Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,021,365 | C→G | 17.1% | *314S (TGA→TCA) | PP_3547 ← | NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,021,365 | 0 | C | G | 17.1% | 89.5 / 14.5 | 41 | *314S (TGA→TCA) | PP_3547 | NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/10); new base G (4/3); total (28/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.11e-01 |
AAGGTGCTGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGT > NC_002947/4021219‑4021512 | aaGGTGCTGGTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCa < 2:118554/148‑1 (MQ=255) tGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGGCGGGCGCTGAGcgcccgt > 3:280604/1‑148 (MQ=255) gTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGcgcccgcc > 6:142417/1‑149 (MQ=255) tCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCgccgcc > 3:239887/1‑147 (MQ=255) tCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGGTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGGCGGGCGCTGAGcgcccgtcaaggt < 4:280604/149‑8 (MQ=255) ggATGTGTGTGCGGCGTTCTGCTAGGGCCACCCGCTGCAAGTTAGGTGGGTGTTCACCATGCGGTTCTACTTGTACGCACTGCCCTCGGGGTTCCGGTTGCTGGTGTAACCTTGCGGGGCGCCCCGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGa < 8:339024/147‑1 (MQ=255) gATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAgg > 4:133576/1‑149 (MQ=255) tGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCt > 1:48612/1‑149 (MQ=255) gagaGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGGCGGGCGCTGAGcgcccgtcaa < 5:46904/132‑5 (MQ=255) gagaGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGGCGGGCGCTGAGcgcccgtcaa > 6:46904/1‑128 (MQ=255) cggcgTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTGAGcgcccgtcaa < 1:245105/125‑5 (MQ=255) cggcgTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTGAGcgcccgtcaa > 2:245105/1‑121 (MQ=255) cGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGc > 6:178415/1‑149 (MQ=255) cccAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCCAACTGGACGCACTGGCAGAGCGGGTGCGCGAGCTGCTGCAACCTTGCCGGGCGCGCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGt < 4:252624/148‑1 (MQ=255) cAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCa < 2:358412/97‑1 (MQ=255) cAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTcc > 8:61286/1‑149 (MQ=255) cAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTCGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCa > 1:358412/1‑97 (MQ=255) cGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCAAAGGAGGCTTTGTCCGaaa > 3:157293/1‑149 (MQ=255) gTACGTTGGTGTTTACCAGGCGGTTCCAAGTGCAAGCTGTGCCTTCGGGGTTGGGCGAGGTGGTGGAACCTTCCGGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCaga < 4:239887/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGAt > 1:372130/1‑149 (MQ=255) ttGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCg > 3:274702/1‑149 (MQ=255) cAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCAc > 2:181648/1‑149 (MQ=255) gTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTc > 5:354157/1‑149 (MQ=255) gAACTGGACGCACTGCCAGCCCGGGTGCGCCAGCTGCGGCAACCTTGCCGGGCCCCCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGa < 3:133576/149‑1 (MQ=255) gAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGa < 2:48612/149‑1 (MQ=255) aGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGCCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGcccccc > 3:165978/1‑149 (MQ=255) gCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCt > 4:81669/1‑149 (MQ=255) aCTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCg > 5:137469/1‑149 (MQ=255) tGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGc > 5:221575/1‑149 (MQ=255) gAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGt > 6:135112/1‑149 (MQ=255) gctgGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAg > 2:203636/1‑149 (MQ=255) gAACCTTGCCGGGCGCGCTGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCtt < 2:38131/148‑1 (MQ=255) gAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTg > 8:70769/1‑149 (MQ=255) ggcGGGCGCTGAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGAcgc > 4:163954/3‑149 (MQ=255) gaggggCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGAcg < 5:142417/145‑1 (MQ=255) gcgcTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTcc > 7:311565/1‑149 (MQ=255) gcgcTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTcc > 2:245070/1‑149 (MQ=255) cgcTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCg > 8:46712/1‑149 (MQ=255) cTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCggg < 7:61286/149‑1 (MQ=255) tCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGt > 1:113898/1‑149 (MQ=255) tCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAAACATAGGATGGCCTCGGCCACTGCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGt > 7:63579/1‑149 (MQ=255) | AAGGTGCTGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAACCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGT > NC_002947/4021219‑4021512 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |