New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2357154 | 58 (0.960) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 5.3% | coding (224/387 nt) | PP_2071 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2357222 | 51 (0.890) | coding (156/387 nt) | PP_2071 | hypothetical protein |
TCGCTTCGCCTTGCGCAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCAGGGAGGGATGTGGATGACG > NC_002947/2357077‑2357365 | tcgcttcgcCTTGCGCAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCgc > 8:83454‑M2/1‑146 (MQ=255) cttcgcCTTGCGCAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCGTCGTCGGTCTCCGGGTGCgcgtgc < 3:19425‑M2/149‑7 (MQ=255) gcCTTGCGCAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAg < 7:36802/148‑1 (MQ=255) ccTTGCGCAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGAt > 6:274402/1‑149 (MQ=255) cgcAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAAtt < 8:235136/149‑1 (MQ=255) gcAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCgcgtgc > 4:287091‑M2/1‑132 (MQ=255) gcAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCgcgtgc < 3:287091‑M2/138‑7 (MQ=255) aGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATATAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCTGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATTAATTCGc < 8:157887/149‑1 (MQ=255) gTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTc > 2:86458/1‑149 (MQ=255) tCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTc > 1:333938/1‑148 (MQ=255) tCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCg < 5:274402/149‑1 (MQ=255) gTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATgc > 3:22679/1‑149 (MQ=255) tCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCAc > 8:8326/1‑149 (MQ=255) gACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGa > 8:209820/1‑149 (MQ=255) cgcgGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCtt > 6:151244/1‑148 (MQ=255) cgGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGaa < 4:349140/149‑1 (MQ=255) cacaTAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAAt > 5:83879/1‑149 (MQ=255) caTAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCAGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCg > 5:366293/1‑149 (MQ=255) aTAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGt > 7:131776/1‑149 (MQ=255) tAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGtt < 6:327793/149‑1 (MQ=255) tAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGtt < 7:209820/149‑1 (MQ=255) agagTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGtt > 1:48294/1‑148 (MQ=255) gagTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTc < 3:357464/148‑1 (MQ=255) gagTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTc < 8:131776/148‑1 (MQ=255) ttCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCAtct > 6:340702/1‑149 (MQ=255) cccGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCgg > 8:144374/1‑149 (MQ=255) cccGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCgg > 5:275669/1‑149 (MQ=255) ccGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCgg > 8:255376/1‑148 (MQ=255) actGCAAGCAGCCATCCGGAATGTCGTTACGCAGGGTGCCTTGACGCACAATGAATGCTTCGTCGGTAGCCGGGTTCGCTTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCTTTCATCTCGGCAACGACCCTg < 4:44533/147‑1 (MQ=255) aTGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTgg < 3:4464/149‑1 (MQ=255) aTGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTAGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACgccactcg > 4:4464/1‑142 (MQ=255) gCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCgcgtgcatgtgaaccccggggaactctatgtggtgccccgcggcgtcgagcaccggaccgctg > 1:5768‑M2/1‑74 (MQ=255) gCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCgcgtgcatgtgaaccccggggaactctatgtggtgccccgcggcgtcgagcaccggaccgctg < 2:5768‑M2/137‑64 (MQ=255) gCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTa > 5:190960/1‑121 (MQ=255) gCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTa < 6:190960/121‑1 (MQ=255) cACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTgggg < 2:333938/148‑1 (MQ=255) gCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTc > 8:86321/1‑148 (MQ=255) aGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCgcgtgcatgtgaaccccggggaactctatgtggtgccccgcggcgtcgagcaccggaccgctgcgcaaggcgaagcgaaac < 3:226101‑M2/149‑82 (MQ=255) ccATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTg < 7:221774/149‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGAGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGCTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCAttc > 4:251984/1‑146 (MQ=255) cGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGtt < 2:86533/149‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGATACGCAGTGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTc < 6:17150/149‑1 (MQ=255) aGGTCGATACGCAGGCTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGAt < 4:22679/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGAGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGcc < 1:355166/149‑1 (MQ=255) aGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCtt < 8:162060/149‑1 (MQ=255) ccTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGAc < 7:144374/149‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCa < 7:255376/147‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCa < 7:86321/147‑1 (MQ=255) cACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCa > 6:130276/1‑149 (MQ=255) aCCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCAc > 5:251469/1‑149 (MQ=255) ccAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACt < 5:340702/149‑1 (MQ=255) aGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTgg > 7:46146/1‑149 (MQ=255) gAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCa < 6:83879/149‑1 (MQ=255) gAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCa < 6:251469/149‑1 (MQ=255) aTGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCagg < 2:48294/149‑1 (MQ=255) cTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCagggag < 5:130276/149‑1 (MQ=255) cTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCagggag < 6:366293/149‑1 (MQ=255) gtcgGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCAGGGAGGGAt > 5:64648/1‑149 (MQ=255) tctcCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCAGGGAGGGATGTGGa > 2:273656/1‑149 (MQ=255) gggTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCAGGGAGGGATGTGGATGACg < 7:8326/149‑1 (MQ=255) | TCGCTTCGCCTTGCGCAGCGGTCCGGTGCTCGACGCCGCGGGGCACCACATAGAGTTCCCCGGGGTTCACATGCACGCAGCCATCCGGCAGGTCGATACGCAGGGTGCCTTCCAGCACCAGGAATGCTTCGTCGGTCTCCGGGTGCGCGTGCCAGATGAATTCGCCTTCGATGCGCACGACCTTGAACTGGTAATCGTTCATCTCGGCAACGACCCTGGGGCTCCATTGCTGTTCGATTAGCGCTGCCTTGTGGACCAGGTTCACTGGCAGGGAGGGATGTGGATGACG > NC_002947/2357077‑2357365 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |