New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1955565 | 49 (0.810) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 6.1% | coding (203/975 nt) | PP_1753 | DMT superfamily permease |
? | NC_002947 | = 1955597 | 45 (0.780) | coding (235/975 nt) | PP_1753 | DMT superfamily permease |
GCAGGTACTGCAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGCGTGTTCGTGTTCCGCGAGCGCTTCAGTG > NC_002947/1955452‑1955744 | gCAGGTACTGCAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGttg > 1:145929‑M2/1‑146 (MQ=255) gCAGGTACTGCAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGGGCTGGttg < 2:161484‑M2/149‑4 (MQ=255) cAGGTACTGCAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGttgc > 4:9695‑M2/1‑145 (MQ=255) aGGTACTGCAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGttgcg > 7:171365‑M2/1‑144 (MQ=255) aGGTACTGCAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGttgcg > 6:182205‑M2/1‑144 (MQ=255) cAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCgg < 2:316381/149‑1 (MQ=255) cAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCg < 4:144277/148‑1 (MQ=255) gTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGAAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTAAt < 7:58619/149‑1 (MQ=255) gATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACt < 1:221866/149‑1 (MQ=255) tCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTAc < 5:192679/149‑1 (MQ=255) aCTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGt < 5:3680/149‑1 (MQ=255) tCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGctc < 7:102162/149‑1 (MQ=255) tGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCt > 3:228577/1‑149 (MQ=255) gTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGtt > 1:225523‑M2/1‑107 (MQ=255) gTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGtt < 2:225523‑M2/109‑3 (MQ=255) ccGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCg < 4:228577/149‑1 (MQ=255) cGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATgg > 3:300070/1‑124 (MQ=255) cGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATgg < 4:300070/124‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGt > 4:314792/1‑149 (MQ=255) ctgctgGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGtct < 6:363502/149‑1 (MQ=255) ctgGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCa > 6:82784/1‑148 (MQ=255) tgGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCaaa > 7:109873/1‑149 (MQ=255) gTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTg > 5:352407/1‑126 (MQ=255) gTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTg < 6:352407/126‑1 (MQ=255) gTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACt > 8:174890/1‑149 (MQ=255) tctcCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGTGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTg > 5:356687/1‑149 (MQ=255) ctcCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCt < 7:239045/102‑1 (MQ=255) ctcCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCt > 8:239045/1‑102 (MQ=255) cggcggCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTa < 4:186956/149‑1 (MQ=255) ggcCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGccc < 7:174890/149‑1 (MQ=255) tgctgTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCggg > 6:323513/1‑148 (MQ=255) ttCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGcc < 4:329121/139‑1 (MQ=255) ttCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGcc > 3:329121/1‑139 (MQ=255) gCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGcac > 4:81558/1‑148 (MQ=255) tggctggcGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACt > 5:112499/1‑149 (MQ=255) gcggcTAAGAGTCGTTTGCCGTCCATGGTCAAGCTGTCGCCGAGGTGCAAGGGACTGGTGCTGTTTGCGGTGATCGGAATGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCAATGCACAACtgttgt < 8:222588/148‑2 (MQ=255) cTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACt > 4:138081/1‑139 (MQ=255) cTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACt < 3:138081/139‑1 (MQ=255) gcggcgTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCg < 5:82784/149‑1 (MQ=255) ggcgTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGc < 8:109873/149‑1 (MQ=255) cgTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGccc < 8:264317/149‑1 (MQ=255) gccggacATGCGCAAGCTGTCGCCCAGGGGCCAGGGCCTGGTGCTGGGTGCGGTGCTCGGCCTGATGGTCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTg < 3:189233/142‑1 (MQ=255) cGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTg > 1:225348/1‑149 (MQ=255) cATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGAGCTCTACCTGATCGGTATCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGc > 3:213479/1‑149 (MQ=255) tGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGttgcgcatggacggcaaacgccgctgagccgccagccaggcgaacagcaggccgccggagaccagcagg < 8:303734‑M2/108‑70 (MQ=255) tGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGttgcgcatggacggcaaacgccgctgagccgccagccaggcgaacagcaggccgccggagaccagcagg > 7:303734‑M2/1‑39 (MQ=255) cgcAAGCTGGCGCCCAGGTGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAATCTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCtggt < 6:356687/149‑1 (MQ=255) cgcAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGttgcgcatggaaggcaaacgccgctgagccgccagccaggcgaacagcaggccgccggagaccagcaggcggtaccaggtgacagtgatcgggtcgaccacttgcagtacct < 4:349181‑M2/149‑113 (MQ=255) cgcAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCtggt < 3:314792/149‑1 (MQ=255) gcAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCtggtg > 7:349584/1‑149 (MQ=255) gcAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCtggtg > 8:120122/1‑149 (MQ=255) gcgcCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCCGcgt > 2:361881/1‑149 (MQ=255) ccAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGcgtgttc < 3:81558/149‑1 (MQ=255) ccAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGcgtgttc < 6:112499/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGCGTGTTCGTGTTCCGCGa < 5:323513/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGCGTGTTCGTGTTCCGCGAgc > 1:251417/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGCGTGTTCGTGTTCCGCGAGCGCt > 2:107295/1‑149 (MQ=255) ggTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGCGTGTTCGTGTTCCGCGAGCGCTTCAgtg > 7:26862/1‑149 (MQ=255) ggTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGCGTGTTCGTGTTCCGCGAGCGCTTCAgtg > 1:354727/1‑149 (MQ=255) gTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGCGTGTTCGTGTTCCGCGAGCGCTTCAgt < 7:120122/147‑1 (MQ=255) | GCAGGTACTGCAAGTGGTCGACCCGATCACTGTCACCTGGTACCGCCTGCTGGTCTCCGGCGGCCTGCTGTTCGCCTGGCTGGCGGCTCAGCGGCGTTTGCCGTCCATGCGCAAGCTGGCGCCCAGGGGCAAGGGCCTGGTGCTGGTTGCGGTGCTCGGCCTGATGGGCAACTACGTGCTCTACCTGATCGGTCTCAAACTGCTTAGCCCGGGCACTGCACAACTGGTGGTACAGATCGGCCCGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGCGTGTTCGTGTTCCGCGAGCGCTTCAGTG > NC_002947/1955452‑1955744 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |