| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4586029 | 16 (0.270) | 26 (0.470) | 18/244 | NT | 71.6% | intergenic (+112/+103) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| ? | NC_002947 | = 4586109 | 6 (0.110) | intergenic (+192/+23) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase | |||||
GCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACT > NC_002947/4585887‑4586167 | gccgAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGTAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgg < 3:72305‑M1/149‑7 (MQ=255)gccgAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgg > 7:244128‑M1/1‑143 (MQ=255) gCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCAGCGGCGTGAACAGCTGATCTGCTCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaa < 7:128803‑M1/149‑12 (MQ=255) aGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaaccc > 6:385823‑M1/1‑135 (MQ=255) ccACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcc < 3:69876‑M1/149‑20 (MQ=255) cACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGACCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcct < 8:280595‑M1/149‑21 (MQ=255) aCCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctccta > 1:173010‑M1/1‑128 (MQ=255) aCCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtagcgggtatacccgcacca > 7:149451‑M1/1‑128 (MQ=255) tGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccagg < 8:295454‑M1/149‑27 (MQ=255) ggCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccagggacc > 1:218885‑M1/1‑119 (MQ=255) ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcg > 7:129052‑M1/1‑116 (MQ=255) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccagggaccgtg < 2:99808‑M1/147‑34 (MQ=255) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccagggaccgtgccggcctt < 2:218885‑M1/148‑42 (MQ=255) ccACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccagggaccgtgccggccttga < 5:275542‑M1/148‑44 (MQ=255) ccACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGCTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGTCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaag > 8:201363‑M1/1‑105 (MQ=255) cACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccagggacc > 6:333608‑M1/1‑104 (MQ=255) cACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccagggacc < 5:333608‑M1/134‑31 (MQ=255) aCGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATg > 7:274807/1‑149 (MQ=39) cGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgc < 6:2032/149‑1 (MQ=39) ggCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcg < 5:385823/149‑1 (MQ=39) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcgg < 5:244508/149‑1 (MQ=39) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcgg < 8:274807/149‑1 (MQ=39) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtcc < 8:244128‑M1/149‑58 (MQ=255) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctg < 3:86669‑M1/149‑61 (MQ=255) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 1:89105/149‑1 (MQ=39) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggt < 1:57906‑M1/149‑63 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggta < 5:107995‑M1/149‑64 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggta < 7:201363‑M1/149‑64 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGACGGCCTCTtagcgggttaaaccgctactaacaggtgcagcggcgcattaaaggccggaacggtccctggta > 1:285616‑M1/1‑86 (MQ=255) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGACAGGTTGAGGATGACCGGGGGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGCTCGGGCCGGCCGCTTCGCGGG‑TACACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 3:249431/149‑1 (MQ=255) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtag < 8:129052‑M1/149‑65 (MQ=255) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 4:147157/149‑1 (MQ=39) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGa < 1:236007/147‑1 (MQ=39) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGtt > 2:139983/1‑149 (MQ=38) ctgctCCATTGAAAGGTTGAGGAAGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCTTTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTa < 7:251884/149‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:139983/147‑1 (MQ=38) cATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 7:28983/1‑148 (MQ=38) aaaGGTGGAGTATCACCGGG‑GCTTGGGCAAGGTTAAGATGTTGAATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑AAAACCCGCTCCTACCCGGGACC‑GGGCCGGCTTTTAATGCGGCGCTGCCCCTGGTTGGAGCGGTTTTACCCGCGAaga < 8:28983/148‑1 (MQ=255) ggTTGAGGATGCCCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCCGGGA‑CCGGGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagaggcc > 2:47261‑M2/1‑142 (MQ=255) ccGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcct < 8:18422‑M1/68‑21 (MQ=255) ccGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTtcgcgggtaaacccgctcct > 7:18422‑M1/1‑48 (MQ=255) tt‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt > 1:184932/1‑99 (MQ=25) tt‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt < 2:184932/99‑1 (MQ=25) ggccTCTtcgcgggtaaacccgctcctaccaggggcagcgccgcattcaaggccggcccggtcccgggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccgggcatcctcaacc > 2:47261‑M1/1‑7 (MQ=255) | GCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTT‑GGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GG‑TAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACT > NC_002947/4585887‑4586167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |