| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,348,705 | A→G | 40.0% | intergenic (‑70/+404) | PP_3820 ← / ← galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,705 | 0 | A | G | 40.0% | 74.1 / 96.6 | 90 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/25); new base G (15/21); total (44/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
TCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT > NC_002947/4348590‑4348849 | tCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 2:88771/148‑1 (MQ=14) cagCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 8:296230/146‑1 (MQ=17) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGTCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 1:290202/148‑1 (MQ=17) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 5:87320/148‑1 (MQ=32) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa < 4:36011/149‑1 (MQ=32) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAg > 3:151186/1‑149 (MQ=32) ttACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGc < 4:231501/149‑1 (MQ=33) tACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCAACTTCCTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCg > 5:265027/1‑149 (MQ=255) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGt < 5:124250/148‑1 (MQ=34) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa < 8:93447/149‑1 (MQ=34) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 4:265449/149‑1 (MQ=21) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 5:115088/1‑147 (MQ=34) cAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATACCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACGTACTCCGGCGTCGGCGGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCGTTCGACGCGCGGGAGCACCGTGGCAAGCGTCCCGAtct > 6:348911/1‑149 (MQ=11) cAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAtct > 8:332748/1‑149 (MQ=21) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc > 4:322812/1‑149 (MQ=34) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCAT‑ACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTccc < 8:344879/149‑1 (MQ=19) agaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAg < 4:337681/149‑1 (MQ=34) gaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAgg > 2:342588/1‑149 (MQ=34) cGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAAt > 3:162143/1‑149 (MQ=21) gACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAAtt > 3:270527/1‑149 (MQ=21) cTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc > 1:328284/1‑149 (MQ=34) cTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTAGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGACTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc > 2:167764/1‑149 (MQ=255) tACTGGCGGTATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc > 5:129988/1‑148 (MQ=21) cTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGAc > 3:135326/1‑149 (MQ=34) tGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGAcc > 6:216074/1‑149 (MQ=34) ggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTcc < 3:308015/149‑1 (MQ=21) ggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTcc < 4:135326/149‑1 (MQ=34) gcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCt > 7:79024/1‑149 (MQ=34) aTAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc > 8:39579/1‑149 (MQ=34) aTAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc < 1:342588/149‑1 (MQ=34) tAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAAtt > 5:308004/1‑132 (MQ=34) tAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAAtt < 6:308004/132‑1 (MQ=34) aaCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCt > 8:222618/1‑148 (MQ=34) aaCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCGTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTCATTCGCGCGACCTTCCTGCt > 8:216921/1‑148 (MQ=21) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa > 2:187877/1‑149 (MQ=34) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa > 7:326883/1‑149 (MQ=34) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCTACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt < 6:265027/149‑1 (MQ=21) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt > 1:252800/1‑149 (MQ=21) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCa > 3:142186/1‑120 (MQ=25) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCa < 4:142186/120‑1 (MQ=25) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATg < 5:216074/149‑1 (MQ=34) gTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGcc > 8:11059/1‑149 (MQ=21) ttCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcg > 8:349397/1‑129 (MQ=25) ttCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcg < 7:349397/129‑1 (MQ=25) ttCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc < 4:270527/147‑1 (MQ=21) ggCCCTTGGGGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTGACTACCGCTTCGGCTGACATCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTc < 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gtggcgGTTAACCGCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt > 4:74991/4‑145 (MQ=255) gtggcgGTTAACCGCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt < 3:74991/142‑1 (MQ=255) gtggcgGTTAACCGCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc > 2:254847/4‑149 (MQ=255) gcgcGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑Gt < 3:303141/148‑1 (MQ=21) gcgcGGTT‑AC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTca > 8:155309/1‑149 (MQ=21) 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(MQ=21) cgGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTcaca < 4:174485/149‑1 (MQ=21) cgGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTcaca < 2:196676/149‑1 (MQ=34) aaC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGtt > 3:279105/1‑149 (MQ=21) c‑‑cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAGGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTcc < 7:93420/149‑1 (MQ=21) c‑‑cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTcc > 3:190239/1‑149 (MQ=34) cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCg > 4:25416/1‑149 (MQ=34) ccACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTg < 5:49135/149‑1 (MQ=21) cTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCaa < 7:11059/149‑1 (MQ=21) cTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCaa < 8:143780/149‑1 (MQ=21) cTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGc > 2:44107/1‑147 (MQ=34) cTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCaa < 3:322812/149‑1 (MQ=34) ttACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAg > 1:145290/1‑149 (MQ=21) actacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTa > 3:325593/1‑149 (MQ=34) tacGGCTTCGGCTGACTTCTGGACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAtt < 3:151491/149‑1 (MQ=21) tacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCATAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc < 3:66636/112‑1 (MQ=25) tacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCATAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc > 4:66636/1‑112 (MQ=25) ttCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCtt > 8:230746/1‑149 (MQ=21) ggCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACTCTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCttt < 1:34110/148‑1 (MQ=255) aCTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAtt > 3:296463/1‑149 (MQ=21) aCTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAtt < 2:252800/149‑1 (MQ=21) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg > 8:313225/1‑149 (MQ=34) cTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCAAAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 1:167764/148‑1 (MQ=21) cTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 1:94630/148‑1 (MQ=34) cACGCTGATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACGTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc < 1:166086/147‑1 (MQ=21) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGcc < 7:332748/148‑1 (MQ=21) aCGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc < 2:328284/149‑1 (MQ=34) aCGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc > 5:379876/1‑149 (MQ=34) gCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCt < 4:151186/149‑1 (MQ=34) | TCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAC‑GTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT > NC_002947/4348590‑4348849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |