New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3947913 = | 55 (0.910) | 5 (0.110) | 5/210 | NT | 12.4% | coding (136/1797 nt) | PP_3483 | type II secretion system protein |
? | NC_002947 | 3947998 = | 27 (0.570) | coding (51/1797 nt) | PP_3483 | type II secretion system protein |
GGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTC > NC_002947/3947865‑3948138 | gggCCTGGCCCAGCAGGGCGCGGGGGTCGGCGCAAATTTTTGCTGGGTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCAAAGGTCTGTGGGCTGCATCCATCCTGTGGGCGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCttt < 1:83912/149‑1 (MQ=38) cAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCg > 2:126433/1‑149 (MQ=255) ggaggGCGCGGGGGTAGGCGTAAATTTTTGCGGGGTGCTTCGCGGGCATGCCCGCGCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCggg < 1:327512/149‑1 (MQ=255) gccgggcgcgGGGGTCGGCGCAAATTTTTGCTGGGTTCTGCGCGGCCAGCCCCGCGCCCCCAGGTCCAGCCCCGGTCGGGGGGCTGCATACACCCGGTGGGCGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCggg < 2:207141/143‑1 (MQ=255) gTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGAATCCGGGGTTg > 2:103424/1‑149 (MQ=255) gggggTAGGCGGAAATTTTTGATGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATAACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGCAGTCGGTGCAGGCGTAGCAGATTCCGGGGTAGCATc > 2:78648/1‑148 (MQ=38) gCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTGTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTGCGGGGTTGCATCGAATGCTTc > 5:284419/1‑149 (MQ=255) cGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGAATCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCt < 1:103424/149‑1 (MQ=255) aaTTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCa > 6:116365/1‑149 (MQ=255) tttttGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACTGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATg < 1:283038/149‑1 (MQ=255) ttttGCGGGGTTGGTCGCGGCCAGGCCCGCTCCCCCCGGTACATCCCAGGTCGGTGGGCTGCTTACTTCGTGTGGGTGCGGGAATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATg < 4:107195/148‑1 (MQ=255) tttGCTGGGTTCTTGGCGGGCATGCCGGCTCCCACAGGTACATCACTGGTCGGTGGGCTGCTTACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATgg < 4:249354/148‑1 (MQ=255) cggggcTCTCCGCGGCCAGGCCCGCTCCCACCGTTACACCCCAGGTCTGGGGGCTGCATCCCTCCTGGGGGAGCGGGAATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGc > 2:274331‑M1/7‑149 (MQ=255) cTGGGTTCTTCGCTGGCATGCCCGCTCCCACCGGTACATCACCGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGc < 6:284419/149‑1 (MQ=255) cTGGGTGCTTCGCGGGCATGCCCGCCCCCACAGGTACATCACAGGTCTGGGGGCTGCATACCTCCTGGGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTg < 8:99211/148‑1 (MQ=39) tGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACCTCACAGGTCTGTGGGCGGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCGTTGCAGATGCCGGGGTGGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCg > 8:94271/1‑149 (MQ=38) ttcGCGGGCATGCCCGCTCCCACGGGTACAACACAGGTGGGTGGGCTGCATACAACGAGTGGGAGCCGGGATGGCCGCGAGGAGCTCGGTGCTGGCGTTGCAGAATGCGGGGTTGCATCGAATGCTTGTGGCATGGCCTGCGTGTCCGc > 8:173855/1‑149 (MQ=255) GGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAggg > 2:78808‑M1/1‑149 (MQ=255) ATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGgcg < 2:247035‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGcgcg < 7:12338‑M1/149‑1 (MQ=255) cccgctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAg > 4:144597‑M2/72‑141 (MQ=255) cccgctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAg < 3:144597‑M2/70‑1 (MQ=255) ccgctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTc > 1:227726‑M2/71‑149 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTc < 2:171509‑M1/149‑1 (MQ=255) gctcccacaggatgtatgcagcccacagacctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCg > 3:308572‑M2/69‑148 (MQ=255) CAGGTACATCCGAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGGGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAggctgg > 2:31126‑M1/1‑149 (MQ=255) GTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTc < 2:44041‑M1/149‑1 (MQ=255) cATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGc < 1:171509/149‑1 (MQ=255) ccggTCGGGGGGCTGCAACCATCCTGGGGCCGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAggg < 1:138437/147‑1 (MQ=255) caGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAggg < 5:116365/149‑1 (MQ=255) caGGTCTGGGGGCTGCATCCCTCCTGTGGGCGCGGGCATGCCCGCGAAGACGGCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAggg < 7:94271/149‑1 (MQ=255) gTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTg > 2:40018/1‑149 (MQ=255) tgtgGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTg < 2:37662/91‑1 (MQ=255) tgtgGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTg > 1:37662/1‑91 (MQ=255) tgGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGgc < 1:44041/149‑1 (MQ=255) ggggCTGCATAAATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCggg < 1:126433/147‑1 (MQ=255) ggCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGgcgc > 1:184979/1‑149 (MQ=255) acctgtgatgtacctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGgcgc < 2:227726‑M2/109‑1 (MQ=255) cTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGcgcc‑g < 2:184979/149‑1 (MQ=255) cattgaTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGGGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGTGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTa < 1:78648/144‑1 (MQ=255) aCATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTc > 7:277260/1‑149 (MQ=255) aTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTccc > 6:166988/1‑149 (MQ=255) tCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTcccc > 8:133510/1‑149 (MQ=255) tCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGAGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGgcgc > 3:311057/1‑138 (MQ=255) tCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGAGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGgcgc < 4:311057/138‑1 (MQ=255) cctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCt > 8:324359‑M2/29‑149 (MQ=255) cctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCt > 8:50989‑M2/29‑149 (MQ=255) ctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCCTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCtg > 3:121938‑M2/28‑149 (MQ=255) ctgggggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCCCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCtg < 7:173855‑M2/122‑1 (MQ=255) tgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCTGTGa < 1:247035‑M2/125‑1 (MQ=255) gggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCt > 6:236648‑M2/24‑90 (MQ=255) gggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCt < 5:236648‑M2/67‑1 (MQ=255) gagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTg > 1:149856‑M2/22‑123 (MQ=255) agcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCTGTGAGCAg < 8:277260‑M2/129‑1 (MQ=255) catgccagcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAAAGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtc > 3:194658‑M2/15‑149 (MQ=255) cccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCTGTGAGCAGTtgatcgccc > 7:34986‑M2/11‑146 (MQ=255) cccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCTGTGAGCAGTtgatcgccc > 3:100632‑M2/11‑146 (MQ=255) gcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCAGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtcgtcgtc < 1:40018‑M2/142‑1 (MQ=255) | GGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCC‑GCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTC > NC_002947/3947865‑3948138 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |