| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 96.2% | 77.8 / ‑3.6 | 26 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (13/12); total (14/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGC > NC_002947/4585914‑4586199 | ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑ccgtg > 3:5336/1‑145 (MQ=39) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATATGCGCTGCTCCAATGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCATGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCTGGCCGGCCTGTTCGAG‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑ccgtgca > 4:96107/1‑143 (MQ=255) tAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCt < 6:231310/149‑1 (MQ=39) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCtt < 4:342727/148‑1 (MQ=39) ggCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATg‑cg < 3:35803/149‑1 (MQ=39) ggCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATg‑cg < 4:5336/149‑1 (MQ=39) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATg‑cgg < 1:230970/149‑1 (MQ=39) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCA‑CTTCGCGGGTAAACCCGCACCTAACA‑GGGACCGTGGCGGCCGTGAATG‑AGGCGCTGgcc > 5:76011/1‑149 (MQ=255) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGATCCTACCA‑GGGACCGTGCGGGCCTGGATTG‑CGGCGCTGCCCGTGGTAGGAGCggg > 8:179889/1‑149 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTCCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCGCTGGTAGGAGCgg < 3:96107/146‑1 (MQ=37) cgcTGCTCCATTGAAAGGGTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc < 5:30457/144‑1 (MQ=38) ctCCAATGCAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 7:179889/147‑1 (MQ=37) gACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAg < 6:283400/114‑1 (MQ=37) gACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAg > 5:283400/1‑114 (MQ=37) ggccggccT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGa > 8:69509/1‑77 (MQ=18) ggccggccT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGa < 7:69509/77‑1 (MQ=18) gggTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATg > 2:144363/2‑149 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCAGGGGC‑CGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCCCATCCCCCCGCAGAGGGAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCg > 1:256576/1‑149 (MQ=17) aCCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAAc > 2:27213/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 8:262810/1‑149 (MQ=255) cGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc > 5:195889/1‑149 (MQ=255) gCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGGCACACTGATATCACGCATGCGGAACTTCt > 6:6127/1‑149 (MQ=255) tCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc > 7:16076/1‑149 (MQ=255) tACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAAc > 4:214/1‑140 (MQ=255) tACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAAc < 3:214/140‑1 (MQ=255) tACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 6:219054/1‑149 (MQ=255) cA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCGGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg > 1:335663/1‑149 (MQ=255) a‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 8:16076/149‑1 (MQ=255) | TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGC > NC_002947/4585914‑4586199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |