Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 335,435 | A→G | 15.1% | intergenic (‑40/+164) | PP_0277 ← / ← PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 335,435 | 0 | A | G | 15.1% | 73.2 / 6.5 | 34 | intergenic (‑40/+164) | PP_0277/PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/12); new base G (3/2); total (20/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.16e-01 |
CGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCT > NC_002947/335287‑335573 | cGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCaa < 7:43150/149‑1 (MQ=255) gtTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAg > 4:288876/1‑148 (MQ=255) ttCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAg > 4:294722/1‑147 (MQ=255) tgccAGCCCAGGTTGCGGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCGCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGTTGCGCCAGaa < 5:40438/147‑1 (MQ=255) cccAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTcgc > 3:100715/1‑149 (MQ=255) cccAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTcgc > 3:95401/1‑149 (MQ=255) cccAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTcgc > 5:150269/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGc > 2:287543/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGc < 3:294722/149‑1 (MQ=255) 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ggTCAGTGCCAGGGCTAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGTTTACGTTGCTCATGTCCGGTGGTCCATTTTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCTTGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTggg < 7:231202/149‑1 (MQ=255) ggTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGGCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTggg < 6:150269/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTggggg > 2:11814/1‑149 (MQ=255) aaGGTCAACAGGGCGAGGGGGGTGCCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGGGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATacac < 6:301319/149‑1 (MQ=255) tCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTACATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATTATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGtt > 5:284278/1‑149 (MQ=255) aaCAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGc > 5:374206/1‑149 (MQ=255) aGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCggg > 7:17630/1‑149 (MQ=255) gggCGTGGGGGTGGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGGCCGGGGGGCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCTGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCgggg < 3:288876/149‑1 (MQ=255) cGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTg > 2:21754/1‑149 (MQ=255) gggTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACCCCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTtgt > 7:351335/1‑149 (MQ=255) gtggtCCATTGTCGGTTCTGGCGCACCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTc > 5:199284/1‑149 (MQ=255) ccATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCggg > 5:66480/1‑149 (MQ=255) gTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGAGGGGGTGGAGCATTAGCCTTTTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAAc > 6:264107/1‑149 (MQ=255) cttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGc > 1:1405/2‑149 (MQ=255) ttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCGGCt > 7:193904/1‑149 (MQ=255) | CGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCC‑GGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCT > NC_002947/335287‑335573 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |