New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 653519 = | 80 (1.330) | 4 (0.070) | 4/254 | NT | 5.2% | coding (1224/1962 nt) | ctpL | methyl‑accepting chemotaxis protein CtpL |
? | NC_002947 | 653567 = | 70 (1.220) | coding (1176/1962 nt) | ctpL | methyl‑accepting chemotaxis protein CtpL |
CCGACAGGCTCTGGCCGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATG > NC_002947/653371‑653666 | tttcgcccaagccatcgccctgggcaagaccaaccgcgaactgcacgacatccaggagtcgctcaaccgcctgcgtcagtacctggtggagctggtcggcaccatccgtcataatgccgagcaggtggccggcagcagccatgccctgg > 3:26823‑M1/149‑149 (MQ=255) aCAGGCTCTGGCCGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCg > 5:276425/1‑149 (MQ=255) aCAGGCTCTGGCCGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCg > 5:351520/1‑149 (MQ=255) ctctGGCCGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGccac > 5:77029/1‑147 (MQ=255) tGGCCGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCg > 1:112857/1‑149 (MQ=255) gCCGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTc < 2:278387/146‑1 (MQ=255) cGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCg > 1:360588/1‑149 (MQ=255) cGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCg > 4:265462/1‑149 (MQ=255) gATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCgg < 2:236134/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGccg‑ccg > 5:215936/1‑149 (MQ=255) aagaccaaccgcgaactgcacgacatccaggagtcgctcaaccgcctgcgtcagtacctggtggagctggtcggcaccatccgtcataatgccgagcaggtggccggcagcagccatgccctgGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGt < 7:90109‑M1/26‑1 (MQ=255) ggCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTg > 6:93276/1‑148 (MQ=255) gCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTgca > 1:241756/1‑149 (MQ=255) ccTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTgcag > 3:99874/1‑149 (MQ=255) cTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCTCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTgcagc < 7:40889/149‑1 (MQ=255) cTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTgcagc > 6:160657/1‑149 (MQ=255) cTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTgcagc < 1:53848/149‑1 (MQ=255) cTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTgcagc < 6:276425/149‑1 (MQ=255) 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cGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGc < 1:5329/149‑1 (MQ=255) aTCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAggg > 2:126623/1‑149 (MQ=255) aggagtcgctcaaccgcctgcgtcagtacctggtggagctggtcggcaccatccgtcataatgccgagcaggtggccggcagcagccatgccctgGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGc > 8:90109‑M1/96‑149 (MQ=255) gcgGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCAt < 6:351520/149‑1 (MQ=255) gCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGAGCTGTCCTGTATCGCCGGCCTGTCCCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCAAGCCGGCCAGGGCATGgctgct < 3:232508/149‑1 (MQ=255) cTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCtgctgc > 7:52295/1‑149 (MQ=255) cTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGGTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCtgctgc < 3:196276/149‑1 (MQ=255) tCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGcc > 2:30260/1‑149 (MQ=255) gcTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCAc < 4:169208/149‑1 (MQ=255) tGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCt > 2:85302/1‑149 (MQ=255) 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aTCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGa > 4:255224/1‑142 (MQ=255) aTCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGc > 2:305578/1‑149 (MQ=255) cgcgGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAgg < 7:321854/146‑1 (MQ=255) cgcgGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAgg > 8:321854/1‑146 (MQ=255) gcgGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGt < 7:289812/149‑1 (MQ=255) cgGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCAGCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGtt < 5:121976/149‑1 (MQ=255) ggATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTg < 8:204700/149‑1 (MQ=255) gTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGAc > 8:338292/1‑149 (MQ=255) tCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGTCGGTTGAg < 4:355672/144‑1 (MQ=255) tCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACt > 8:88360/1‑149 (MQ=255) gTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTg > 6:74523/1‑149 (MQ=255) tATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTgg > 1:192051/1‑149 (MQ=255) tCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGCGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGAt < 1:305578/149‑1 (MQ=255) GCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATg > 8:52295‑M1/1‑148 (MQ=255) | CCGACAGGCTCTGGCCGATTACCGCCTGGCCTTGTTCCACCGCACGCCCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCG‑CCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATG > NC_002947/653371‑653666 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |