| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5594092 = | 30 (0.500) | 7 (0.150) | 6/210 | NT | 20.1% | intergenic (‑39/+106) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| ? | NC_002947 | 5594185 = | 32 (0.680) | intergenic (‑132/+13) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
ATCAGGCCGATGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGC > NC_002947/5593944‑5594240 | aTCAGGCCGATGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCA < 5:281493‑M1/149‑1 (MQ=255) tcgatgaagatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcacctta < 7:184118‑M1/1‑1 (MQ=255) atgaagatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttAccc > 3:239056‑M1/146‑149 (MQ=255) gaagatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCtg < 2:153349‑M1/6‑1 (MQ=255) cGATGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGTGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTG < 7:340274‑M1/149‑1 (MQ=255) aagatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCtgt > 4:354599‑M1/143‑149 (MQ=255) aagatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCtgt > 2:16811‑M1/143‑149 (MQ=255) agatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCtgt > 6:7573‑M1/142‑148 (MQ=255) gatcacccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTgg < 3:355137‑M1/9‑1 (MQ=255) cGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCG > 6:229689‑M1/1‑149 (MQ=255) cGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCG > 5:45345‑M1/1‑149 (MQ=255) cGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCT > 5:260087‑M1/1‑140 (MQ=255) cGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCT < 6:260087‑M1/140‑1 (MQ=255) acccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGc < 8:287853‑M1/13‑1 (MQ=255) gAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGT < 7:168017‑M1/141‑1 (MQ=255) gAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGT > 8:168017‑M1/1‑141 (MQ=255) ccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCgg < 7:336530‑M1/15‑1 (MQ=255) ccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCgg < 1:172953‑M1/15‑1 (MQ=255) ccaggaagtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCgg < 4:131918‑M1/15‑1 (MQ=255) aGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGG < 2:3876‑M1/149‑1 (MQ=255) gAAAACCACTGTTAAAACAGGTCGCGAGCTCCGAAAATGCGCT‑TCTGGATGTGGATTGGATGGTCGTGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCTTGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTT < 3:17839‑M1/149‑1 (MQ=255) aaaaCCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTG < 5:229689‑M1/149‑1 (MQ=255) ccACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGTTGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCG > 2:61833‑M1/1‑149 (MQ=255) 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aCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCG‑GCTGGATGGGGCTTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCGGGGTGATGTCATGCTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAACTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGc < 6:268524/149‑1 (MQ=39) ggTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCaaa < 3:224948/149‑1 (MQ=255) atcACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGAGTGGATGGTCGGGAGAGAACTGTCGGGGTGATGTCATGGGCAGGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGGGGCATACACAACCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTg < 2:6174/147‑1 (MQ=38) cACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGcc < 3:85957/149‑1 (MQ=255) aaaTGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCAc < 2:133292/149‑1 (MQ=255) 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> 7:252768‑M2/1‑143 (MQ=255) ggATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttcgcg > 7:247565‑M2/1‑143 (MQ=255) aggcatgcgtgagcaggccgagcggttcctccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 8:336530‑M1/78‑149 (MQ=255) aggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 4:355137‑M1/78‑149 (MQ=255) ggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCggg > 6:343034‑M1/77‑149 (MQ=255) ttGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggc < 6:117689‑M1/149‑47 (MQ=255) 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atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGGAAGGTGCTGCGGTTTAGCCtgt > 3:280530/1‑147 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACttt > 1:12170/1‑149 (MQ=255) cGCCGGAGGGATGTTAAGCGCCATCCACCACCCGGTGGGCGCGGGCTTCCCCGCGAACACCGGCAACCCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTgg < 2:48096/148‑1 (MQ=25) tgtaaggTGCCATACACCACCGTGTGGGAGCGGGCTTCCCGGCTAACACCGGCAAAGCGGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAgctggctg < 3:134927/143‑1 (MQ=37) ttAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGGCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGGCCTGCACCGCCGTGCTTGCGTCGCGGGGCAGCCCGCTCCCCCAGGGGAAGGTGGGGGGGGTTTGACGTTGTGGGACAgctggcgggc > 4:271454/1‑145 (MQ=21) aaGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCt < 5:149547/148‑1 (MQ=255) cgTGGCATCCCCCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGCCAAAGCCGGGGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCtt < 3:74289/147‑1 (MQ=37) cATACACCACCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc < 2:11531/149‑1 (MQ=255) aTACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCttagccggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcacaccggcggacatgaccaagacaacacc < 4:356022‑M2/149‑78 (MQ=255) ACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGc > 2:12170‑M1/1‑149 (MQ=255) | ATCAGGCCGATGCCGAGGGAAAACCACAGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCT‑GCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGC > NC_002947/5593944‑5594240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |