Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,198,406 | C→T | 8.5% | L81L (CTG→TTG) | PP_3689 → | serine/threonine protein phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,198,406 | 0 | C | T | 8.5% | 133.9 / 2.7 | 47 | L81L (CTG→TTG) | PP_3689 | serine/threonine protein phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base T (2/2); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 |
GCCTGCAGGCTCTCGGCTTTGATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAATCGAATCAGCTCA > NC_002947/4198260‑4198551 | gCCTGCAGGCTCTCGGCTTTGATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCt < 5:377970/148‑1 (MQ=255) ccTGCAGGCTCTCGGCTTTGATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGTGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGa < 1:77970/149‑1 (MQ=255) aGGCTCTCGGCTTTGATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAAc < 2:371589/149‑1 (MQ=255) tctcGGCTTTGATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGc > 1:124425/1‑137 (MQ=255) tctcGGCTTTGATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGc < 2:124425/137‑1 (MQ=255) tGATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCa < 6:90414/148‑1 (MQ=255) gATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATg > 2:6717/1‑145 (MQ=255) tCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATc > 8:96718/1‑149 (MQ=255) aGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATcc < 4:273566/148‑1 (MQ=255) ggCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATc > 2:253050/1‑146 (MQ=255) ccaccGACAGGTGTATCGCGGGGGGCGAGGTCTGCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGAt < 6:268736/145‑1 (MQ=255) aCAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGc > 7:249213/1‑149 (MQ=255) aGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTa > 3:354169/1‑149 (MQ=255) ggTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTAt < 3:6017/149‑1 (MQ=255) gTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATg > 8:4591/1‑149 (MQ=255) aTCGCTGTGGGCGATGGCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCcg < 2:99213/148‑1 (MQ=255) cGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATgg > 7:28561/1‑149 (MQ=255) gATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGAt > 3:326154/1‑123 (MQ=255) gATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGAt < 4:326154/123‑1 (MQ=255) aTCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTtggtg > 7:134382/1‑149 (MQ=255) aTCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTtggt < 1:253050/148‑1 (MQ=255) aTCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTtggt < 8:249213/148‑1 (MQ=255) gCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTc < 3:298981/149‑1 (MQ=255) cGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCa > 5:165244/1‑149 (MQ=255) gggggTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCAt < 7:4591/149‑1 (MQ=255) gggAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATc < 4:354169/148‑1 (MQ=255) ggTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGaa > 4:297438/1‑147 (MQ=255) gTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGaaaa < 3:44201/148‑1 (MQ=255) cTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGTTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATGCGAATCGAAAAGcgt > 6:25917/1‑149 (MQ=255) cTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGTTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGcgt > 6:374105/1‑149 (MQ=255) cAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGcgtc < 8:28561/147‑1 (MQ=255) cTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCg > 6:209585/1‑148 (MQ=255) atgaGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGaaaaa > 3:51052/1‑149 (MQ=255) ccATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTgcg > 5:91363/1‑149 (MQ=255) aTGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCa < 7:96718/149‑1 (MQ=255) aTGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCCATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTgcg > 1:260897/1‑147 (MQ=255) taGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGa > 3:167279/1‑149 (MQ=255) gCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGAt < 3:297438/148‑1 (MQ=255) gTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGc < 8:134382/149‑1 (MQ=255) tCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGc > 1:191688/1‑148 (MQ=255) ggCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTg > 1:93857/1‑148 (MQ=255) aaCCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGaaa > 3:193426/1‑148 (MQ=255) aaCCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAAt > 3:367678/1‑149 (MQ=255) cATGAGCAGATGTTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATGCGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAATCGa < 5:25917/149‑1 (MQ=255) cATGAGCAGATGTTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAATCGa < 5:374105/149‑1 (MQ=255) aGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAATCGAATc < 5:209585/148‑1 (MQ=255) gCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAATCGAATCAg < 2:191688/149‑1 (MQ=255) aGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAATCGAATCAGc > 3:161694/1‑148 (MQ=255) aTGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAATCGAATCAGCTCa < 4:161694/149‑1 (MQ=255) | GCCTGCAGGCTCTCGGCTTTGATCAGGCGATCGACAGGTTGATCGCTGTGGGCGATGTCATCGACCGAGGGCCGGGGGTTCGGGAGGTGCTCCAACTGCTTGATGAGCCATGGTTCTATAGCGTCCAAGGCAACCATGAGCAGATGCTGATCAACGCCTACCATGCAGATCCAGATGTTCGCTATGCCGCGCATGCGATGGTTTGGTGGCCAATGATTCCATACGAATCGAAAAGCGTCGTGATCGAAAAACTGCGCAGCCTTCCGATCGCCATTGAAATCGAATCAGCTCA > NC_002947/4198260‑4198551 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |