| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,991,234 | A→C | 7.7% | intergenic (‑103/+126) | PP_4399 ← / ← bkdR | glutamine synthetase/Bkd operon transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,991,234 | 0 | A | C | 7.7% | 195.3 / 7.8 | 65 | intergenic (‑103/+126) | PP_4399/bkdR | glutamine synthetase/Bkd operon transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/30); new base C (3/2); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
GGGCCATCTGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGC > NC_002947/4991086‑4991379 | gggCCATCTGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTGGTTGTa < 1:242169/149‑1 (MQ=255) cATCTGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCt < 5:122566/149‑1 (MQ=255) aTCTGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCt > 3:409/1‑148 (MQ=255) tGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGac > 8:83430/1‑148 (MQ=255) tGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGac > 4:4739/1‑148 (MQ=255) cAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGac < 3:231293/146‑1 (MQ=255) acgacgGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaacaa > 3:78610/1‑148 (MQ=255) gacgGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTCAGCCTacaacaacaa < 3:129471/149‑2 (MQ=255) gacgGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGGCAGCCTacaacaacaa < 4:258869/149‑2 (MQ=255) acgGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATa < 7:83430/149‑1 (MQ=255) cGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGc < 1:324407/147‑1 (MQ=255) gAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCTATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCgg < 4:235556/148‑1 (MQ=255) gAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGTCTGctg < 8:69111/148‑3 (MQ=255) gAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCgg < 6:293040/148‑1 (MQ=255) 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ggcggTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAata > 8:233566/1‑148 (MQ=255) tcatcaCCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAag > 1:269139/1‑148 (MQ=255) atcaCCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAg > 2:45180/1‑122 (MQ=255) atcaCCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAg < 1:45180/122‑1 (MQ=255) cgcgcgGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑Gt > 4:283894/1‑149 (MQ=255) cgGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCt < 5:44371/149‑1 (MQ=255) cGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGc > 4:22805/1‑149 (MQ=255) ggTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTc < 6:147522/149‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTTCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTcgc < 6:299728/149‑1 (MQ=255) tCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTcgc < 6:294635/149‑1 (MQ=255) gggTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 3:4739/149‑1 (MQ=255) gggTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 3:283894/149‑1 (MQ=255) gggTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 3:245709/149‑1 (MQ=255) gccGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAc > 2:94955/3‑149 (MQ=255) gCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCcg > 2:254097/1‑149 (MQ=255) gATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGAGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGcc < 1:254097/148‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAgg > 4:124936/1‑149 (MQ=255) cgtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTc > 6:145782/1‑125 (MQ=255) cgtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTc > 6:151709/1‑125 (MQ=255) cgtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTc < 5:151709/125‑1 (MQ=255) cgtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTc < 5:145782/125‑1 (MQ=255) cgtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAgg < 4:78610/148‑1 (MQ=255) gtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTAc > 1:31185/1‑144 (MQ=255) gtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTAc < 2:31185/144‑1 (MQ=255) gtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTg > 6:167022/1‑149 (MQ=255) gtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTg > 5:196981/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCTGAGCAGTTCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATc < 5:200278/149‑1 (MQ=255) cTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATc < 5:205323/149‑1 (MQ=255) aGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGcc < 2:220269/148‑1 (MQ=255) aGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAAAATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGATGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGgcg > 5:348407/1‑149 (MQ=255) tGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGcgcc > 5:34890/1‑149 (MQ=255) tGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 4:59319/101‑1 (MQ=255) tGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt > 3:59319/1‑101 (MQ=255) ttGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGcccc > 3:119554/1‑142 (MQ=255) ttGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGcccc < 4:119554/142‑1 (MQ=255) gTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAACCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTccc < 2:269139/148‑1 (MQ=255) ctatgttgttgtCAGCCTACAACAACATATGCTGCGGGTGTTAAAAATATCAAGCAGCATATTGG‑GTGGATGTGCAGGCCTCTTCGAGGTTGAACCAGCTCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGACGGCGCAGACCCCTAATCACGc > 1:207904/4‑148 (MQ=255) ctatgttgttgtCAGCCTACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGc > 1:258709/4‑148 (MQ=39) 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ttgtAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATg > 5:258426/1‑149 (MQ=255) gtATGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGCCATGc < 8:296730/148‑1 (MQ=255) gtAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGc > 3:153939/1‑148 (MQ=255) | GGGCCATCTGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGG‑GTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGC > NC_002947/4991086‑4991379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |