| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,028,652 | Δ1 bp | 5.6% | coding (392/2067 nt) | wbpM → | polysaccharide biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,028,652 | 0 | G | . | 5.6% | 229.0 / 7.0 | 72 | coding (392/2067 nt) | wbpM | polysaccharide biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/30); new base . (2/2); total (39/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
GTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTCGCCAACCG > NC_002947/2028504‑2028799 | gTTGCGCCTCTCGTAGCGATTCGGCTGTTGATTCGT‑TTTGGCATGTACGGGGCGGTTATGCGGTAGTTCGGCAATGATGCATTGGTGTCCATTATCAAGGCCTTTACCGTGTCTTCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAg < 5:294952/149‑1 (MQ=255)gTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAg > 5:358200/1‑149 (MQ=255) gcCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAAcc < 5:139952/149‑1 (MQ=255) 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gT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCAtt < 5:228992/149‑1 (MQ=255) t‑tttGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCAttt > 4:216703/1‑149 (MQ=255) gCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATGATTTTCaa < 6:358200/148‑1 (MQ=255) gCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCaa < 1:255955/148‑1 (MQ=255) aTGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCaca < 4:170180/115‑3 (MQ=255) aTGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCaca > 3:170180/1‑113 (MQ=255) 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cATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgc > 2:334682/1‑149 (MQ=255) ttATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgcgc > 2:83713/1‑149 (MQ=255) ttATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgcgc > 3:109986/1‑149 (MQ=255) tATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgcgc > 8:64015/1‑148 (MQ=255) tATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGcc > 1:122981/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCa < 1:334682/148‑1 (MQ=255) aaGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGTAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTa > 2:272245/1‑149 (MQ=255) aGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCAGTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTag > 8:171217/1‑148 (MQ=255) ttACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTCTTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTg < 1:267314/149‑1 (MQ=255) aCCCTGTCATCGCTGATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTgg < 5:381705/148‑1 (MQ=255) aCCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTggg > 6:315595/1‑149 (MQ=255) cccTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGt < 6:261838/149‑1 (MQ=255) cccTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGt > 7:269412/1‑149 (MQ=255) cccTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGAAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTAAACTATTGGTGGTTGCGCATGGTCATCATTGGTGGGTTACGCCTGATCATGCGCGAGTATTTGCTGGGt > 4:223708/1‑149 (MQ=255) cTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGa > 3:137314/1‑149 (MQ=255) 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cctgatgGTTGCTGTACCAGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTggg > 4:154805/6‑130 (MQ=255) cctgatgGTTGCTGTACCAGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTggg < 3:154805/125‑1 (MQ=255) ctgatgGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCa > 1:276375/5‑149 (MQ=255) gtgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGgcg > 7:178936/1‑142 (MQ=255) gtgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGgcg < 8:178936/142‑1 (MQ=255) tgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATc < 2:97071/147‑1 (MQ=255) tgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCa < 6:113632/148‑1 (MQ=255) tgtACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCg < 7:199303/149‑1 (MQ=255) gtACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGt > 8:171978/1‑149 (MQ=255) tACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGtt > 6:31483/1‑149 (MQ=255) tACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGtt < 5:253433/149‑1 (MQ=255) 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GTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTCGCCAACCG > NC_002947/2028504‑2028799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |