| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,885 | T→C | intergenic (+90/+20) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,885 | 0 | T | C | 97.8% | 139.1 / NA | 45 | intergenic (+90/+20) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (22/22); minor base A (1/0); total (23/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATC > NC_002947/6013740‑6014027 | aaTCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGc < 1:217382/148‑1 (MQ=255) tCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCGCTCCCACAGGTGCAGCAAAGGGGTAGAACTCGGTGCCGTGACGGTGGGAGCGGGCCTGCCcgcgca > 7:276812/1‑147 (MQ=255) gggTCAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGGCAGCTTCATCCAATAACCGCCACACCTGCATCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAc < 7:155904/149‑1 (MQ=37) aaGTCGCGGGAAGGTTGTGGGGGCAGCTTCATCGAATAACCCCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGGCTCGCACGCTGTGCCGTACCTGCGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCttt < 1:220493/149‑1 (MQ=37) tCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCCCGCCCGCAACCACAGGTGAAGGACAGGGCTAGAACCCTGTGCCGTACCAGTTGGACCGGGCGTGCCCGCGAAAGACCGCCAc‑ccatata > 8:158758/1‑143 (MQ=255) gAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTGCACCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTATCTGGtt > 2:38310/1‑149 (MQ=255) gtgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTAt < 3:340982/136‑1 (MQ=255) aTCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCACGTGCAGCACAGGGAACCAACGCTGGGGCGGACCGGTGGGAGCGGGCGGGCCCCCGAATGGCCCCAAC‑CCATTTATCTGGTTGCCGCCAGCCGCGCcaaaaa > 2:229602/1‑148 (MQ=255) tccaaTAACCGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCtttt < 1:189518/116‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cacaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 3:295665/1‑148 (MQ=21) ggTGCACCACAGGGCACGACGGGGGGGCCGAACCTGGGGTTGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTATCTGTTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt < 1:167205/149‑1 (MQ=255) gcagcaCTGGGCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTATCTGGTTGCCGCCTGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTACTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCa < 1:229602/149‑1 (MQ=39) aatcacaTGTATCGAACGCTGTGCGGTACCTGTGGGAGCGGGAGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCTCCAAGAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAt < 8:276812/146‑1 (MQ=255) cacaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGc > 8:156233/1‑144 (MQ=255) 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cGTGCCCGCGAATGGCCACAAC‑CCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATc < 3:259287/149‑1 (MQ=255) | AATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAAC‑CCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATC > NC_002947/6013740‑6014027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |