| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,095,509:1 | +A | 100% | coding (552/1494 nt) | rpoN ← | RNA polymerase sigma‑54 factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,095,509 | 1 | . | A | 98.7% | 252.9 / ‑3.4 | 74 | coding (552/1494 nt) | rpoN | RNA polymerase sigma‑54 factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base A (30/43); total (31/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
ATCCACGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑AAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCTTTGCAGGCTTT > NC_002947/1095363‑1095651 | aTCCACGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑a > 2:60993/1‑148 (MQ=255)aTCCACGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑a > 4:287530/1‑148 (MQ=255) tCCACGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTTCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑aaa < 1:28355/149‑1 (MQ=255) tCCACGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑aa > 3:91298/1‑148 (MQ=255) cACGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑aaaac > 5:178426/1‑147 (MQ=255) cGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑aaaaccg < 3:225250/149‑5 (MQ=255) cGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑aaaaccg < 6:317696/149‑5 (MQ=255) ttGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGgcg > 4:301585/1‑147 (MQ=255) gTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGgcg > 3:219908/1‑145 (MQ=255) gTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGgcg > 6:267206/1‑145 (MQ=255) gTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAg < 1:165290/148‑1 (MQ=255) gCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGAtt > 2:246316/1‑148 (MQ=255) cGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCTAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATttc < 4:247522/149‑1 (MQ=255) ggCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATttctt < 2:313869/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGTGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGa < 4:369613/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGTGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGa < 4:117044/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATttcttc > 1:362811/1‑147 (MQ=255) aGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGa < 3:301585/149‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAgt > 2:227952/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAgt < 5:132780/149‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAgt > 6:136810/1‑149 (MQ=255) tGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAgtg > 6:309758/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAgtgt < 6:221147/148‑1 (MQ=255) gcAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTc > 5:306798/1‑149 (MQ=255) ttGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTcc < 6:178426/149‑1 (MQ=255) cagcaACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAgg < 2:362811/149‑1 (MQ=255) cagcaACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAg < 6:96487/148‑1 (MQ=255) cagcaACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAg < 3:287530/148‑1 (MQ=255) aaCAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGc > 3:123286/1‑149 (MQ=255) gCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTgg < 6:172898/149‑1 (MQ=255) gCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTgg > 4:322530/1‑149 (MQ=255) aTTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGcc > 3:220345/1‑149 (MQ=255) cGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGt < 1:246316/148‑1 (MQ=255) gCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGtt > 3:273435/1‑148 (MQ=255) gCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTg < 7:262399/149‑1 (MQ=255) ccGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGa > 7:277921/1‑149 (MQ=255) gAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATg < 4:123286/149‑1 (MQ=255) ggTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCt < 5:136810/149‑1 (MQ=255) ttGTGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGGC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGt < 7:85919/149‑1 (MQ=255) aCGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCa < 5:267901/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGc < 1:335995/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGc < 1:340659/149‑1 (MQ=255) ccGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATg > 1:290185/1‑126 (MQ=255) ccGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATg < 2:290185/126‑1 (MQ=255) cGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATc < 4:219908/149‑1 (MQ=255) ggCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATc > 7:92024/1‑148 (MQ=255) tCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGc > 3:313196/1‑149 (MQ=255) tCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCACTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGc > 1:63061/1‑149 (MQ=255) ctgctgGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGcggtcg < 4:91298/149‑1 (MQ=255) ctgctgGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGcggtcg < 2:189235/149‑1 (MQ=255) tgctgGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTCGG‑AAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGcggtcgg > 1:334867/1‑149 (MQ=255) ctgGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGcggtcggt < 3:322530/148‑1 (MQ=255) tgGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACTGCAATCAAGCGGTCGgtgt > 4:161585/1‑149 (MQ=255) gATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAgtgt > 4:137042/1‑82 (MQ=255) gATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAgtgt < 3:137042/82‑1 (MQ=255) gATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCg < 2:122025/149‑1 (MQ=255) tGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGa > 7:109477/1‑149 (MQ=255) cGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGAc < 8:92024/148‑1 (MQ=255) ggTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGGCGGACAt < 5:267206/149‑1 (MQ=255) gTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGc > 1:139627/1‑149 (MQ=255) gTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACAGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGc > 2:240953/1‑149 (MQ=255) ccGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAg > 3:231817/1‑149 (MQ=255) cGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAgg < 8:109477/149‑1 (MQ=255) ttCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGtt > 7:252714/1‑148 (MQ=255) gACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCaa < 4:313196/148‑1 (MQ=255) gACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCaa < 1:60993/148‑1 (MQ=255) gACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAAc < 8:48315/149‑1 (MQ=255) aCCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACt < 5:309758/149‑1 (MQ=255) cTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGc < 2:63061/149‑1 (MQ=255) cTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGc > 8:326862/1‑149 (MQ=255) gTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCca < 8:277921/148‑1 (MQ=255) gTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCca > 8:35337/1‑148 (MQ=255) gATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTgg < 4:220345/149‑1 (MQ=255) gATATCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGGCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTgg > 6:283768/1‑149 (MQ=255) tCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCtt < 4:231817/148‑1 (MQ=255) tCCAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACAGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCttt < 1:240953/149‑1 (MQ=255) cAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGTCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCTTTGc > 7:139827/1‑149 (MQ=255) cAGCTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCTTTGc < 6:306798/149‑1 (MQ=255) cTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCTTTGCAgg < 2:139627/149‑1 (MQ=255) cTCCGGGTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCTTTGCAg < 8:252714/148‑1 (MQ=255) gggTC‑GAAAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCTTTGCAGGCttt > 6:158866/1‑149 (MQ=255) | ATCCACGGAGTTGTAGCGGGCAGCTGGCGCAGTTGCAGCAACAGGCATTCGCCGAGGTTGCGGGCGCCAACGCCAGCCGGCTCGAACTGCTGGATGCGGTGCAGTACCGCTTCGACCTCGTCCAGTTCGATATCCAGCTCCGGGTC‑G‑AAACCGGCGCAGATTTCTTCGAGTGTGTCTTCCAGGTAGCCCTGGCCGTTGATGCTGTCGATCAGGGTCACGGCAATCAAGCGGTCGGTGTCGGACATCGGTGCCAGGTTCAACTGCCACAGCAGGTGGCTTTGCAGGCTTT > NC_002947/1095363‑1095651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |