| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,028,639:1 | +C | 8.5% | coding (379/2067 nt) | wbpM → | polysaccharide biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,028,639 | 1 | . | C | 8.5% | 268.8 / 19.5 | 71 | coding (379/2067 nt) | wbpM | polysaccharide biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (34/31); new base C (3/3); total (37/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
GTTGTTCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCA > NC_002947/2028494‑2028781 | gttgttCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTtg‑t < 5:27893/147‑1 (MQ=255) ttCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTg < 3:339449/149‑1 (MQ=255) ttCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTg > 7:90308/1‑149 (MQ=255) tCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCTTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTg < 1:50976/148‑1 (MQ=255) tCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTg < 8:90308/148‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGATCATTCGA‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTCGTGACCATAATCAAGGCCGTAACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGCTTG‑TGTACTGGTa > 6:294952/1‑147 (MQ=255) gTTGCGCCTCTCGTAGCGATTCGGCTGTTGATTCGT‑TTTGGCATGTACGGGGCGGTTATGCGGTAGTTCGGCAATGATGCATTGGTGTCCATTATCAAGGCCTTTACCGTGTCTTCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAg < 5:294952/149‑1 (MQ=255) gTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAg > 5:358200/1‑149 (MQ=255) 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> 3:170180/1‑113 (MQ=255) aTGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCaca < 4:170180/115‑3 (MQ=255) tACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGTCAATGATTCATTGGTGACCATTATCTAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTT‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTAtt < 3:193870/148‑1 (MQ=255) ccGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATtgg < 7:2312/148‑1 (MQ=255) cGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCAGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATtggtg > 5:261838/1‑149 (MQ=255) tgCGGTGAGGCGCTACTTAGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACGCTGTCATGGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTggtggt < 8:139590/148‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGa < 7:313462/149‑1 (MQ=255) tGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCGTTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAg > 8:342922/1‑148 (MQ=255) cgcTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATgg < 7:102503/148‑1 (MQ=255) cgcTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGt > 8:199303/1‑149 (MQ=255) cgcTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGt < 2:5037/149‑1 (MQ=255) cgcTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGt > 6:253433/1‑149 (MQ=255) cgcTACTTAGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCATCGACGTTACCCTGTCATCGCGCATTCAGGCTGTGTTTG‑TTTACAGGTACATCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTTGTGGTTGAGCATgt < 6:225713/148‑2 (MQ=255) ggCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATtgg < 3:278980/149‑1 (MQ=255) ggCAATGATGCATTGGTGACCATTATAAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGTTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATtg < 7:341451/148‑1 (MQ=255) cAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATtggtg < 4:144410/149‑1 (MQ=255) gatgCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGtt > 1:272202/1‑148 (MQ=255) gatgCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGtt < 2:272202/148‑1 (MQ=255) aTTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTTTTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGcc > 2:267314/1‑149 (MQ=255) ttGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCGTTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCt < 7:342922/149‑1 (MQ=255) cATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGcc < 4:107557/140‑1 (MQ=255) cATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGcc > 3:107557/1‑140 (MQ=255) cATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgc > 2:334682/1‑149 (MQ=255) ttATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgcgc > 2:83713/1‑149 (MQ=255) ttATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgcgc > 3:109986/1‑149 (MQ=255) tATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgcgc > 8:64015/1‑148 (MQ=255) tATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGcc > 1:122981/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCa < 1:334682/148‑1 (MQ=255) aaGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGTAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTa > 2:272245/1‑149 (MQ=255) aGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCAGTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTag > 8:171217/1‑148 (MQ=255) ttACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTCTTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTg < 1:267314/149‑1 (MQ=255) aCCCTGTCATCGCTGATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTgg < 5:381705/148‑1 (MQ=255) aCCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTggg > 6:315595/1‑149 (MQ=255) cccTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGt < 6:261838/149‑1 (MQ=255) cccTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGt > 7:269412/1‑149 (MQ=255) cccTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGAAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTAAACTATTGGTGGTTGCGCATGGTCATCATTGGTGGGTTACGCCTGATCATGCGCGAGTATTTGCTGGGt > 4:223708/1‑149 (MQ=255) cTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGa > 3:137314/1‑149 (MQ=255) gTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTACCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACt > 1:101195/1‑149 (MQ=255) tCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGAc < 4:109986/147‑1 (MQ=255) gCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTa > 5:113632/1‑149 (MQ=255) gCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTa > 5:333824/1‑149 (MQ=255) tCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATTCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTAcc > 5:308489/1‑149 (MQ=255) cctgatgGTTGCTGTACCAGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTggg > 4:154805/6‑130 (MQ=255) cctgatgGTTGCTGTACCAGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTggg < 3:154805/125‑1 (MQ=255) ctgatgGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCa > 1:276375/5‑149 (MQ=255) gtgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGgcg > 7:178936/1‑142 (MQ=255) gtgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGgcg < 8:178936/142‑1 (MQ=255) tgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATc < 2:97071/147‑1 (MQ=255) tgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCa < 6:113632/148‑1 (MQ=255) | GTTGTTCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGT‑TTTGGCATGTACCGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCA > NC_002947/2028494‑2028781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |