| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,159,143 | C→T | 14.2% | intergenic (+91/‑118) | PP_3661 → / → PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,159,143 | 0 | C | T | 14.2% | 98.7 / 7.5 | 43 | intergenic (+91/‑118) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/15); new base T (3/3); total (25/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
GGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAA > NC_002947/4158997‑4159283 | ggCGGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTCCCCTGGGGGGGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGCCCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTTAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCAc < 6:257749/149‑1 (MQ=39) ggTTGGCGGGTGGCTGGCGAATACCCTGGGCGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCcgc < 8:326989/149‑1 (MQ=255) ccTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTAGCGGGTAAACCCCCACCTACAAGTGGGTGCTGGCCTGAAGACGGCAACGCCCCAGGAGGAGCGGGTTAACCCGCGAAGCAGGCAGCACGGTATCaacg > 6:368057/1‑147 (MQ=255) gTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTca < 7:348748/149‑1 (MQ=255) cAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAgcaggcag < 1:41720/126‑1 (MQ=255) ggCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTg < 8:76477/149‑1 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTAtg > 6:300700/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTtct‑c < 6:73580/138‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTtct‑c > 5:73580/1‑138 (MQ=255) 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gttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGa > 2:370471‑M2/4‑116 (MQ=255) gttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGa < 1:370471‑M2/113‑1 (MQ=255) | GGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAA > NC_002947/4158997‑4159283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |