCCTGGTa < 2:107896/149‑1 (MQ=38) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAg < 2:137834/149‑1 (MQ=39) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCTACAAGGGG‑C‑C‑GTGGCGGCCTTTAATG‑CGGGGGGGCCCCGGGttg > 1:356303/1‑147 (MQ=255) gATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATg‑cgg < 7:32483/131‑1 (MQ=38) gATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATg‑cgg > 8:32483/1‑131 (MQ=38) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑G‑CAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGc < 5:106778/148‑1 (MQ=14) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCGTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 6:305347/146‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAccc < 3:222199/149‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 4:162369/147‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 7:131072/147‑1 (MQ=38) cATTGACAGGTCGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 5:136205/149‑1 (MQ=37) ttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCtt < 2:74576/107‑1 (MQ=37) ttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCtt > 1:74576/1‑107 (MQ=37) gTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCtt < 8:302244/100‑1 (MQ=25) gTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCtt > 7:302244/1‑100 (MQ=25) ttGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCTACGACCA‑GGG‑ACC‑CTGGCGGCCGTGAATG‑AGGCGCGGGGCCGGGGAGGGGCGGGGTTAGCCGCGGAGCggcccg > 5:379859/1‑147 (MQ=255) gACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTTCCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGtt < 5:277253/123‑1 (MQ=37) gACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCGGGCGTTGAATG‑AGGCGATGCCCCTGGTAGGAGCGGGtt > 6:277253/1‑123 (MQ=25) ggT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGt > 2:6624/1‑107 (MQ=37) gAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 3:293405/1‑110 (MQ=25) gAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 4:293405/110‑1 (MQ=25) gccggccTCTTCGCGGGTAAAACCCCTACTACCA‑GGG‑ACC‑CTGCCGGCCATTAATT‑CGGCGCGGCCCCGGGTAGGAGCGGGTTTTCCCCCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCCCAGAAGCAGCCCCAATCACCGCcaca > 8:330177/1‑148 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATg > 2:3483/2‑149 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCATGCTAGGAGCGGGTATACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAACTCACGCAGGCg > 4:208650/1‑149 (MQ=255) aCCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc > 4:353047/1‑99 (MQ=255) aCCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc < 3:353047/99‑1 (MQ=255) tCCTACCA‑GGG‑ACC‑GTGTCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTg > 7:219043/1‑148 (MQ=255) cTACCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAc > 3:255448/1‑149 (MQ=255) aCCA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt > 8:84021/1‑149 (MQ=255) ccA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCACGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc > 2:285045/1‑144 (MQ=255) ccA‑GGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCACGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc < 1:285045/144‑1 (MQ=255) | AAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGT‑‑‑‑GCTTGGCAAGGTGAAGATCTT‑GCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑A‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCT > NC_002947/4585909‑4586196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |