Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,519,451 | C→T | 15.0% | E23E (GAG→GAA) | clpA ← | ATP‑dependent serine protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,519,451 | 0 | C | T | 15.0% | 93.8 / 8.8 | 40 | E23E (GAG→GAA) | clpA | ATP‑dependent serine protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/15); new base T (2/4); total (21/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 |
AGGGATCAACGGCGTGGTGGAGTCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGTAGCGGATGCTGGCTTTCCC > NC_002947/4519310‑4519596 | aGGGATCAACGGCGTGGTGGAGTCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAGTTCATGa < 7:94518/148‑1 (MQ=255) ggATCAACGGCGTGGTGGAGTCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAGTTCATGAccg < 2:275045/149‑3 (MQ=255) ggATCAACGGCGTGGTGGAGTCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGc < 3:63217/149‑1 (MQ=255) aTCAACGGCGTGGTGGAGTCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCtt > 8:267876/1‑149 (MQ=255) ggCGTGGTGGAGTCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAAcc > 1:160778/1‑148 (MQ=255) gCGTGGTGGAGTCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACgg > 2:286435/1‑149 (MQ=255) gtggAGTCGATGAACTCTCGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGcctc < 7:276230/149‑1 (MQ=255) tCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGaa < 7:302722/149‑1 (MQ=255) gATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCATCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAgg > 5:272519/1‑149 (MQ=255) gATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAg < 7:267876/148‑1 (MQ=255) ttGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGAtt > 6:5570/1‑147 (MQ=255) tGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAGTTCATGAccgtcga < 7:307522/121‑7 (MQ=255) tGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAGTTCATGAccgtcga > 8:307522/1‑115 (MQ=255) gCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAg < 1:296658/148‑1 (MQ=255) gTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGa > 1:231695/1‑149 (MQ=255) tCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGAc > 1:147280/1‑149 (MQ=255) ttGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAg > 8:196324/1‑149 (MQ=255) gAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGc < 8:251928/148‑1 (MQ=255) ttGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAGTTCATGAccgtcg < 3:235762/102‑6 (MQ=255) ttGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAGTTCATGAccgtcg > 4:235762/1‑97 (MQ=255) gagaTTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTGCCCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACgg < 1:269894/104‑1 (MQ=255) gagaTTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACgg > 2:269894/1‑103 (MQ=255) gaTTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGGCTTCGCGCTCGCGGTGTaag > 8:351259/1‑148 (MQ=255) gaTTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAAc < 6:309645/149‑1 (MQ=255) ttGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGCCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACAt < 4:365190/149‑1 (MQ=255) cgcCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCt > 1:241640/1‑149 (MQ=255) acaGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTC‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCAc < 1:286435/149‑1 (MQ=255) gcAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATAcc < 2:241640/149‑1 (MQ=255) ggCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCg > 5:62450/1‑149 (MQ=255) cTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAAc > 4:116882/1‑149 (MQ=255) cAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATACCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCAGCGATTAACCGTCCtt > 3:71411/1‑148 (MQ=255) aaGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGATCGCGGTTTAACATAGCTTCACATCATACCCAAGTGGACCGCGATTAACCGTACTtct > 1:370739/1‑149 (MQ=255) agcagcagATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTcaca < 5:5570/149‑1 (MQ=255) gcagATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGt < 7:351259/149‑1 (MQ=255) agATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGTAg < 2:231695/149‑1 (MQ=255) tGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGTAGCgg < 2:160778/149‑1 (MQ=255) tCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGTAGCGGATg > 6:8308/1‑149 (MQ=255) tCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATGTACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGTAGCGGATGCTGGCtt > 5:321151/1‑149 (MQ=255) aTGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGTAGCGGATGCTGGCTTTc > 4:218576/1‑149 (MQ=255) gAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGTAGCGGATGCTGGCTTTccc > 8:287825/1‑149 (MQ=255) | AGGGATCAACGGCGTGGTGGAGTCGATGAACTCTTGCAGGTCATGCTTGAGCTTGTCGAGATTGGCGCCACAGGCGCGCAGAACGGTCGCGGCAGCCTCATTGTCAAGGAGTG‑CCAGCAGCAGATGCTCGACGGTCATGAACTCATGACGCTTCGAACGGGCCTCCTTGAAGGCAAGATTGAGGGTGACTTCGAGCTCGCGGTTTAACATAGCTTCACCTCATACCCAAGTGGTCGGCGATTAACCGTCCTTCTCGATTTCACAGAGTAGCGGATGCTGGCTTTCCC > NC_002947/4519310‑4519596 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |