| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 838,003 | Δ1 bp | 6.8% | intergenic (‑39/+41) | pth ← / ← rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 838,003 | 0 | G | . | 6.8% | 328.0 / 16.6 | 103 | intergenic (‑39/+41) | pth/rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/46); new base . (3/4); total (53/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGA > NC_002947/837858‑838149 | tGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTg‑cgcgc > 8:304651/1‑149 (MQ=255)tGGGCGCTGGCAAGGAGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTg‑cgcgc > 5:384126/1‑149 (MQ=255) gcTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGCGTTGATCGGGTTACAGTGCcgcgcgca < 3:307365/149‑3 (MQ=255) tGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTg > 3:130091/1‑149 (MQ=255) cAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTTGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑C‑CGCGCGCACTGTaa < 7:86107/149‑1 (MQ=255) cAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTaa < 7:304651/149‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAAc > 1:283132/1‑149 (MQ=255) aaGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAAc > 2:343433/1‑149 (MQ=255) 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aCGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTaa > 6:13030/1‑138 (MQ=255) cGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGc > 5:108419/1‑149 (MQ=255) gAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCACCGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGcc > 8:264915/1‑149 (MQ=255) aaaaGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCg > 7:178500/1‑149 (MQ=255) aaGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGc > 4:367493/1‑149 (MQ=255) 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tATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTa > 4:140698/1‑149 (MQ=255) tGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACt > 7:97594/1‑149 (MQ=255) ggTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCgg > 8:335554/1‑147 (MQ=255) ttCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCct < 5:365099/149‑1 (MQ=255) ttCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCct < 6:384126/149‑1 (MQ=255) 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cccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTg < 5:334046/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTg > 5:233516/1‑148 (MQ=255) cAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGa < 6:233516/149‑1 (MQ=255) aGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGt > 7:284855/1‑145 (MQ=255) aGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGt < 8:284855/145‑1 (MQ=255) 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ttCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGc > 5:29755/1‑146 (MQ=255) ccTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCaga < 1:237554/148‑1 (MQ=255) cTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCTTCACCGTGGGCCAGAGc > 1:132513/1‑149 (MQ=255) ttGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGcg > 3:193951/1‑149 (MQ=255) ttGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGc > 1:339635/1‑148 (MQ=255) 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aGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTc > 7:251271/1‑149 (MQ=255) gTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCg < 6:29755/149‑1 (MQ=255) cgctcg‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGTCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGa < 7:350397/148‑1 (MQ=255) | TGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTG‑CGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTG‑CTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGA > NC_002947/837858‑838149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |