| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,296 | A→C | intergenic (+533/+220) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,296 | 0 | A | C | 97.2% | 120.2 / NA | 36 | intergenic (+533/+220) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (18/17); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGTTTTCAGCCCAGGCCACAGGCGACA > NC_002947/4741167‑4741433 | gTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCtt > 6:35150/1‑149 (MQ=255) tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTg < 6:213545/149‑1 (MQ=255) cGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCa < 5:35150/149‑1 (MQ=255) gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcaca > 1:57477/1‑149 (MQ=255) gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcaca > 1:63963/1‑149 (MQ=255) cGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac < 3:316302/149‑1 (MQ=255) aTTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 6:169040/1‑149 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 4:364455/1‑147 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCACCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATa < 1:39431/149‑1 (MQ=255) aaCTGGGTATAGATCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCAGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 2:291979/1‑147 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:166198/149‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg > 2:182717/1‑149 (MQ=255) gggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 4:370189/1‑148 (MQ=255) cgaataGGTCCAGCTCTCGTCACCTTCCGGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCAA‑TCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCACGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 4:11530/145‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 5:76142/149‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 7:372159/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 2:57477/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 2:63963/149‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCATCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCATCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa > 1:35896/1‑149 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 1:291979/147‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGAGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa > 7:284582/1‑149 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCTGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 4:101540/140‑1 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg > 3:101540/1‑140 (MQ=255) tCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGAGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATACGCCTTGTACTTGGACCCCGCCACCTCACt > 6:39263/1‑149 (MQ=255) acttgcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGACTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcc > 8:168068/7‑149 (MQ=255) ttgcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctc < 6:27843/145‑1 (MQ=255) gcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgt > 3:82253/3‑149 (MQ=255) gcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGAGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATACGCCTTGTACTAGGACCCGGCCACCACCCAGAGGGACACCTACATCCcgtcctcga > 4:24689/3‑148 (MQ=255) gcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCATCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgt > 1:327731/3‑149 (MQ=255) caTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgt < 4:294278/147‑1 (MQ=255) caTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgt < 5:324349/147‑1 (MQ=255) tCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAACTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCtt > 2:255936/1‑149 (MQ=255) acaGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGa > 4:306928/3‑107 (MQ=255) acaGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGa < 3:306928/105‑1 (MQ=255) acaGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGCCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGCGGGACACCTTGCTCCCGGCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCCGt > 2:427951/3‑149 (MQ=255) cAGCGCCTCCACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGTTTTCAGCCCAGGCCACAGGCGAca < 6:434768/149‑1 (MQ=255) | GTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGTTTTCAGCCCAGGCCACAGGCGACA > NC_002947/4741167‑4741433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |